[發(fā)明專利]一種生物標志物及其在肝內(nèi)膽管細胞癌預后預測中的應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110798461.8
• 申請日: 2021-07-15
• 公開（公告）號: CN113528664B
• 公開（公告）日: 2023-08-29
• 發(fā)明（設計）人: 曾勇;高強;孫德強;袁克非;陳璐;陳星
• 申請（專利權）人: 四川大學華西醫(yī)院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;G16B20/30;G16B40/00
• 代理公司: 成都云縱知識產(chǎn)權代理事務所(普通合伙) 51316
• 代理人: 劉沙粒;伍星

一種生物標志物及其在肝內(nèi)膽管細胞癌預后預測中的應用，所述生物標志物選自LIX1L、LINC01822、TUBA4A、AC023481.1、MFSD1、AC097173.1、FAM153B、STEAP2/STEAP2?AS1、CDKN2B、FAM205BP、GAD2、LETMD1、RASSF3、AC073592.4、GOLGA6B、ORC6、TMEM106A中的至少一種基因的基因區(qū)域，所述基因區(qū)域為基因的增強子、啟動子、外顯子、內(nèi)含子、5’非翻譯區(qū)或3’非翻譯區(qū)。本發(fā)明采用全基因組DNA甲基化測序，在整個基因組范圍內(nèi)描述了肝內(nèi)膽管細胞癌整體的表觀遺傳學改變，并系統(tǒng)地評估出17個基因區(qū)域的甲基化水平在肝內(nèi)膽管細胞癌預后中的價值。

技術領域

本發(fā)明涉及生物醫(yī)藥領域，具體涉及一種生物標志物及應用了該生物標志物進行肝內(nèi)膽管細胞癌預后預測的模型、產(chǎn)品及系統(tǒng)。

背景技術

肝內(nèi)膽管癌(Intrahepatic?cholangiocarcinoma，ICC)是肝臟自身產(chǎn)生的第二常見的惡性腫瘤，占原發(fā)性肝癌的4.8～12.0％，且預后較差。在過去的幾十年中，肝內(nèi)膽管癌的發(fā)病率和死亡率持續(xù)上升。完全的手術切除是患有可切除的肝內(nèi)膽管癌患者長期生存的唯一選擇，且部分患者在術后5年的總生存率(overall?survival，OS)約為25.0～39.8％。

肝內(nèi)膽管癌的高度侵略性的生物學行為以及缺乏特定的癥狀和體征的特點，使得大多數(shù)患者在初次診斷時即表現(xiàn)出相對晚期的疾病，因而只有少數(shù)的患者有機會進行手術切除。然而，治愈后的高復發(fā)率將導致預后不良，即使進行了根治性切除，仍然會有57.9～73.4％的患者復發(fā)，而41.3～42.5％的復發(fā)患者會死于復發(fā)。因此，確定根治性切除術后死亡或復發(fā)風險高的患者，并針對性地探索適當?shù)妮o助治療策略至關重要。

5’甲基胞嘧啶(5-mC)中異常的DNA甲基化與肝內(nèi)膽管細胞癌的發(fā)生和發(fā)展過程相關。但是，現(xiàn)有的關于甲基化與肝內(nèi)膽管癌的研究主要集中于單個或多個常見的腫瘤抑制基因的甲基化水平上，例如CDH1、SOCS3、p15、hMLH1、APC、ARIDEAOPCML等，對其余的基因，以及基因上特定的基因區(qū)域的甲基化水平在預測肝內(nèi)膽管細胞癌的長期預后方面的作用知之甚少。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明一個目的在于提供一種生物標志物，所述生物標志物涉及1至17種基因區(qū)域，所述基因區(qū)域對應于1至18種基因，其中，基因區(qū)域可以是增強子、啟動子、外顯子、內(nèi)含子、5’非翻譯區(qū)和3’非翻譯區(qū)中的一種。通過檢測上述生物標志物的甲基化水平，能夠基于各基因區(qū)域的甲基化水平計算得到基因組甲基化評分(genomic?methylation?score，GMS)，并通過基因組甲基化評分將進行肝內(nèi)膽管癌預后。

上述目的通過下述技術方案實現(xiàn)：

一種生物標志物，所述生物標志物選自LIX1L、LINC01822、TUBA4A、AC023481.1、MFSD1、AC097173.1、FAM153B、STEAP2/STEAP2-AS1、CDKN2B、FAM205BP、GAD2、LETMD1、RASSF3、AC073592.4、GOLGA6B、ORC6、TMEM106A中的至少一種基因的基因區(qū)域，所述基因區(qū)域為基因的增強子、啟動子、外顯子、內(nèi)含子、5’非翻譯區(qū)或3’非翻譯區(qū)。

傳統(tǒng)的關于肝內(nèi)膽管細胞癌DNA甲基化的研究主要集中于數(shù)個基因或者450k芯片結果，樣本量小，無法完整地反映出基因上特定的基因區(qū)域的甲基化水平對肝內(nèi)膽管癌的作用和影響。

本申請中，對選自四川大學華西醫(yī)院、復旦大學中山醫(yī)院和天津醫(yī)科大學腫瘤醫(yī)院的患者采用全基因組DNA甲基化測序(Whole?Genome?Bisulfite?Sequencing，WGBS)，在整個基因組范圍內(nèi)描述了肝內(nèi)膽管細胞癌整體的表觀遺傳學改變，并系統(tǒng)地評估了各基因區(qū)域的甲基化水平的預后價值，基于甲基化水平的預后價值不同，構建了基因組甲基化評分以預測患者的預后。