[發(fā)明專利]構(gòu)建骨髓增生異常綜合征轉(zhuǎn)白基因預(yù)測(cè)模型的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202111009309.3
• 申請(qǐng)日: 2021-08-31
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113764038B
• 公開(kāi)（公告）日: 2023-08-22
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 侯珺;杜欣;孫啟慧
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 華南理工大學(xué)
• 主分類號(hào): G16B20/50
• 分類號(hào): G16B20/50;G16B20/20;G06F18/214;G06F18/2411
• 代理公司: 廣州市華學(xué)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44245
• 代理人: 郭煒綿

本發(fā)明公開(kāi)了一種構(gòu)建骨髓增生異常綜合征轉(zhuǎn)白基因預(yù)測(cè)模型的方法，包括以下步驟：收集高危MDS患者的樣本及其預(yù)后數(shù)據(jù)；提取樣本DNA并測(cè)序，獲得突變譜；利用oncodriveCLUST函數(shù)和dndscv函數(shù)，將突變譜與現(xiàn)有高危MDS患者DNA測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，將兩種方法都比對(duì)到的基因定義為高危MDS組驅(qū)動(dòng)基因；以各訓(xùn)練樣本的高危MDS組驅(qū)動(dòng)基因突變標(biāo)記作為輸入，對(duì)SVM分類器模型進(jìn)行訓(xùn)練，完成模型的構(gòu)建。本發(fā)明的模型構(gòu)建方法從分子層面對(duì)疾病轉(zhuǎn)白風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)，不局限于骨髓增生異常綜合征亞型的不同，對(duì)于所有成人患者可得到較精確的預(yù)測(cè)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，具體涉及一種構(gòu)建骨髓增生異常綜合征轉(zhuǎn)白基因預(yù)測(cè)模型的方法。

背景技術(shù)

骨髓增生異常綜合征(myelodysplastic?syndromes，MDS)是一組起源于造血干細(xì)胞的臨床常見(jiàn)血液系統(tǒng)惡性腫瘤，以難治性血細(xì)胞減少及無(wú)效造血以及高風(fēng)險(xiǎn)向急性髓細(xì)胞性白血病(acute?myeloid?leukemia，AML)進(jìn)展為特征。患者有轉(zhuǎn)化為白血病的可能。但由于個(gè)體異質(zhì)性，不同患者白血病轉(zhuǎn)化率及時(shí)間各異，故而臨床上迫切需要有良好預(yù)測(cè)作用的指標(biāo)。

與骨髓增生異常綜合征白血病轉(zhuǎn)化相關(guān)的因素主要包括性別、年齡等患者因素，以及疾病分型、血細(xì)胞數(shù)、基因突變、基因表達(dá)及表觀遺傳改變等疾病因素。目前臨床常用的國(guó)際預(yù)后積分系統(tǒng)(IPSS)、WHO分型預(yù)后積分系統(tǒng)(WPSS)和修訂的國(guó)際預(yù)后積分系統(tǒng)(R-IPSS)等系統(tǒng)從骨髓原始細(xì)胞比例、流式細(xì)胞學(xué)、細(xì)胞遺傳學(xué)改變及血細(xì)胞減少程度等方面對(duì)患者進(jìn)行預(yù)后評(píng)分并分組可對(duì)白血病轉(zhuǎn)化進(jìn)行預(yù)測(cè)。其中，細(xì)胞遺傳學(xué)異常在分型分組中所占比重日益加重，如臨床常見(jiàn)的del(5q)、del(20q)、-7、+8、-Y等已被應(yīng)用于預(yù)后分期。

然而值得注意的是在臨床實(shí)踐中，患者的臨床表現(xiàn)及治療效果差異仍較大，即便在同一分型和同一預(yù)后組中亦然。這表明目前納入分型分級(jí)標(biāo)準(zhǔn)的臨床和細(xì)胞遺傳特征對(duì)于揭示MDS的疾病本質(zhì)尚且不足，新的分子層面的研究亟待開(kāi)展以助于進(jìn)一步深入了解疾病的致病機(jī)制，從而更精準(zhǔn)預(yù)測(cè)MDS的白血病轉(zhuǎn)化率。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種構(gòu)建骨髓增生異常綜合征轉(zhuǎn)白基因預(yù)測(cè)模型的方法。

本發(fā)明的目的通過(guò)下述技術(shù)方案實(shí)現(xiàn)：

一種構(gòu)建骨髓增生異常綜合征轉(zhuǎn)白基因預(yù)測(cè)模型的方法，包括以下步驟：

(1)收集高危MDS患者的樣本及其預(yù)后數(shù)據(jù)；提取樣本DNA并測(cè)序，獲得突變譜；將高危MDS患者的樣本作為訓(xùn)練樣本；

所述的高危MDS患者是依據(jù)IPSS分型確定的；

所述的樣本為骨髓穿刺樣品、血液，或其他組織；

所述測(cè)序的方法包括sanger測(cè)序、ARMS-PCR(Amplification?RefractoryMutation?System?PCR)、MASS-PCR(Mutation-Selected?Amplification?SpecificSystem)、全基因組測(cè)序、全外顯子測(cè)序以及小隊(duì)列靶向測(cè)序；

所述的突變包括錯(cuò)義突變、無(wú)義突變、框移插入、框移缺失、非框移插入，非框移缺失及剪切位點(diǎn)突變，排除內(nèi)含子變異及同義突變；

(2)利用oncodriveCLUST函數(shù)和dndscv函數(shù)，將步驟(1)獲得的突變譜與現(xiàn)有高危MDS患者DNA測(cè)序數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，將兩種方法都比對(duì)到的基因定義為高危MDS組驅(qū)動(dòng)基因；

所述的高危MDS組驅(qū)動(dòng)基因?yàn)镃BL、EZH2、RUNX1、IDH1、ASXL1、TET2、TP53、SRSF2、IDH2和JAK2；