[發(fā)明專利]基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110421040.3
• 申請(qǐng)日: 2021-04-19
• 公開（公告）號(hào): CN112862018B
• 公開（公告）日: 2022-09-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 周猛;孫杰;白玉;蘇建忠;侯萍
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 溫州醫(yī)科大學(xué)
• 主分類號(hào): G06K9/62
• 分類號(hào): G06K9/62;G06N3/04;G06N3/08;G06N20/00;G16B20/20;G16B20/30
• 代理公司: 北京預(yù)立生科知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11736
• 代理人: 孟祥斌

本發(fā)明涉及基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置。本申請(qǐng)以5hmC修飾的lncRNA為分析對(duì)象，通過篩選組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA，并采用機(jī)器學(xué)習(xí)方法建立腫瘤分類模型，獲得了能夠精確的將腫瘤患者和健康人群進(jìn)行區(qū)分以及將不同種類腫瘤進(jìn)行區(qū)分的5hmC修飾的lncRNA組合物，得到特征數(shù)據(jù)，利用特征選擇結(jié)果建立腫瘤分類模型，具有非常好的臨床應(yīng)用價(jià)值。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物信息技術(shù)領(lǐng)域，更具體地，涉及一種基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置、設(shè)備和計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)。

背景技術(shù)

5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)是5-甲基胞嘧啶(5mC)被TET酶氧化生成，與經(jīng)典的5mC相比，5hmC的作用與功能并不完全清楚，不過，隨著研究的深入，人們認(rèn)識(shí)到5hmC是人類基因組中穩(wěn)定的表觀遺傳標(biāo)記，而不僅僅是5mC去甲基化的中間產(chǎn)物。5hmC在不同的細(xì)胞和組織類型中存在顯著差異，可能會(huì)成為潛在的生物標(biāo)志物。不過，目前研究多集中分布在蛋白質(zhì)編碼基因體和啟動(dòng)子上的5hmC，尚不清楚5hmC修飾的lncRNA(long non-coding RNAs)的作用。

cfDNA(circulating cell-free DNA)是釋放到血漿中的降解DNA片段，其起源于不同組織中的死亡細(xì)胞，可進(jìn)行早期腫瘤篩查和分類。腫瘤分類對(duì)腫瘤的治療有著非常重要的作用，能否通過組織特異性血漿來源的5hmC修飾的lncRNA進(jìn)行腫瘤的分類是一個(gè)非常值得研究的問題。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置，所述設(shè)備包括：存儲(chǔ)器和處理器，所述存儲(chǔ)器用于存儲(chǔ)程序指令；

所述處理器用于調(diào)用程序指令，當(dāng)程序指令被執(zhí)行時(shí)，用于執(zhí)行以下操作：

獲取待測(cè)樣本的5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)；

將所述5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)輸入腫瘤分類模型中，獲得待測(cè)樣本腫瘤分類的預(yù)測(cè)結(jié)果；

所述腫瘤分類模型通過22種5hmC修飾的lncRNA中的一種或幾種的組合的特征數(shù)據(jù)獲得待測(cè)樣本腫瘤分類的預(yù)測(cè)結(jié)果：所述5hmC修飾的lncRNA為：ENSG00000125899、ENSG00000203971、ENSG00000215112、ENSG00000215304、ENSG00000224189、ENSG00000224267、ENSG00000225960、ENSG00000227068、ENSG00000227716、ENSG00000230292、ENSG00000231662、ENSG00000234182、ENSG00000234567、ENSG00000255229、ENSG00000257568、ENSG00000258026、ENSG00000259926、ENSG00000260223、ENSG00000262728、ENSG00000263904、ENSG00000272129、ENSG00000273792。

本發(fā)明提供一種基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置，所述設(shè)備包括：存儲(chǔ)器和處理器；

所述存儲(chǔ)器用于存儲(chǔ)程序指令；

所述處理器用于調(diào)用程序指令，當(dāng)程序指令被執(zhí)行時(shí)，用于執(zhí)行以下操作：

獲取待測(cè)樣本的5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)；

將所述5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)輸入腫瘤分類模型中，獲得待測(cè)樣本腫瘤分類的預(yù)測(cè)結(jié)果；

所述腫瘤分類模型的確定方式包括：

獲取腫瘤患者和健康人群的5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)；

篩選組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA數(shù)據(jù)作為特征數(shù)據(jù)，所述組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA既在腫瘤患者和健康人群中存在差異，又在不同種類腫瘤中存在差異；