[發(fā)明專利]免疫原性突變體肽篩選平臺(tái)

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110939479.5
• 申請(qǐng)日: 2015-09-10
• 公開（公告）號(hào): CN113791220A
• 公開（公告）日: 2021-12-14
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: L·德拉馬爾;P·盧帕杜斯;I·梅爾曼;M·亞達(dá)夫;S·瓊瓊瓦拉;J·萊爾
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 豪夫邁·羅氏有限公司
• 主分類號(hào): G01N33/68
• 分類號(hào): G01N33/68;G01N33/569;C12Q1/6886;A61K39/00;A61P35/00;A61P43/00;A61P37/04
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 岑曉東

1.一種自個(gè)體中的疾病組織鑒定疾病特異性免疫原性突變體肽的方法，其包括：

a)提供所述個(gè)體中的所述疾病組織的一組變體編碼序列，每種變體編碼序列與參照樣品相比具有所述序列中的變異；并且

b)自該組變體編碼序列選擇免疫原性變體編碼序列，其中所述選擇步驟包括預(yù)測(cè)包含由所述變體編碼序列編碼的變體氨基酸的肽的免疫原性，

由此鑒定所述疾病特異性免疫原性突變體肽。

2.一種自個(gè)體中的疾病組織鑒定疾病特異性免疫原性突變體肽的方法，其包括：

a)基于所述個(gè)體中的所述疾病組織的基因組序列獲得第一組變體編碼序列，每種變體編碼序列與參照樣品相比具有所述序列中的變異；

b)基于所述個(gè)體中的所述疾病組織的轉(zhuǎn)錄物組序列自所述第一組選擇第二組表達(dá)變體編碼序列；

c)基于由所述表達(dá)變體編碼序列編碼的肽結(jié)合MHC I類分子(MHCI)的預(yù)測(cè)能力自所述第二組選擇第三組表位變體編碼序列；

d)自所述第三組選擇免疫原性變體編碼序列，包括預(yù)測(cè)包含由所述表位變體編碼序列編碼的變體氨基酸的肽的免疫原性；

由此鑒定所述疾病特異性免疫原性突變體肽。

3.一種自個(gè)體中的疾病組織鑒定疾病特異性免疫原性突變體肽的方法，其包括：

a)自個(gè)體的患病組織獲得多數(shù)與MHC分子結(jié)合的肽；

b)將所述MHC結(jié)合的肽提交基于質(zhì)譜術(shù)的測(cè)序；并

c)將所述MHC結(jié)合的肽的質(zhì)譜術(shù)衍生的序列信息與所述個(gè)體中的疾病組織的一組變體編碼序列關(guān)聯(lián)，每種變體編碼序列與參照樣品相比具有所述序列中的變異，

由此鑒定所述疾病特異性免疫原性突變體肽。

4.一種自個(gè)體中的疾病組織鑒定疾病特異性免疫原性突變體肽的方法，其包括：

a)基于所述個(gè)體中的疾病組織的基因組序列獲得第一組變體編碼序列，每種變體編碼序列與參照樣品相比具有所述序列中的變異；

b)基于所述個(gè)體中的疾病組織的轉(zhuǎn)錄物組序列自所述第一組選擇第二組表達(dá)變體編碼序列；

c)基于由所述表達(dá)變體編碼序列編碼的肽結(jié)合MHC I類分子(MHCI)的預(yù)測(cè)能力自所述第二組選擇第三組表位變體編碼序列；

d)自所述疾病組織獲得多數(shù)與MHCI分子結(jié)合的肽；

e)將所述MHCI結(jié)合的肽提交基于質(zhì)譜術(shù)的測(cè)序；

f)將所述MHCI結(jié)合的肽的質(zhì)譜術(shù)衍生的序列信息與所述第三組表位變體編碼序列關(guān)聯(lián)；

由此鑒定所述疾病特異性免疫原性突變體肽。

5.權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)的方法，其進(jìn)一步包括基于所鑒定的疾病特異性免疫原性突變體肽的序列合成肽。

6.權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)的方法，其進(jìn)一步包括基于所鑒定的疾病特異性免疫原性突變體肽的序列合成編碼肽的核酸。

7.一種疾病特異性免疫原性突變體肽，其通過(guò)權(quán)利要求5或6的方法獲得。

8.一種組合物，其包含權(quán)利要求7的疾病特異性免疫原性突變體肽。

9.一種治療個(gè)體中的疾病的方法，其包括對(duì)所述個(gè)體施用有效量的權(quán)利要求8的組合物。

10.一種在具有疾病的個(gè)體中刺激免疫應(yīng)答的方法，其包括施用權(quán)利要求8的組合物。