[發明專利]獲得穩定核小體定位信息的方法

在審

• 申請號: 202110986774.6
• 申請日: 2021-08-26
• 公開（公告）號: CN113564237A
• 公開（公告）日: 2021-10-29
• 發明（設計）人: 叢斌;董春楠;王琳;李淑瑾;馬春玲
• 申請（專利權）人: 河北醫科大學
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 石家莊國域專利商標事務所有限公司 13112
• 代理人: 張莉靜

1.一種獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，包括以下步驟：

（a）對待檢測樣本進行預處理，獲得包含DNA的樣品；

（b）將樣品分組，分別用高、中、低劑量水平的微球菌核酸酶對相應樣品進行消化，消化條件為37℃孵育2-4小時；其中，高劑量水平為微球菌核酸酶∶裸DNA量=110-130U∶17μg，中劑量水平為微球菌核酸酶∶裸DNA量=25-40U∶17μg，低劑量水平為微球菌核酸酶∶裸DNA量=10-20U∶17μg；

（c）使用試劑盒提取消化后樣品中的DNA，獲得核小體核心區DNA；

（d）對獲得的核小體核心區DNA進行測序，將測序數據導入bwa軟件，并與人類參考基因組GRCh38進行比對；將相同微球菌核酸酶消化水平的兩個樣本數據使用生物信息學工具DANPOS進行比較，基于泊松分布以單核苷酸分辨率計算核小體差異信號，從而獲得基因組相同位置上的每個核小體的位移、模糊度和占據水平的變化值；

（e）根據設定的篩選條件獲得平移定位穩定的核小體信息。

2.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（a）中，所述樣本為不同人的外周血，所述包含DNA的樣品為將外周血裂解后獲得的白細胞。

3.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（b）中，消化液中加入CaCl₂溶液，所述CaCl₂溶液的濃度為80-120mM，CaCl₂溶液的加入量與裸DNA量的比為230-270μL∶17μg。

4.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（b）中，每個樣本以裸DNA消化作為對照，其步驟為先將樣本提取DNA，然后加入微球菌核酸酶進行消化，消化條件為37℃孵育2-4小時，微球菌核酸酶∶裸DNA量=0.45U∶1μg。

5.根據權利要求4所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（d）中，將裸DNA消化對照組獲得的信息作為背景，利用DANPOS，對中、高劑量消化水平的數據分別進行校正。

6.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（d）中，使用bwa軟件將測序獲得的reads與人類參考基因組GRCh38進行比對，對raw reads進行精細過濾，得到clean reads，所有樣品產生的BED文件均通過DANPOS算法運行并比較。

7.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（d）中，每個樣本的測序方法和數據分析方法保持一致。

8.根據權利要求1所述的獲得穩定核小體定位信息的方法，其特征是，步驟（e）中，穩定核小體的篩選條件如下：

核小體中心位移treat2control_dis=0；

模糊度滿足：fuzziness_diff_log10pval ≥ -10，并且 |fuzziness_log2FC|≤ 1；

占據水平滿足：control_smt_val0，并且treat_smt_val0。