[發明專利]微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法

在審

• 申請號: 202110761466.3
• 申請日: 2021-07-06
• 公開（公告）號: CN113604537A
• 公開（公告）日: 2021-11-05
• 發明（設計）人: 姜昊;鄧昭敏
• 申請（專利權）人: 四川普羅海爾斯生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806;C12Q1/6869;C40B50/06
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

本發明提供一種微量冷凍組織ATAC?seq測序文庫的構建方法，包括如下步驟：S1：進行研磨組織，制備細胞懸液并提取細胞核的步驟；S2：進行轉座及純化的步驟；S3：進行PCR富集，并構建文庫及片段篩選的步驟；S4：進行文庫質檢的步驟。該微量冷凍組織ATAC?seq測序文庫的構建方法具有的優點如下：該方法可以很好地解決現有ATAC?seq技術對冷凍微量組織，尤其是冷凍的鱗狀細胞癌微量組織并不適用的問題。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及微量冷凍組織樣本ATAC-seq測序文庫的構建方法。

背景技術

染色質轉座酶可及性測序(assay for transposase-accessible chromatinwith high throughput sequencing，ATAC-seq)是基于高通量測序的染色質轉座酶可接近性新技術。2013年首次發表于Nature Methods，由斯坦福大學William JGreenleaf課題組開發。原理是利用轉座酶Tn5可切割開放染色質區域的特性，對Tn5酶捕獲到的DNA序列進行測序。相比過往的染色質開放性研究技術，ATAC-seq樣本需求量少、過程更為簡便、效率更高，僅需兩步就能從少量細胞中捕獲染色質開放區域。這種方法可以同時獲得“開放”染色質的位置，繪制全基因組染色質可及性圖譜，預測轉錄因子結合位點，測定核小體的位置，還可被用于測定單個細胞中染色質的可及性，從而揭示細胞群體內的異質性。目前ATAC-seq已經成為遺傳組學中研究染色質開放性的首選技術方法。在醫學領域，ATAC-seq被應用于繪制人類腫瘤、自身免疫性疾病、代謝性疾病、退行性疾病等復雜疾病的染色質可及性圖譜。探索基因調控的相互作用，揭示驅動疾病發生和發展的調控突變，推動復雜疾病在表觀遺傳平的研究。

現有ATAC-seq技術雖然彌補了過往技術的不足，但依然存在難題，如冷凍組織DNA提取效率低、微量樣本(≤10mg)無法得到獲得處于開放狀態的DNA 序列，鱗癌建庫難等。臨床上，重要且微量的組織因沒有足夠的樣本量而阻礙臨床科學探索的案例比比皆是，如腫瘤異質性研究、腫瘤演化進程相關研究、流式等針對細胞亞群性研究、細胞分化等眾多當前研究熱點及難題。

綜上所述，現有ATAC-seq技術對冷凍微量組織，尤其是冷凍的鱗狀細胞癌微量組織并不適用。因此提出一種微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法以解決上述問題。

發明內容

本發明的目的在于針對現有技術的不足，提供一種微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法，該微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法可以很好地解決上述問題。

為達到上述要求，本發明采取的技術方案是：提供一種微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法，該微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法包括如下步驟：

S1：進行研磨組織，制備細胞懸液并提取細胞核的步驟；

S2：進行轉座及純化的步驟；

S3：進行PCR富集，并構建文庫及片段篩選的步驟；

S4：進行文庫質檢的步驟。

該微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法具有的優點如下：

該方法可以很好地解決現有ATAC-seq技術對冷凍微量組織，尤其是冷凍的鱗狀細胞癌微量組織并不適用的問題。

附圖說明

此處所說明的附圖用來提供對本申請的進一步理解，構成本申請的一部分，在這些附圖中使用相同的參考標號來表示相同或相似的部分，本申請的示意性實施例及其說明用于解釋本申請，并不構成對本申請的不當限定。在附圖中：

圖1示意性地示出了根據本申請一個實施例的微量冷凍組織ATAC-seq測序文庫的構建方法的流程示意圖。