[發(fā)明專利]與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的單核苷酸突變位點SNP、KASP標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110429090.6
• 申請日: 2021-04-21
• 公開（公告）號: CN112877467B
• 公開（公告）日: 2023-06-06
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 陳華濤;張威;許文靜;張紅梅;崔曉艷;劉曉慶;陳新
• 申請（專利權(quán)）人: 江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11;A01H1/04
• 代理公司: 南京經(jīng)緯專利商標(biāo)代理有限公司 32200
• 代理人: 唐蕙芬

本發(fā)明提供了一種與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的單核苷酸突變位點SNP、KASP標(biāo)記及其應(yīng)用，屬于植物分子育種領(lǐng)域。本發(fā)明與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的SNP?S14_73926位于大豆基因組v2.0的14號染色體73,926bp位置，發(fā)生了堿基G至A的替換，表型變異解釋率達(dá)到6.4％，并對該SNP位點開發(fā)了KASP標(biāo)記，本發(fā)明提供的大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的SNP及KASP標(biāo)記可用于大豆蛋白性狀的分子標(biāo)記輔助選擇育種，對于加快大豆高蛋白育種的遺傳改良進程，提高育種選擇效率具有重要的理論和實踐指導(dǎo)意義。

一、技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子遺傳育種領(lǐng)域，提供了一種與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的核苷酸突變位點SNP、KASP標(biāo)記及其應(yīng)用，可用于大豆蛋白質(zhì)含量性狀的早期分子輔助選擇，以提高育種效率。

二、背景技術(shù)

大豆蛋白質(zhì)含量40％左右，是人類植物蛋白質(zhì)重要來源之一，所提供的蛋白質(zhì)約占全世界蛋白質(zhì)消費總量的68％，含有人體自身不能合成的八種必需氨基酸，因此具有很高的營養(yǎng)價值。隨著人們膳食水平的提高，對大豆蛋白的消費需求持續(xù)增加，國內(nèi)大豆供需矛盾更加凸出。因此，研究快速、有效的大豆蛋白性狀分子育種技術(shù)，對于分子輔助大豆蛋白質(zhì)性狀的遺傳改良具有十分重要的生產(chǎn)意義。

傳統(tǒng)高蛋白大豆育種是根據(jù)育種后代蛋白含量進行的單株選擇，這種方式不僅費時耗力而且易受環(huán)境干擾準(zhǔn)確性不高。利用目標(biāo)基因存在的堿基差異，開發(fā)特異性分子標(biāo)記進行輔助選擇是提高高蛋白大豆選擇效率的最佳方法。分子標(biāo)記在作物育種中具有早期選擇、不受環(huán)境影響以及準(zhǔn)確、快速、高效的優(yōu)勢，已成為一種準(zhǔn)確、高效的工具。雖然其中競爭性等位基因特異性PCR(Kompetitive?Allele-Specific?PCR，KASP)分子標(biāo)記是建立在等位基因特異性擴增(Amplification?Refractory?Mutation?System，ARMS)和高靈敏度的熒光檢測基礎(chǔ)之上的一種新型SNP分型方法。其原理是針對等位基因SNP位點設(shè)計兩個正向引物和一個通用反向引物，每條正向引物都有特異性序列，可與不同熒光標(biāo)記結(jié)合。帶有與不同熒光結(jié)合序列的正向引物與通用反向引物PCR擴增樣品的DNA，其等位變異就可以通過不同的熒光信號得以反映(He?C?L,etal.SNP?genotyping:the?KASPassay.MethodsMolBiol,2014,1145,75-86)。

研究表明大豆蛋白含量受多個基因調(diào)控并且容易受到環(huán)境的影響，為復(fù)雜的數(shù)量性狀。目前，現(xiàn)有研究報道已經(jīng)定位了多個控制大豆蛋白含量的QTL位點。單核苷酸多態(tài)性(SNP)主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。全基因組關(guān)聯(lián)(GWAS)作為一種有效的基因定位工具，可以快速、準(zhǔn)確地挖掘與大豆蛋白顯著關(guān)聯(lián)的SNP。因此，基于鑒定的與大豆蛋白顯著關(guān)聯(lián)的SNP，開發(fā)與大豆蛋白含量緊密連鎖的KASP標(biāo)記，用于育種早期(低世代)選擇，對于減少育種工作量、加速育種進度具有顯著的作用，同時經(jīng)濟效益明顯。基于挖掘與大豆蛋白顯著關(guān)聯(lián)的SNP，開發(fā)出用于輔助育種的KASP分子標(biāo)記，實現(xiàn)目標(biāo)性狀的早期分子輔助選擇，以提高育種效率尤為重要。

三、發(fā)明內(nèi)容

技術(shù)要求

本發(fā)明的目的是鑒定與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的單核苷酸突變位點(SNP)，并基于該SNP位點信息開發(fā)KASP分子標(biāo)記及其引物對，為實現(xiàn)該性狀的早期鑒定和篩選提供分子輔助選擇技術(shù)支持。

技術(shù)方案

本發(fā)明的目的可通過如下技術(shù)方案實現(xiàn)：

一種與大豆蛋白含量顯著關(guān)聯(lián)的核苷酸突變位點SNP，其特征在于，與大豆蛋白含量顯著相關(guān)聯(lián)的SNP?S14_73926位于大豆基因組v2.0的14號染色體73,926bp位置，發(fā)生了堿基G至A的替換，該SNP所處的核苷酸序列如Seq?ID?NO.1所述；