[發明專利]一種乳腺癌預后風險預測標志組合物及應用

有效

• 申請號: 202110718803.0
• 申請日: 2021-06-28
• 公開（公告）號: CN113355419B
• 公開（公告）日: 2022-02-18
• 發明（設計）人: 王志宇;王玄;王能
• 申請（專利權）人: 廣州中醫藥大學（廣州中醫藥研究院）
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;G16B25/10;G16B40/00
• 代理公司: 廣州市華學知識產權代理有限公司 44245
• 代理人: 劉瑜

1.一種乳腺癌預后風險預測標志組合物，其特征在于：所述的標志組合物由MT3、SORBS1、IGFALS、AMH、IL12B、TP53AIP1、PXDNL、MC5R、FOXD1和LHX1基因組成。

2.用于檢測權利要求1所述的乳腺癌預后風險預測標志組合物的表達水平的試劑在制備乳腺癌預后風險預測和/或診斷產品中的應用。

3.根據權利要求2所述的應用，其特征在于，所述的乳腺癌預后風險預測通過如下步驟實現：

（1）獲得基因表達水平

選擇n個乳腺癌患者作為參照樣本，從第1個參照樣本開始，依次獲得第1個乳腺癌患者腫瘤患者的MT3、SORBS1、IGFALS、AMH、IL12B、TP53AIP1、PXDNL、MC5R、FOXD1和LHX1基因的表達水平，即獲得每個基因的表達值；然后將每個基因的表達值經z-score標準化后，得到每個基因的標準化表達值，依次記為Xi_1-1、Xi_2-1……Xi_10-1；以此類推，分別獲得第2個至第n個參照樣本的基因表達水平，記為Xi_1-2、Xi_2-2……Xi_10-2， Xi_1-3、Xi_2-3……Xi_10-3，Xi_1-n、Xi_2-n……Xi_10-n； 其中，n≥200；

（2）建立預測模型

根據如下公式計算得到第1個乳腺癌患者的風險分數：風險分數R₁=(-0.160)*Xi_1-1+(-0.129)*Xi_2-1+(-0.084)*Xi_3-1+0.089*Xi_4-1+(-0.137)*Xi_5-1+(0.164)*Xi_6-1+0.137*Xi_7-1+0.120*Xi_8-1+0.073* Xi_9-1+0.055* Xi_10-1；以此類推，分別計算得到第2個至第n個乳腺癌患者的風險分數R₂，R₃……R_n；

（3）確定截斷值

以步驟（1）中的n個乳腺癌患者5年內死亡與否為標準，以1代表死亡，0代表存活，并根據步驟（2）中計算得到的風險分數R₁，R₂……R_n分別繪制ROC曲線，再根據繪制的ROC曲線獲得截斷值；

（4）預后死亡風險判斷

參考步驟（1）中的方法，先分別測定待預測乳腺癌患者的MT3、SORBS1、IGFALS、AMH、IL12B、TP53AIP1、PXDNL、MC5R、FOXD1和LHX1基因的表達水平，獲得待預測乳腺癌患者的每個基因的表達值；將每個基因的表達值經z-score標準化后，得到每個基因的標準化表達值；然后根據步驟（2）中的公式計算得到待預測乳腺癌患者的風險分數，再根據待預測乳腺癌患者的風險分數以及步驟（3）確定的截斷值大小預測乳腺癌患者的預后死亡風險：風險分數高于或等于截斷值的預測為高風險人群，風險分數低于截斷值的預測為低風險人群。

4.根據權利要求3所述的應用，其特征在于：

步驟（1）中所述的n的取值范圍為：n≥500；

步驟（3）中的截斷值為最佳截斷值，根據約登指數最大原則，取約登指數最大時對應風險分數的數值為截斷值。

5.根據權利要求4所述的應用，其特征在于：

步驟（1）中所述的n的取值范圍為：n≥1000。

6.根據權利要求3所述的應用，其特征在于，在步驟（4）之后還包括如下步驟：

（5）生存率判斷

使用R語言中的rms包根據步驟（1）中的n個乳腺癌患者的年齡、病理學分期、分子分型和風險分數繪制生存率預測列線圖，并以此計算出待預測乳腺癌患者的一年、三年、五年生存率。