[發明專利]基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置

有效

• 申請號: 202110421040.3
• 申請日: 2021-04-19
• 公開（公告）號: CN112862018B
• 公開（公告）日: 2022-09-02
• 發明（設計）人: 周猛;孫杰;白玉;蘇建忠;侯萍
• 申請（專利權）人: 溫州醫科大學
• 主分類號: G06K9/62
• 分類號: G06K9/62;G06N3/04;G06N3/08;G06N20/00;G16B20/20;G16B20/30
• 代理公司: 北京預立生科知識產權代理有限公司 11736
• 代理人: 孟祥斌

1.基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置，所述裝置包括：存儲器和處理器，所述存儲器用于存儲程序指令；

所述處理器用于調用程序指令，當程序指令被執行時，用于執行以下操作：

獲取待測樣本的5hmC修飾的lncRNA數據；

將所述5hmC修飾的 lncRNA數據輸入腫瘤分類模型中，獲得待測樣本腫瘤分類的預測結果，所述腫瘤為結腸癌、肝癌、胃癌；

所述腫瘤分類模型通過22種5hmC修飾的lncRNA中的一種或幾種的組合的特征數據獲得待測樣本腫瘤分類的預測結果：所述5hmC修飾的lncRNA為：ENSG00000125899、ENSG00000203971、ENSG00000215112、ENSG00000215304、ENSG00000224189、ENSG00000224267、ENSG00000225960、ENSG00000227068、ENSG00000227716、ENSG00000230292、ENSG00000231662、ENSG00000234182、ENSG00000234567、ENSG00000255229、ENSG00000257568、ENSG00000258026、ENSG00000259926、ENSG00000260223、ENSG00000262728、ENSG00000263904、ENSG00000272129、ENSG00000273792。

2.基于5hmC修飾的lncRNA的腫瘤分類裝置，所述裝置包括：存儲器和處理器；

所述存儲器用于存儲程序指令；

所述處理器用于調用程序指令，當程序指令被執行時，用于執行以下操作：

獲取待測樣本的5hmC修飾的lncRNA數據；

將所述5hmC修飾的 lncRNA數據輸入腫瘤分類模型中，獲得待測樣本腫瘤分類的預測結果，所述5hmC修飾的lncRNA為：ENSG00000125899、ENSG00000203971、ENSG00000215112、ENSG00000215304、ENSG00000224189、ENSG00000224267、ENSG00000225960、ENSG00000227068、ENSG00000227716、ENSG00000230292、ENSG00000231662、ENSG00000234182、ENSG00000234567、ENSG00000255229、ENSG00000257568、ENSG00000258026、ENSG00000259926、ENSG00000260223、ENSG00000262728、ENSG00000263904、ENSG00000272129、ENSG00000273792；

所述腫瘤分類模型的確定方式包括：

獲取腫瘤患者和健康人群的5hmC修飾的lncRNA數據；

篩選組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA數據作為特征數據，所述組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA既在腫瘤患者和健康人群中存在差異，又在不同種類腫瘤中存在差異，所述腫瘤為結腸癌、肝癌、胃癌；

采用機器學習的方法對所述特征數據進行特征選擇，利用特征選擇結果建立腫瘤分類模型。

3.根據權利要求2所述的裝置，其特征在于，所述篩選組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA具體包括：

分別比較每種腫瘤患者和健康人群5hmC修飾的lncRNA數據，分別獲得每種腫瘤和健康人群相比存在差異的5hmC修飾的lncRNA，篩選出每種腫瘤各自存在差異的5hmC修飾的lncRNA，剔除在不同種類腫瘤中5hmC修飾的lncRNA數據不存在差異的5hmC修飾的lncRNA。

4.根據權利要求2所述的裝置，其特征在于，所述篩選組織特異性差異的5hmC修飾的lncRNA具體包括：首先，取不同種類腫瘤的5hmC修飾的lncRNA，剔除兩種或兩種以上腫瘤類型共有的5hmC修飾的lncRNA，再者，將獲取的5hmC修飾的lncRNA的數據和健康人群5hmC修飾的lncRNA數據進行比較，選取在不同種類腫瘤里5hmC修飾的lncRNA的數據和健康人群5hmC修飾的lncRNA數據都存在差異的5hmC修飾的lncRNA。