[發明專利]構建骨髓增生異常綜合征轉白基因預測模型的方法

有效

• 申請號: 202111009309.3
• 申請日: 2021-08-31
• 公開（公告）號: CN113764038B
• 公開（公告）日: 2023-08-22
• 發明（設計）人: 侯珺;杜欣;孫啟慧
• 申請（專利權）人: 華南理工大學
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B20/20;G06F18/214;G06F18/2411
• 代理公司: 廣州市華學知識產權代理有限公司 44245
• 代理人: 郭煒綿

1.一種構建骨髓增生異常綜合征轉白基因預測模型的方法，其特征在于包括以下步驟：

(1)收集高危MDS患者的樣本及其預后數據；提取樣本DNA并測序，獲得突變譜；將高危MDS患者的樣本作為訓練樣本；

(2)利用R包maftools中oncodriveCLUST函數和R包dndscv函數，將步驟(1)獲得的突變譜與現有高危MDS患者DNA測序數據庫比對，將兩種方法都比對到的基因定義為高危MDS組驅動基因；

(3)將訓練樣本中的高危MDS組驅動基因選取出，并且進行突變標記，當存在突變時標記為A1，不存在突變時標記為A2；以各訓練樣本的高危MDS組驅動基因突變標記作為輸入，對SVM分類器模型進行訓練，完成模型的構建；獲取高危MDS組驅動基因后，利用Lasso多重回歸方法得到Bonferroni校正后與白血病轉化顯著相關的突變基因，建立改進的wGRS模型；

wGRS＝β1S1+β2S2+，…，+βnSn+a；

a為常數；S1至Sn為與白血病轉化顯著相關的各突變基因，β1至βn為對應權重；

根據改進的wGRS模型進行轉白風險預測，預測得分0.5為高風險轉白，預測得分≥0.5為低風險轉白；

步驟(3)中，A1為1，A2為0，或者A1為1，A2為0；SVM分類器模型選取0.5為閾值對樣本進行預測，當樣本預測值≥0.5，預測該樣本為高風險轉白；當樣本預測值0.5，預測該樣本為低風險轉白。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：步驟(2)所述的高危MDS組驅動基因為CBL、EZH2、RUNX1、IDH1、ASXL1、TET2、TP53、SRSF2、IDH2和JAK2。

3.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(3)中，通過sample函數隨機從入組高危MDS組樣本中選取70％患者作為訓練集，將其驅動基因的突變標記作為輸入，對SVM分類器模型進行訓練，再用剩余30％樣本的預測值進行驗證。

4.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：所述與白血病轉化顯著相關的突變基因為：CBL、EZH2、IDH1和TP53；

所述改進的wGRS模型為：

wGRS＝-0.3459*CBL-0.1989*EZH2-0.2663*IDH1+0.2174*TP53+0.5996。

5.根據權利要求1-4任一項所述的方法，其特征在于：針對各訓練樣本，提取出臨床信息，在訓練時，將訓練樣本的高危MDS組驅動基因突變與臨床信息融合后作為輸入，對SVM分類器模型進行訓練。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于：所述的臨床信息包括原始細胞數、血細胞計數、細胞遺傳學異常指標。

7.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：步驟(1)所述的樣本為骨髓穿刺樣品、血液，或其他組織。

8.根據權利要求1所述的方法，其特征在于：步驟(1)所述的突變包括錯義突變、無義突變、框移插入、框移缺失、非框移插入、非框移缺失及剪切位點突變，排除內含子變異及同義突變。