[發(fā)明專利]無創(chuàng)產(chǎn)前篩查微缺失或微重復(fù)非配對(duì)參考品及其制備和應(yīng)用

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110903131.0
• 申請(qǐng)日: 2021-08-06
• 公開（公告）號(hào): CN113699225A
• 公開（公告）日: 2021-11-26
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 韋良慎;梁達(dá)超;劉楚新;修毓雯;劉清波;林欣欣
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 菁良基因科技（深圳）有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12Q1/6806
• 代理公司: 深圳智趣知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 44486
• 代理人: 崔艷崢

本發(fā)明公開了一種無創(chuàng)產(chǎn)前篩查微缺失或微重復(fù)非配對(duì)參考品及其制備和應(yīng)用，所述參考品包括非配對(duì)陽性參考品，還可以包括非配對(duì)陰性參考品；本發(fā)明的制備方法模擬細(xì)胞游離DNA制備方法，采用基因編輯的手段獲得攜帶微缺失或微重復(fù)的細(xì)胞系，使用正常細(xì)胞系制備的cfDNA與攜帶微缺失或微重復(fù)的細(xì)胞系制備的cfDNA按一定比例混合，再與無DNA的血漿混合制成。本發(fā)明的參考品背景明確、模擬臨床樣品、成本低、可再生，適用于各種檢測(cè)方法的三體綜合征和微缺失或微重復(fù)綜合征無創(chuàng)產(chǎn)前篩查，可用于不同測(cè)序方法及測(cè)序平臺(tái)的質(zhì)控檢測(cè)，為胎兒游離DNA濃度的準(zhǔn)確定值及不同綜合征的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估提供了參考。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基因檢測(cè)領(lǐng)域，特別涉及一種無創(chuàng)產(chǎn)前篩查微缺失或微重復(fù)非配對(duì)參考品及其制備和應(yīng)用。

背景技術(shù)

現(xiàn)今，高齡孕婦數(shù)量增加使胎兒的染色體異常風(fēng)險(xiǎn)更高。隨著基因檢測(cè)技術(shù)的應(yīng)用越來越廣泛，無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(Non-invasive prenatal screening，NIPS)成為了預(yù)防出生缺陷的重要手段。2020年美國婦產(chǎn)科醫(yī)師學(xué)會(huì)發(fā)布了一套新的指南，建議對(duì)所有孕婦進(jìn)行無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測(cè)。NIPS通過采集孕婦靜脈血，提取胎兒游離DNA(Cell-free fetal DNA，cffDNA)，采用高通量測(cè)序技術(shù)，基于全基因組大規(guī)模平行鳥槍、目標(biāo)區(qū)域鳥槍法、基因芯片及核苷酸多態(tài)性的原理，結(jié)合生物信息分析，得出胎兒患染色體異常的風(fēng)險(xiǎn)，對(duì)于胎兒21-三體、18-三體和13-三體綜合癥具有高靈敏度和高特異性，目前已經(jīng)大規(guī)模運(yùn)用于臨床常規(guī)篩查。但是人群發(fā)病率較高的染色體微缺失和微重復(fù)綜合征(Microdeletion andmicroduplication syndromes，MMS)卻沒有納入無創(chuàng)產(chǎn)前的篩查范圍。染色體微缺失或微重復(fù)綜合征(MMS)是由微小的、經(jīng)傳統(tǒng)細(xì)胞遺傳學(xué)分析難以發(fā)現(xiàn)的染色體畸變而導(dǎo)致的具有復(fù)雜臨床表現(xiàn)的遺傳性疾病。染色體微缺失又稱為微小片段缺失，是指染色體上缺失的片段，一般小于10Mb。染色體微缺失或微重復(fù)綜合征常見臨床表型為生長(zhǎng)發(fā)育異常、智力發(fā)育遲緩、特殊面容、內(nèi)臟器官畸形、內(nèi)分泌異常、精神行為改變等。例如迪格奧爾格綜合征是由于染色體22q11區(qū)段缺失導(dǎo)致，該綜合征在新生兒中的發(fā)病率為1/4000～1/1000，比18三體綜合征1/7000～1/3500的發(fā)病率還高，卻不在NIPS的篩查范圍內(nèi)，許多類似的微缺失或微重復(fù)綜合征(MMS)亟待被納入檢測(cè)，無創(chuàng)產(chǎn)前篩查在標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)范化檢測(cè)的前提下需要升級(jí)篩查范圍。

隨著技術(shù)的進(jìn)步，NIPS不僅僅可以檢測(cè)21-三體綜合征(唐氏綜合征)、18-三體綜合征(愛德華氏綜合征)、13-三體綜合征(帕陶氏綜合征)，還可以通過技術(shù)優(yōu)化擴(kuò)展到檢測(cè)染色體微缺失或微重復(fù)綜合征，目前檢測(cè)試劑盒在研發(fā)測(cè)試、注冊(cè)申報(bào)和日常質(zhì)控中均需要參考品，但目前國內(nèi)相關(guān)領(lǐng)域的參考品尚未涵蓋染色體微缺失和微重復(fù)綜合征，且其制作及應(yīng)用也缺乏規(guī)范化和產(chǎn)業(yè)化，極大制約了出生缺陷基因檢測(cè)試劑的研發(fā)和注冊(cè)工作，同時(shí)也影響行業(yè)內(nèi)檢測(cè)的準(zhǔn)確性。目前，僅有針對(duì)21-三體綜合征、18-三體綜合征、13-三體綜合征的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查的質(zhì)控品，且其原料大部分來源于流產(chǎn)組織和正常未孕女性的血漿，其中流產(chǎn)組織具有無法再生、異質(zhì)性較大及較難獲得等缺陷，而正常未孕女性的血漿除了上述缺陷還具有背景復(fù)雜的問題，因此無法適用于除大規(guī)模平行鳥槍法以外的檢測(cè)方法，這些缺陷制約著參考品標(biāo)準(zhǔn)化及產(chǎn)業(yè)化，甚至影響到NIPS篩查范圍的升級(jí)。因此目前亟需一種背景明確、模擬臨床樣品、低成本、可再生及普適性的染色體微缺失或微重復(fù)參考品。

發(fā)明內(nèi)容

針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)中的缺陷，本發(fā)明提出了一種無創(chuàng)產(chǎn)前篩查微缺失或微重復(fù)非配對(duì)參考品及其制備和應(yīng)用。所述參考品包括非配對(duì)陽性參考品，還可以包括非配對(duì)陰性參考品；本發(fā)明的制備方法模擬細(xì)胞游離DNA(Cell free DNA，cfDNA)制備方法，采用基因編輯的手段獲得攜帶微缺失或微重復(fù)的細(xì)胞系，使用正常細(xì)胞系制備的cfDNA與攜帶微缺失或微重復(fù)的細(xì)胞系制備的cfDNA按一定比例混合，再與無DNA的血漿混合制成。

本發(fā)明提供一種無創(chuàng)產(chǎn)前篩查微缺失或微重復(fù)非配對(duì)參考品，所述參考品包括非配對(duì)陽性參考品；