[發明專利]一種腫瘤靶向治療藥物敏感性和耐藥性評估方法

有效

• 申請號: 202110775810.4
• 申請日: 2021-07-08
• 公開（公告）號: CN113539361B
• 公開（公告）日: 2023-02-24
• 發明（設計）人: 郭新雨;朱瑩瑩;趙小紅;吳小雷;任麗;李捷
• 申請（專利權）人: 譜天（天津）生物科技有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B30/00;G16B40/00;G16H70/40
• 代理公司: 南京中律知識產權代理事務所(普通合伙) 32341
• 代理人: 沈振濤

本發明公開了一種基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物選擇方法，包括以下步驟：1)將獲取的樣本進行基因測序分析，并根據變異基因的突變頻率，推導包含不同變異基因種類的細胞克隆類型，從而將不同突變聚類到多個亞克隆中；2)統計每個亞克隆中不同種類突變的突變豐度，計算豐度差值與總豐度的比例，根據計算結果是在0％?100％范圍還是在?100％～0％范圍，進行靶向治療藥物的選擇。與現有技術相比，本發明方法對于依據基因測序結果推薦靶向藥的報告解讀過程中，在基因測序結果同時出現藥物敏感位點或耐藥位點的情形下，或存在多個基因的靶向藥物供選擇時，能夠提供更為客觀的判斷及推薦依據。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，具體地，涉及一種基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物選擇方法。

背景技術

腫瘤是指機體在各種致癌因子的刺激下，局部組織產生增生而形成的贅生物。多項研究證實，癌基因的突變導致信號通路的過度激活，從而導致細胞癌變的發生。針對特定癌基因的靶向治療方案的興起，使腫瘤患者的治療模式發生了巨大改變，增加患者的治療方案的同時也大大延長了患者的生存期。為了判定患者如何使用靶向藥物，首先需要進行基因檢測，確定相關的致癌性位點，從而選擇合適的靶向藥。高通量測序的廣泛應用為臨床上鑒定出患者腫瘤個體化基因變異特征提供了便利的條件，但如何根據這些基因變異特征準確選擇有針對性的靶向藥，是基因檢測技術的核心工作。

在進行基因檢測后進行靶向藥物推薦的過程中，我們經常遇到兩種問題較難處理：一、臨床上檢測到患者同時存在藥物敏感突變和耐藥突變，是否可以繼續使用針對敏感突變的靶向治療藥物，或如何選擇合適的時機，使用靶向治療藥物治療的同時聯合其他的治療方案以延緩耐藥出現的時間。二、同時存在多個基因的靶向藥物可供選擇，如何選擇最合適的治療方案進行繼續治療。此種情況為臨床醫生如何進行診斷和治療帶來了諸多不便。所以針對基因的藥物敏感位點和耐藥位點進行評估的標準化流程的建立非常重要。

發明內容

發明目的：為解決上述技術問題，本發明提供了一種基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物選擇方法。

技術方案：為達到上述發明目的，本發明采用如下技術方案：

一種基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物選擇方法，包括以下步驟：

1)將獲取的樣本進行基因測序分析，并根據變異基因的突變頻率，推導包含不同變異基因種類的細胞克隆類型，從而將不同突變聚類到多個亞克隆中；

2)統計每個亞克隆中不同種類突變的突變豐度，計算豐度差值與總豐度的比例，根據計算結果是在0％-100％范圍還是在-100％～0％范圍，進行靶向治療藥物的選擇。

本方法也適用于具有不同生物特征的克隆類型的其他組分。

優選的，步驟1)中，所述樣本包括腫瘤組織或全血。

優選的，步驟1)中，所述基因測序分析選擇全基因組或全外顯子等相對覆蓋范圍廣的基因測序方案。

優選的，步驟1)中，采用細胞基因變異類型分析軟件，如PyClone等，根據變異基因的突變頻率，推導包含不同變異基因種類的細胞克隆類型。

優選的，步驟(1)中，進行耐藥評估時，以藥物敏感性和耐藥性進行分類，將亞克隆分為4種類型：僅存在藥物敏感突變、僅存在耐藥突變、藥物敏感突變和耐藥突變均存在、藥物敏感突變和耐藥突變均不存在。

優選的，步驟(1)中，進行多個基因靶向藥物選擇時，以對藥物敏感的基因突變進行分類，將其分為4個不同的亞克隆類型：存在敏感突變1和敏感突變2、敏感突變1、敏感突變2、不存在敏感突變1和敏感突變2。

優選的，步驟2)中，如真實的亞克隆小于4種，則沒出現突變的一項歸為0；如真實的亞克隆大于4種，則與本次評價無關的亞克隆歸為第4類。