[發明專利]基于多重熒光定量PCR技術的新冠病毒突變序列檢測技術及其應用

在審

• 申請號: 202110508385.2
• 申請日: 2021-05-11
• 公開（公告）號: CN113025760A
• 公開（公告）日: 2021-06-25
• 發明（設計）人: 李萬帥;孔祥賓;湯麗麗
• 申請（專利權）人: 常州國藥醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6851;C12R1/93
• 代理公司: 常州市權航專利代理有限公司 32280
• 代理人: 黃晶晶

本發明提供一種基于多重熒光定量PCR技術的新冠病毒突變類型檢測技術及其應用。本發明主要基于熒光定量PCR技術針對目前S基因重要突變類型，如序列位置23403，序列變化AG、序列位置23063，序列變化AT、序列位置22812?22813，序列變化AGGA、序列位置23012，序列變化GA進行單管或多管多重檢測。其試劑盒可以很好的鑒別目前流行的D614G、N501Y、K417N、E484K重要突變株且特異性好，對新冠病毒的突變監測具有十分積極的意義。

技術領域

本發明涉及生物技術領域，特別是涉及基于多重熒光定量PCR技術的新冠病毒核酸突變類型檢測技術及其應用。

背景技術

自2019年12月起爆發的新型呼吸系統疾病，截止2021年1月中旬已在全球確診超過九千萬例，主要臨床癥狀表現為發熱、乏力、干咳。經分離鑒定，確認其病原為一種新型冠狀病毒，國際病毒分類學委員會將其命名為“SARS-CoV-2”。這是目前在人體中發現的第七種冠狀病毒，之前主要有6種，其中229E，OC43，NL63，HKU1四種致病性較輕，可引起輕微呼吸道疾病，其余兩種SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒，可引起嚴重呼吸道疾病。

由于新冠肺炎疫情全球持續爆發以及RNA病毒更容易在復制過程中突變，新冠病毒突變位點不斷出現，這對疫苗的預防效果和病毒監測都帶來了一定的風險。目前多個新冠病毒突變株：譜系B.1.1.7(首先在英格蘭發現)、B.1.351(首先在南非發現)和P1(首先在巴西發現)等，受到全球廣泛關注。其中涉及S蛋白關鍵功能的D614G、N501Y、K417N、E484K關鍵突變尤為重要。針對新冠病毒檢測陽性的病例，確認是否屬于關鍵突變類型，對于病毒監測具有重要意義。

多種熒光定量PCR檢測技術融匯了PCR的靈敏性、DNA雜交的特異性、同一管多重或多管快速檢測的優點，是目前臨床檢驗中認同程度很高的一種檢測技術，已廣泛應用于科學研究和臨床檢測。但目前已上市產品中絕大多數為普通新冠病毒檢測產品，涉及新冠病毒新突變類型技術極少。

發明內容

鑒于以上所述現有技術的缺點，本發明的目的在于提供一種基于熒光定量PCR技術的新冠病毒核酸突變基因類型檢測技術及其應用。

本發明一方面提供了一種用于檢測新冠病毒核酸S基因突變類型的試劑盒，所述試劑盒包括以下引物和探針組中的任一種或幾種，其中每組中的引物都包含正向引物和反向引物，每個所述探針的兩端分別標記有熒光報告基團/熒光淬滅基團：

a.用于檢測S基因突變類型：序列位置23403，序列變化AG的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.1所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.3所示；

b.用于檢測S基因突變類型：序列位置23063，序列變化AT的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.5所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.7所示；

c.用于檢測S基因突變類型：序列位置22812-22813，序列變化AGGA的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.9所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ IDNo.10所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.11所示；

d.用于檢測S基因突變類型：序列位置23012，序列變化GA的引物和探針；其中正向引物的核苷酸序列如：SEQ ID No.5所示，反向引物的核苷酸序列如SEQ ID No.6所示，其中探針的核苷酸序列如SEQ ID No.13所示。

上述S基因序列的突變最終導致S蛋白中以下改變：序列位置23403，序列變化AG使得D614G；序列位置23063，序列變化AT使得N501Y；序列位置22812-22813，序列變化AGGA使得K417N；序列位置23012，序列變化GA使得E484K。