[發(fā)明專利]一種基于二代測序數(shù)據(jù)鑒別微衛(wèi)星不穩(wěn)定的位點(diǎn)組合、方法及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110499487.2
• 申請日: 2021-05-07
• 公開（公告）號: CN113151476B
• 公開（公告）日: 2022-08-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 朱虹琳;苑紅領(lǐng);王丹華;李偉;馬同輝
• 申請（專利權(quán)）人: 北京泛生子基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;G16B20/30;G16B30/00
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 張如佳

本發(fā)明公開了一種基于二代測序數(shù)據(jù)鑒別微衛(wèi)星不穩(wěn)定的位點(diǎn)組合、方法及其應(yīng)用。本發(fā)明提供了一種MS位點(diǎn)組合，由54個(gè)MS位點(diǎn)組成，所述54個(gè)MS位點(diǎn)分別為MS1?MS54。利用腫瘤樣本中MS位點(diǎn)組合中MS序列的變化，結(jié)合TMB和MMR基因突變可以精確判斷微衛(wèi)星的狀態(tài)，提高了微衛(wèi)星狀態(tài)判讀的靈敏性和特異性。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物醫(yī)學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種基于二代測序數(shù)據(jù)鑒別微衛(wèi)星不穩(wěn)定的位點(diǎn)組合、方法及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

微衛(wèi)星(Microsatellite，即MS)是基因組中的短串聯(lián)或者單核苷酸重復(fù)序列，包含單核苷酸、雙核苷酸或高位核苷酸的重復(fù)。人類基因組中，經(jīng)典的微衛(wèi)星為腺嘌呤單核苷酸重復(fù)13次和胞嘧啶及腺嘌呤組合重復(fù)多次，分別簡寫為(A)13和(CA)n。微衛(wèi)星由于其重復(fù)單位的插入或缺失引起微衛(wèi)星長度的改變，稱為微衛(wèi)星不穩(wěn)定(MicrosatelliteInstability，即MSI)。

MSI現(xiàn)象最早被Jacobs等人在結(jié)直腸癌中首次發(fā)現(xiàn)。MSI是由錯配修復(fù)(MMR)基因發(fā)生缺陷引起的，與腫瘤的發(fā)生密切相關(guān)，目前在結(jié)直腸癌、胃癌、子宮內(nèi)膜癌、腦膠質(zhì)瘤等癌癥中均有多項(xiàng)研究。臨床上已將MSI-H作為結(jié)直腸癌及其他實(shí)體瘤預(yù)后和制定輔助治療方案的重要分子標(biāo)志物：2017年5月23日FDA批準(zhǔn)K藥用于攜帶微衛(wèi)星不穩(wěn)定性高(MSI-H)或錯配修復(fù)缺陷(dMMR)分子特征，且不可切除或轉(zhuǎn)移性成人和兒童腫瘤；2018年7月11日FDA加速批準(zhǔn)納武利尤單抗聯(lián)合小劑量伊匹單抗治療接受氟尿嘧啶、奧沙利鉑和伊立替康治療后疾病進(jìn)展的高微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI-H)或錯配修復(fù)缺陷(dMMR)成人或兒童(≥12歲)轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌(mCRC)患者。

目前檢測癌細(xì)胞中MSI狀態(tài)可以通過檢測MMR基因缺失來確定是否發(fā)生MSI，如依賴于免疫組化技術(shù)(ICH)的蛋白水平檢測，其檢測MMR基因通常為MLH1、MSH2、MSH6和PMS2這四個(gè)基因。但是ICH方法結(jié)果判讀依賴病理醫(yī)生閱片水平，主觀性較強(qiáng)。聚合酶鏈反應(yīng)(polymerase chain reaction，PCR)技術(shù)是在分子水平，通過檢測MSI序列變化來檢測癌細(xì)胞MSI狀態(tài)，是檢測MSI狀態(tài)的“金標(biāo)準(zhǔn)”。它可以將一些微衛(wèi)星點(diǎn)為標(biāo)記指導(dǎo)合成引物然后進(jìn)行PCR，通過凝膠電泳分析得出MSI狀態(tài)。其中，最常用的2個(gè)Promega分析系統(tǒng)由5個(gè)單核苷酸標(biāo)記點(diǎn)(BAT-25、BAT-26，MONO-27，NR-21、NR-24)構(gòu)成；而美國國家癌癥研究所參考系統(tǒng)由3個(gè)雙核苷酸(D2S123、D5S346和D17S250)和2個(gè)單核苷酸(BAT-25和BAT-26)構(gòu)成。但PCR方法操作過程復(fù)雜，花費(fèi)較高，而且由于雜合性缺失或者實(shí)驗(yàn)因素影響結(jié)果判斷。

二代測序技術(shù)(NGS)因?yàn)榭梢跃_地檢測DNA序列的改變，成為鑒別MSI-H的新工具。紀(jì)念斯隆·凱特琳癌癥研究中心(Memorial Sloan Kettering Cancer Center，MSK)的一項(xiàng)研究使用NGS方法對12,288例實(shí)體瘤病人進(jìn)行檢測，鑒定MSI狀態(tài)，并用MSI-PCR/MMR-IHC進(jìn)行了驗(yàn)證。實(shí)驗(yàn)證明，NGS方法較MSI-PCR方法具有更高的敏感性。目前存在一些基于二代測序數(shù)據(jù)的MSI狀態(tài)的分析軟件，如mSING、MSIsensor，該類軟件僅考慮MS序列改變計(jì)算癌癥樣本MSI評分，未直接給出癌癥樣本MSI-H狀態(tài)的定性判斷。雖然不同軟件給出了建議閾值，但在我們的既往的臨床檢測實(shí)踐中，接近建議閾值的樣本，很難進(jìn)行是否為MSI-H的判定。已有研究表明，MSI-H與MMR基因突變及腫瘤突變負(fù)荷有一定關(guān)系。因此，綜合MS序列改變、腫瘤突變負(fù)荷(TMB)和MMR基因突變，多個(gè)維度可以有效提高僅利用MS單一維度判讀MSI狀態(tài)準(zhǔn)確度的問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種基于二代測序數(shù)據(jù)用于鑒別微衛(wèi)星狀態(tài)的MS位點(diǎn)組合、方法及其應(yīng)用。

本發(fā)明第一方面：提供一種MS位點(diǎn)組合，由54個(gè)MS位點(diǎn)組成，所述54個(gè)MS位點(diǎn)分別為MS1-MS54，具體信息如下表所示：