[發(fā)明專利]一種腫瘤靶向治療藥物敏感性和耐藥性評估方法

有效

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• 申請日: 2021-07-08
• 公開（公告）號: CN113539361B
• 公開（公告）日: 2023-02-24
• 發(fā)明（設計）人: 郭新雨;朱瑩瑩;趙小紅;吳小雷;任麗;李捷
• 申請（專利權）人: 譜天（天津）生物科技有限公司
• 主分類號: G16B20/50
• 分類號: G16B20/50;G16B30/00;G16B40/00;G16H70/40
• 代理公司: 南京中律知識產權代理事務所(普通合伙) 32341
• 代理人: 沈振濤

1.一種非治療目的的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，包括以下步驟：

1）將獲取的樣本進行基因測序分析，并根據變異基因的突變頻率，推導包含不同變異基因種類的細胞克隆類型，從而將不同突變聚類到多個亞克隆中；進行耐藥評估時，以藥物敏感性和耐藥性進行分類，將亞克隆分為4種類型：僅存在藥物敏感突變、僅存在耐藥突變、藥物敏感突變和耐藥突變均存在、藥物敏感突變和耐藥突變均不存在；

2）統(tǒng)計每個亞克隆中不同種類突變的突變豐度，計算豐度差值與總豐度的比例，根據計算結果是在0%-100%范圍還是在-100%~0%范圍，進行腫瘤靶向治療藥物敏感性和耐藥性的評估。

2.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟1）中，所述樣本包括腫瘤組織或全血。

3.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟1）中，所述基因測序分析選擇全基因組或全外顯子測序方案。

4.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟1）中，采用細胞基因變異類型分析軟件，根據變異基因的突變頻率，推導包含不同變異基因種類的細胞克隆類型。

5.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟（1）中，進行多個基因靶向藥物選擇時，以對藥物敏感的基因突變進行分類，將其分為4個不同的亞克隆類型：存在敏感突變1和敏感突變2、敏感突變1、敏感突變2、不存在敏感突變1和敏感突變2。

6.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟2）中，如真實的亞克隆小于4種，則沒出現突變的一項歸為0；如真實的亞克隆大于4種，則與本次評價無關的亞克隆歸為第4類。

7.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟2）中，統(tǒng)計每個亞克隆中的敏感突變和/或耐藥突變的突變豐度，定義亞克隆分類：克隆1：敏感突變和耐藥突變均存在；克隆2：僅存在敏感突變；克隆3：僅存在耐藥突變；克隆4：敏感突變和耐藥突變均不存在；耐藥評估的計算標準如下：

定義克隆1的突變豐度為α，克隆2中突變豐度為β，克隆3中突變豐度為γ，克隆4中突變豐度為δ；

若[β-(α+γ）]/（α+β+γ+δ）×100%∈(0%，100%]時，腫瘤細胞對針對β類細胞的靶向藥物敏感；

若 [β-(α+γ）]/（α+β+γ+δ）×100%∈[-100%，0%]時，腫瘤細胞對針對β類細胞的靶向藥物耐藥。

8.根據權利要求1所述的基于基因突變豐度的腫瘤靶向藥物敏感性和耐藥性評估方法，其特征在于，步驟2）中，統(tǒng)計每個亞克隆中的敏感突變和/或耐藥突變的突變豐度，定義亞克隆分類：克隆1：存在敏感突變1和敏感突變2；克隆2：僅存在敏感突變1；克隆3：僅存在敏感突變2；克隆4：不存在敏感突變1和敏感突變2；靶向評估的計算標準如下：

定義克隆1的突變豐度為α，克隆2中突變豐度為β，克隆3中突變豐度為γ，克隆4中突變豐度為δ；

若[（α+β）-(α+γ）]/（α+β+γ+δ）×100%∈(0%，100%]時，腫瘤細胞對針對β類細胞的靶向藥物敏感；

若[（α+β）-(α+γ）]/（α+β+γ+δ）×100%∈[-100%，0%]時，腫瘤細胞對針對γ類細胞的靶向藥物敏感；

在多個藥物敏感位點存在的情形下，按照以上計算方法分別計算。