[發明專利]檢測水稻耐鹽性基因SKC1NB

在審

• 申請號: 202110700405.6
• 申請日: 2021-06-23
• 公開（公告）號: CN113322344A
• 公開（公告）日: 2021-08-31
• 發明（設計）人: 周繼華;儲黃偉;程燦;曹黎明;牛付安;孫濱;涂榮劍;李瑤
• 申請（專利權）人: 上海市農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 浙江千克知識產權代理有限公司 33246
• 代理人: 黎雙華

1.檢測水稻耐鹽性基因SKC1^NB的KASP分子標記，其特征在于，所述KASP分子標記(SKC1^NB-KASP)的引物序列為：

正向引物1：5’-TGCTTGTTCCGACGTCCTAACC-3’；

正向引物2：5’-CGCTTGTTCCGACGTCCTAAC-3’；

反向通用引物：5’-TACTACTCACACGTCGTCGTCATCA-3’。

2.根據權利要求1所述的檢測水稻耐鹽性基因SKC1^NB的KASP分子標記，其特征在于，所述正向引物1的5'端具有HEX熒光信號標簽，HEX標簽序列為：5'-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；所述正向引物2的5'端具有FAM熒光信號標簽，FAM標簽序列為：5'-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。

3.檢測水稻耐鹽性基因SKC1^NB的方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)提取水稻待測樣本的DNA；

2)采用SKC1^NB-KASP分子標記對待測樣本的基因組DNA進行目標序列的PCR擴增；所述KASP分子標記的引物序列為：

正向引物1：5’-TGCTTGTTCCGACGTCCTAACC-3’；

正向引物2：5’-CGCTTGTTCCGACGTCCTAAC-3’；

反向通用引物：5’-TACTACTCACACGTCGTCGTCATCA-3’；

3)對擴增后的樣品進行基因分型檢測，根據基因分型的結果判斷樣本材料中是否具有耐鹽性等位基因SKC1^NB。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述正向引物1的5'端加有HEX熒光信號標簽，HEX標簽序列為：5'-HEX-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3'；所述正向引物2的5'端加有FAM熒光信號標簽，FAM標簽序列為：5'-FAM-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3'。

5.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，步驟2中PCR擴增反應體系為10μL，包括2×KASP Master mix 5μL，KASP Primer mix 0.14μL，模板DNA 1.0μL，ddH2O 3.86μL。

6.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，步驟2中PCR擴增反應程序如下：94℃預變性15min；94℃變性20s；61-55℃退火延伸60s，10個循環，每個循環降低0.6℃；94℃變性20s；55℃退火延伸60s，26個循環。

7.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，步驟3中基因分型的方法為：PCR擴增反應結束后，采用酶標儀檢測PCR產物，將數據導入KlusterCaller數據處理軟件進行分析，根據顏色分類，聚合在接近X軸的顯示藍色的樣本的基因型為連接FAM熒光標簽序列的非SKC1^NB等位基因型，聚合在接近Y軸上的顯示紅色的樣本的基因型為連接HEX熒光標簽序列的SKC1^NB等位基因型，中間顯示綠色的樣本的基因型為兩種等位基因的雜合型。