[發明專利]一種基于二代測序數據鑒別微衛星不穩定的位點組合、方法及其應用

有效

• 申請號: 202110499487.2
• 申請日: 2021-05-07
• 公開（公告）號: CN113151476B
• 公開（公告）日: 2022-08-09
• 發明（設計）人: 朱虹琳;苑紅領;王丹華;李偉;馬同輝
• 申請（專利權）人: 北京泛生子基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11;G16B20/30;G16B30/00
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 張如佳

1.一種微衛星狀態的檢測方法，包括以下步驟：

1）腫瘤樣本和對照樣本分別提取DNA，建庫后經過靶向捕獲測序；

2）測序數據過濾含接頭和低質量的序列，得到腫瘤樣本和對照樣本的過濾后序列；將過濾后序列與人參考基因組hg19比對，得到包括基因組所有MS位點覆蓋信息的比對文件；

3）在所述比對文件中，統計所述對照樣本和所述腫瘤樣本中MS位點組合中各個MS位點的覆蓋深度信息，分別篩選所述腫瘤樣本和所述對照樣本中覆蓋深度均≥20X的MS位點，記為P1，單位為個；對于P1內的每個MS位點，計算其等位基因的分布信息；通過卡方檢驗比較腫瘤樣本和正常樣本的相同微衛星位點的等位基因分布，若顯著不同，則該位點判定為不穩定；統計P1內所有不穩定的MS位點個數，計為N1，單位為個；計算不穩定MS位點的比例R1=N1/P1*100；

