[發(fā)明專利]一種高通量定量和定性分析蛋白質(zhì)的方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110794369.4
• 申請(qǐng)日: 2021-07-14
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113484449A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-10-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 梅占龍;寧小蓮;李琪丹;劉杰;劉斯奇;任艷
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號(hào): G01N30/06
• 分類號(hào): G01N30/06;G01N30/88
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 閆書寧

1.一種高通量分析蛋白質(zhì)的方法，包括如下步驟：

(1)分別提取若干目標(biāo)樣本的蛋白，之后酶解，獲得酶解肽段；

(2)完成步驟(1)后，分別用質(zhì)量數(shù)相差大于50Da的標(biāo)簽標(biāo)記來(lái)自不同樣本的肽段；

(3)將步驟(2)標(biāo)記的肽段進(jìn)行LC-MS/MS檢測(cè)，采用DDA模式采集數(shù)據(jù)，構(gòu)建DDA譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)；

(4)將步驟(2)標(biāo)記的肽段混合，得到混合肽段；將混合肽段和步驟(2)標(biāo)記的肽段分別進(jìn)行LC-MS/MS檢測(cè)，采用DIA模式采集數(shù)據(jù)，獲得DIA數(shù)據(jù)；

(5)將步驟(3)構(gòu)建的DDA譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)和步驟(4)獲得的DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行定性和/或定量分析，通過(guò)標(biāo)簽區(qū)分來(lái)自不同樣本的蛋白。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(1)中，酶解采用Trypsin酶和Lys-c酶進(jìn)行。

3.如權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于：所述步驟(1)中，所述目標(biāo)樣本的蛋白、Trypsin酶和Lys-c酶的比例為400μg：(1.00-1.50)μg：(1.00-1.50)μg。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(2)中，標(biāo)簽為iTRAQ、TMT或IBT。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(3)中，DDA譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)采用鑒定軟件構(gòu)建；鑒定軟件為maxquant或mascot。

6.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(3)中，采用DDA模式采集數(shù)據(jù)時(shí)，一級(jí)譜圖采集時(shí)，保證來(lái)自不同樣本的同一個(gè)肽段的母離子，落在不同的采集窗口中，不會(huì)互相干擾；二級(jí)譜圖定量時(shí)，只選擇標(biāo)簽標(biāo)記的肽段進(jìn)行定量，通過(guò)標(biāo)簽判斷肽段來(lái)自哪個(gè)樣本；二級(jí)碎裂后產(chǎn)生的離子，通過(guò)設(shè)置二級(jí)譜圖掃描的起始m/z，通過(guò)m/z篩選實(shí)現(xiàn)不采集二級(jí)譜圖上的報(bào)告離子。

7.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(5)中，將步驟(3)構(gòu)建的DDA譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)和步驟(4)獲得的DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行定性分析為將DIA數(shù)據(jù)和DDA數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入Spectronaut軟件或Skyline軟件，進(jìn)行定性分析。

8.如權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于：所述步驟(5)中，將步驟(3)構(gòu)建的DDA譜圖數(shù)據(jù)庫(kù)和步驟(4)獲得的DIA數(shù)據(jù)進(jìn)行定量分析為利用R程序計(jì)算混合樣本中每種標(biāo)簽對(duì)應(yīng)樣本的蛋白和肽段的定量信息。

9.權(quán)利要求1至8任一所述的方法在PRM靶向蛋白采集中的應(yīng)用。

10.權(quán)利要求1至8任一所述的方法在PRM靶向采集目標(biāo)肽段的母離子中的應(yīng)用。