[發明專利]免疫原性突變體肽篩選平臺

在審

• 申請號: 202110939479.5
• 申請日: 2015-09-10
• 公開（公告）號: CN113791220A
• 公開（公告）日: 2021-12-14
• 發明（設計）人: L·德拉馬爾;P·盧帕杜斯;I·梅爾曼;M·亞達夫;S·瓊瓊瓦拉;J·萊爾
• 申請（專利權）人: 豪夫邁·羅氏有限公司
• 主分類號: G01N33/68
• 分類號: G01N33/68;G01N33/569;C12Q1/6886;A61K39/00;A61P35/00;A61P43/00;A61P37/04
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 岑曉東

本公開內容涉及免疫原性突變體肽篩選平臺。本公開內容提供經由一系列選擇步驟鑒定疾病特異性免疫原性肽的方法。通過本公開內容的方法鑒定的免疫原性表位對于在基于肽的免疫療法，優選癌癥療法中的使用是可應用的。此外，本公開內容的方法可以以高通量方式實施，并且充當個性化疫苗開發和療法的手段。還提供的是免疫原性肽的組合物以及包含所述組合物的治療方法。

本申請是申請日為2015年09月10日、中國申請號為201580059468.0、發明名稱為“免疫原性突變體肽篩選平臺”的發明申請的分案申請。

對相關申請的交叉引用

本申請要求2014年9月10日提交的美國臨時申請No.62/048,742的優先權，通過提及將其全部完整收入本文用于所有目的。

ASCII文本文件上的序列表的提交

通過提及將ASCII文本文件上的以下提交的內容整體收入本文：序列表的計算機可讀形式(CRF)(文件名：146392027600SeqList.txt，記錄日期：2015年9月9日，大小：6KB)。

發明領域

本公開內容涉及鑒定可用于開發免疫治療劑的突變體肽的方法。

發明背景

牽涉細胞介導的免疫的細胞毒性T淋巴細胞(細胞毒性T細胞或CD8 T細胞)通過在細胞表面上掃描肽表位或抗原監測細胞健康的變化。肽表位源自細胞蛋白，并且充當允許細胞呈現當前細胞過程的證據的顯示機制。處理天然的和非天然的蛋白質(通常分別稱為自身和非自體)進行肽表位呈遞。自天然蛋白質周轉和有缺陷的核糖體產物衍生大多數自身肽。可以自事件(諸如病毒性和細菌性感染、疾病和癌癥)過程中生成的蛋白質衍生非自身肽。

人腫瘤在特征上含有大量的體細胞突變。繼而，含有突變的肽的表達可以由適應性免疫系統識別為非自身新表位。在識別非自身抗原時，細胞毒性T細胞會觸發免疫應答，導致展示非自身新表位的細胞的凋亡。細胞毒性T細胞免疫應答是適應性免疫系統的高度特異性機制，并且是用于消除感染的、患病的和癌性的細胞的有效手段。在鑒定免疫原性表位中具有較大的治療價值，因為可以使用經由疫苗接種對免疫原性表位的暴露觸發期望的細胞毒性T細胞免疫應答。幾十年來，科學和醫學界中已經知道了免疫原性表位的作用，但是鑒定驅動有效抗腫瘤CD8 T細胞應答的抗原仍然在很大程度上是未知的。牽涉表位呈現和細胞毒性T細胞活化的復雜性已經使它們的發現和治療用途陷入困境。

主要組織相容性復合體(MHC)I類分子負責肽表位呈遞給細胞毒性T細胞。在人中，人白細胞抗原(HLA)系統是編碼MHC I類和II類分子的基因的基因座。HLA-A、-B和-C基因編碼MHC I類(MHCI)蛋白質。長度通常為8-11個氨基酸的肽經由與由位于反平行β片層上方的兩個α螺旋形成的溝的相互作用結合MHCI分子。肽-MHC類I(pMHCI)分子的加工和呈遞牽涉一系列序貫階段，其包括：a)蛋白質酶介導的對蛋白質的消化；b)與抗原加工有關的轉運蛋白(TAP)介導的將肽轉運入內質網(ER)中；c)使用新合成的MHCI分子形成pMHCI；和d)將pMHCI轉運至細胞表面。

在細胞表面上，pMHCI會經由T細胞受體(TCR)與細胞毒性T細胞相互作用。在復雜的pMHC I-TCR相互作用后，非自身抗原的鑒定可以經由由關聯的酶、共受體、銜接頭分子、和轉錄因子介導的一系列生物化學事件而導致細胞毒性T細胞活化。活化的細胞毒性T細胞將會增殖以生成表達對鑒定的免疫原性肽表位特異性的TCR的效應T細胞群體。對鑒定的非自身表位具有TCR特異性的T細胞的擴增導致展示活化的非自身表位的細胞的免疫介導的凋亡。

目前正在研究使用免疫原性表位激活免疫系統以用于癌癥療法。雖然癌細胞源自正常組織，但是體細胞突變會驅動癌癥蛋白酶體的大量變化。繼而，所得的MHCI呈遞的肽表位，稱為腫瘤相關抗原(TAA)或新表位，允許正常和癌組織之間的細胞毒性T細胞分化。最近的工作已經證實，突變體肽可以充當由CD4或CD8T細胞識別為非自身的表位，但是從此以后已經很少描述突變體新表位。