所述MS位點組合由54個MS位點組成，所述54個MS位點分別為MS1-MS54；

其中，所述MS1對應于人參考基因組hg19的chr 1：183513992-183514001的(A)10；

所述MS2對應于人參考基因組hg19的chr 2：66796099-66796108的(T)10；

所述MS3對應于人參考基因組hg19的chr 2：74687410-74687417的(C)8；

所述MS4對應于人參考基因組hg19的chr 2：79314063-79314072的(A)10；

所述MS5對應于人參考基因組hg19的chr 2：96145161-96145172的(AG)6；

所述MS6對應于人參考基因組hg19的chr 2：96145173-96145182的(A)10；

所述MS7對應于人參考基因組hg19的chr 2：135703651-135703663的(T)13；

所述MS8對應于人參考基因組hg19的chr 2：148683686-148683693的(A)8；

所述MS9對應于人參考基因組hg19的chr 2：170025199-170025205的(A)7；

所述MS10對應于人參考基因組hg19的chr 2：190687176-190687184的(T)9；

所述MS11對應于人參考基因組hg19的chr 3：30691872-30691881的(A)10；

所述MS12對應于人參考基因組hg19的chr 3：41860985-41860994的(T)10；

所述MS13對應于人參考基因組hg19的chr 3：51417604-51417610的(C)7；

所述MS14對應于人參考基因組hg19的chr 3：130733047-130733057的(T)11；

所述MS15對應于人參考基因組hg19的chr 3：142274740-142274749的(T)10；

所述MS16對應于人參考基因組hg19的chr 3：195392917-195392925的(T)9；

所述MS17對應于人參考基因組hg19的chr 4：8472786-8472795的(A)10；

所述MS18對應于人參考基因組hg19的chr 5：69422272-69422281的(T)10；

所述MS19對應于人參考基因組hg19的chr 5：69771257-69771266的(A)10；

所述MS20對應于人參考基因組hg19的chr 5：79970915-79970922的(A)8；

所述MS21對應于人參考基因組hg19的chr 5：140049102-140049109的(A)8；

所述MS22對應于人參考基因組hg19的chr 5：145647320-145647328的(A)9；

所述MS23對應于人參考基因組hg19的chr 6：36867371-36867378的(C)8；

所述MS24對應于人參考基因組hg19的chr 6：69785876-69785884的(T)9；

所述MS25對應于人參考基因組hg19的chr 7：5239320-5239335的(A)16；

所述MS26對應于人參考基因組hg19的chr 7：65426055-65426068的(A)14；

所述MS27對應于人參考基因組hg19的chr 7：128035131-128035137的(C)7；

所述MS28對應于人參考基因組hg19的chr 7：143297598-143297604的(G)7；

所述MS29對應于人參考基因組hg19的chr 7：143558417- 143558423的(C)7；

所述MS30對應于人參考基因組hg19的chr 7：151874148-151874156的(T)9；

所述MS31對應于人參考基因組hg19的chr 8：7346867-7346875的(T)9；

所述MS32對應于人參考基因組hg19的chr 8：7679728-7679736的(A)9；

所述MS33對應于人參考基因組hg19的chr 8：23712067-23712078的(T)12；

所述MS34對應于人參考基因組hg19的chr 8：103287851-103287863的(A)13；

所述MS35對應于人參考基因組hg19的chr 8：103289349-103289356的(T)8；

所述MS36對應于人參考基因組hg19的chr 8：145689659-145689667的(C)9；

所述MS37對應于人參考基因組hg19的chr 9：104303004-104303011的(A)8；

所述MS38對應于人參考基因組hg19的chr 9：132848815-132848823的(T)9；

所述MS39對應于人參考基因組hg19的chr 11：59368219-59368234的(A)16；

所述MS40對應于人參考基因組hg19的chr 11：70172683-70172691的(T)9；

所述MS41對應于人參考基因組hg19的chr 11：77784147-77784155的(A)9；

所述MS42對應于人參考基因組hg19的chr 12：57422573-57422580的(T)8；

所述MS43對應于人參考基因組hg19的chr 12：109510087-109510098的(T)12；

所述MS44對應于人參考基因組hg19的chr 13：48664557-48664568的(A)12；

所述MS45對應于人參考基因組hg19的chr 13：103381996-103382004的(A)9；

所述MS46對應于人參考基因組hg19的chr 15：34158937-34158944的(A)8；

所述MS47對應于人參考基因組hg19的chr 15：40005794-40005805的(A)12；

所述MS48對應于人參考基因組hg19的chr 15：41059399-41059406的(C)8；

所述MS49對應于人參考基因組hg19的chr 15：64967247-64967254的(A)8；

所述MS50對應于人參考基因組hg19的chr 15：65687635-65687641的(C)7；

所述MS51對應于人參考基因組hg19的chr 16：70176322-70176335的(T)14；

所述MS52對應于人參考基因組hg19的chr 17：48433967-48433973的(C)7；

所述MS53對應于人參考基因組hg19的chr 19：49458971-49458978的(G)8；

所述MS54對應于人參考基因組hg19的chr 19：49850473-49850480的(G)8；

4）在所述比對文件中，統計MLH1、MSH2、MSH6和PMS2四個MMR基因的突變信息，并進行突變功能注釋；當所述 MMR四個基因中有失活突變時，記為M=1；當所述 MMR四個基因中沒有失活突變時，記為M=0；

5）在所述比對文件中，統計腫瘤樣本中目標區域中基因突變信息，計算腫瘤突變負荷TMB；TMB=s/N，s為所述腫瘤樣本中目標區域內外顯子編碼區非同義體細胞突變位點總個數，單位為個；N為所述腫瘤樣本中目標區域覆蓋的編碼區堿基兆數，單位為Mbp；

6）輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態：

若R1＞55，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSI-H；

若R1＜35，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSS；

若35≤R1≤55，執行步驟7）；

7）根據步驟4）和步驟5）計算的結果綜合判斷：

若M=1且TMB＞10，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSI-H；

若M=1且TMB≤10，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSS；

若M=0且TMB＞30，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSI-H；

若M=0且TMB≤30，輸出所述腫瘤樣本的微衛星狀態為MSS；

所述方法為非疾病診斷和治療目的的方法。