[發明專利]一種基于NGS的CNV分析檢測腦膠質瘤染色體的方法

在審

• 申請號: 202110563064.2
• 申請日: 2021-05-24
• 公開（公告）號: CN113355401A
• 公開（公告）日: 2021-09-07
• 發明（設計）人: 李唐建
• 申請（專利權）人: 闊然生物醫藥科技（上海）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

1.一種基于NGS的CNV分析檢測腦膠質瘤染色體的方法，其特征在于：具體方法如下步驟：

S1：優化適合于腦膠質瘤檢測的WES探針設計，尤其是優化了7號和10號染色體的探針設計，保證高捕獲率，高覆蓋率；

S2：通過DNA提取試劑盒提取腫瘤樣本的DNA，然后使用Illumina建庫試劑盒建庫；

S3：通過Illumina測序儀測序,下機的fastq數據經過Trimmomatic處理，主要對接頭序列和低質量序列進行過濾；

S4：通過比對軟件bwa將fastq比對到參考基因組，然后通過samtools把比對得到的sam文件變為bam文件，再通過Gatk4對bam文件標記重復、堿基質量進行矯正，從而得到作為拷貝數變異分析的bam文件；

S5：通過等位基因特異性的拷貝數分析軟件提取需要分析的基因組區域，基于dbSNP和1000genome數據庫制作一個人群數據庫的胚系的單核苷酸多態性（SNP）位點文件，基于覆蓋范圍很大的WES測序，但是某些位點深度不是很深的特點優化軟件參數，將得到的含有染色體位置信息，拷貝數信息的拷貝數變異的結果進行進一步處理；

S6：根據已知的的7，10號染色體的長度，定義拷貝數大于2為擴增，小于2為缺失，結合當前腫瘤樣本的7號染色體發生擴增的染色體區域，10號染色體發生缺失的染色體區域的長度分別占整條7號染色體，10號染色體的比例；

S7：經過反復優化參數，當某個腫瘤樣本同時發生7號染色體發生擴增的染色體區域，10號染色體發生缺失的染色體區域的長度分別占整條7號染色體，10號染色體的比例不小于60%的時候，定義該腫瘤樣本發生第7號染色體獲得和第10 號染色體缺失（+7/-10），簡稱為陽性樣本，其他情況定義為陰性樣本。

2.根據權利要求1所述的一種基于NGS的CNV分析檢測腦膠質瘤染色體的方法，其特征在于：所述S4中的比對軟件bwa將fastq比對到參考基因組，其版本為hg19。

3.根據權利要求1所述的一種基于NGS的CNV分析檢測腦膠質瘤染色體的方法，其特征在于：所述S7中經過和染色體拷貝數檢測金標準FISH技術對比，得出算法的靈敏度是100%，特異性是80%。