[發(fā)明專利]一種蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法及系統(tǒng)

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110436053.8
• 申請日: 2021-04-22
• 公開（公告）號: CN113096725A
• 公開（公告）日: 2021-07-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 汝嘯;林子敬
• 申請（專利權(quán)）人: 宿州神農(nóng)量子科技有限公司
• 主分類號: G16B15/30
• 分類號: G16B15/30;G16B50/00
• 代理公司: 北京高沃律師事務(wù)所 11569
• 代理人: 王愛濤

1.一種蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，包括：

從蛋白質(zhì)靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫中提取靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)；所述靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)包括主鏈結(jié)構(gòu)和多個(gè)側(cè)鏈結(jié)構(gòu)；所述主鏈結(jié)構(gòu)固定；

按照設(shè)定順序依次對多個(gè)側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的多個(gè)二面角進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)；

判斷旋轉(zhuǎn)后的側(cè)鏈結(jié)構(gòu)數(shù)量是否達(dá)到預(yù)設(shè)結(jié)構(gòu)數(shù)量；

若否，則繼續(xù)進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)；

若是，則對旋轉(zhuǎn)后的側(cè)鏈結(jié)構(gòu)采用DFTB方法進(jìn)行優(yōu)化并截取；

截取之后，對剩余二面角進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)，且每個(gè)二面角旋轉(zhuǎn)一次就采用DFTB方法進(jìn)行優(yōu)化并截取，直至所有側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的所有二面角全部搜索完成。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，截取能量排序前N的結(jié)構(gòu)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，截取能量范圍在8kcal以內(nèi)的結(jié)構(gòu)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，所述預(yù)設(shè)結(jié)構(gòu)數(shù)量為6561個(gè)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，旋轉(zhuǎn)周期為120°。

6.根據(jù)權(quán)利要求1所述的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化方法，其特征在于，在按照設(shè)定順序依次對多個(gè)側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的多個(gè)二面角進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)之前，還包括：

對側(cè)鏈以及側(cè)鏈的二面角進(jìn)行編號。

7.一種蛋白質(zhì)靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)優(yōu)化系統(tǒng)，其特征在于，包括：

靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)提取模塊，用于從蛋白質(zhì)靶點(diǎn)數(shù)據(jù)庫中提取靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)；所述靶點(diǎn)結(jié)構(gòu)包括主鏈結(jié)構(gòu)和多個(gè)側(cè)鏈結(jié)構(gòu)；所述主鏈結(jié)構(gòu)固定；

第一旋轉(zhuǎn)模塊，用于按照設(shè)定順序依次對多個(gè)側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的多個(gè)二面角進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)；

判斷模塊，用于判斷旋轉(zhuǎn)后的側(cè)鏈結(jié)構(gòu)數(shù)量是否達(dá)到預(yù)設(shè)結(jié)構(gòu)數(shù)量；

優(yōu)化截取模塊，用于對旋轉(zhuǎn)后的側(cè)鏈結(jié)構(gòu)采用DFTB方法進(jìn)行優(yōu)化并截取；

第二旋轉(zhuǎn)及優(yōu)化截取模塊，用于對剩余二面角進(jìn)行三自由度旋轉(zhuǎn)，且每個(gè)二面角旋轉(zhuǎn)一次就采用DFTB方法進(jìn)行優(yōu)化并截取，直至所有側(cè)鏈結(jié)構(gòu)的所有二面角全部搜索完成。