[發(fā)明專利]基于KASP技術(shù)開發(fā)的用于茶樹品種鑒定的核心SNP標(biāo)記

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111009742.7
• 申請(qǐng)日: 2021-08-30
• 公開（公告）號(hào): CN113832243B
• 公開（公告）日: 2022-05-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 李紅建;吳華玲;方開星;王青;姜曉輝;秦丹丹;倪爾東;王秋霜;潘辰東;李波
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣東省農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6895
• 分類號(hào): C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 廣州粵高專利商標(biāo)代理有限公司 44102
• 代理人: 段卉

基于KASP技術(shù)開發(fā)的用于茶樹品種鑒定的核心SNP標(biāo)記。本發(fā)明提供了一種檢測(cè)SNP位點(diǎn)的試劑，所述試劑用于檢測(cè)SNP位點(diǎn)1～30中的一個(gè)或幾個(gè)。通過(guò)對(duì)251份茶樹資源進(jìn)行簡(jiǎn)化基因組測(cè)序，獲得96401個(gè)SNP位點(diǎn)，基于缺失率＜0.15、次等位基因頻率＞0.2和雜合率＜0.2這三個(gè)篩選標(biāo)準(zhǔn)，獲得2528個(gè)SNP位點(diǎn)。利用LociScan_V1.0位點(diǎn)篩選工具對(duì)2528個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行分層篩選，獲得30個(gè)SNP核心SNP位點(diǎn)，設(shè)計(jì)對(duì)應(yīng)引物，對(duì)72份經(jīng)過(guò)國(guó)家、省級(jí)審定或其他重要茶樹品種/系進(jìn)行KASP檢測(cè)。不僅豐富了茶樹分子標(biāo)記，還可以廣泛的應(yīng)用于茶樹品種進(jìn)行基因分型、鑒別或輔助鑒別茶樹品種、檢測(cè)任意兩個(gè)茶樹的相似性等方面的應(yīng)用。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及基于KASP技術(shù)開發(fā)的用于茶樹品種鑒定的核心SNP標(biāo)記。

背景技術(shù)

茶樹(Camellia sinensis(L.)O.Ktze)是山茶科、山茶屬灌木或小喬木。我國(guó)作為茶樹起源地，有著悠久的種植歷史。近年來(lái)，隨著茶樹育種工作的迅速開展，大批優(yōu)良茶樹品種在我國(guó)得到廣泛推廣和種植。然而，由于骨干親本遺傳基礎(chǔ)狹窄等導(dǎo)致的不同茶樹品種親緣關(guān)系比較接近，在茶樹良種推廣過(guò)程中，市場(chǎng)上同名異物或異物同名所致的品種真實(shí)性問(wèn)題時(shí)有發(fā)生。而依據(jù)形態(tài)特征和生化成分去鑒別品種真實(shí)性，易受到環(huán)境與主觀因素的影響。因此，迫切需要建立一套穩(wěn)定可靠、易于操作的茶樹品種鑒定方法。

伴隨著基因組學(xué)和分子生物學(xué)的發(fā)展，分子標(biāo)記技術(shù)已經(jīng)廣泛的應(yīng)用于種質(zhì)資源遺傳多樣性、品種鑒定、種質(zhì)資源遺多樣性、遺傳圖譜構(gòu)建、重要性狀的Q TL定位、基因挖掘和輔助育種中。由于茶樹基因組較大、結(jié)構(gòu)復(fù)雜、遺傳基礎(chǔ)狹窄，已開發(fā)的分子標(biāo)記如SSR標(biāo)記，遺傳多態(tài)性較低，數(shù)量還太少，限制了茶樹功能基因挖掘的進(jìn)程和分子標(biāo)記技術(shù)在育種中的應(yīng)用。

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，第三代單核苷酸多態(tài)性(SNP)逐漸成為應(yīng)用廣泛的分子標(biāo)記，在植物遺傳育種研究中具有廣闊的應(yīng)用前景。植物基因組中包含著豐富的單堿基的插入、缺失轉(zhuǎn)換和顛倒等變異，利用這些變異開發(fā)的SN P分子標(biāo)記位點(diǎn)，具備準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)和通量大等特征。

KASP基因分型技術(shù)是一項(xiàng)獨(dú)特的競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性PCR，可對(duì)各種基因組DNA樣本，基于引物末端堿基的特異匹配來(lái)對(duì)指定的SNPs(單核苷酸多態(tài)性)進(jìn)行高精度雙等位基因分型。LCG IntelliQube平臺(tái)通過(guò)超高的單日檢測(cè)反應(yīng)數(shù)(＞4萬(wàn)個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn))和極小的反應(yīng)體系(低至1.6μL)，極大降低了檢測(cè)成本，通過(guò)結(jié)合全自動(dòng)一體化DNA抽提、熒光定量PCR工作平臺(tái)，快速檢測(cè)大量 SNP位點(diǎn)，在醫(yī)學(xué)、農(nóng)學(xué)檢測(cè)方面LGC KASP都有非常好的應(yīng)用。

目前，利用茶樹基因組信息開發(fā)的SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)的數(shù)量還十分有限，能夠鑒定的茶樹品種也并不多。例如周琳等運(yùn)用EST-SNP基因分型技術(shù)得到了 60個(gè)SNP標(biāo)記，但僅能鑒別40個(gè)茶樹品種(周琳.EST-SNP分子標(biāo)記技術(shù)在茶和咖啡中的開發(fā)與應(yīng)用[D].南京農(nóng)業(yè)大學(xué)，2017.)，并不能滿足其他茶樹品種的鑒定需求。本發(fā)明利用KASP基因分型技術(shù)，通過(guò)茶樹基因組信息，鑒定其中的單堿基變異，開發(fā)易于檢測(cè)的SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)，不僅豐富了茶樹分子標(biāo)記，還可以廣泛的應(yīng)用于茶樹品種進(jìn)行基因分型、鑒別或輔助鑒別茶樹品種、檢測(cè)任意兩個(gè)茶樹的相似性等方面的應(yīng)用。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明目的是為了克服現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供了一種基于KASP技術(shù)開發(fā)的用于茶樹鑒定的核心SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)。本發(fā)明利用KASP基因分型技術(shù)，通過(guò)茶樹基因組信息，鑒定其中的單堿基變異，開發(fā)易于檢測(cè)的SNP分子標(biāo)記位點(diǎn)，不僅豐富了茶樹分子標(biāo)記，還可以廣泛的應(yīng)用于茶樹品種進(jìn)行基因分型、鑒別或輔助鑒別茶樹品種、檢測(cè)任意兩個(gè)茶樹的相似性等方面的應(yīng)用。

本發(fā)明的第一個(gè)目的是提供一種檢測(cè)茶樹基因組中的30個(gè)SNP位點(diǎn)的物質(zhì)的應(yīng)用。

本發(fā)明的第二個(gè)目的是提供一種檢測(cè)茶樹30個(gè)SNP位點(diǎn)的物質(zhì)、或一種對(duì)茶樹品種進(jìn)行基因分型的物質(zhì)、或鑒別或輔助鑒別茶樹品種的物質(zhì)。