[發(fā)明專利]用于確定無功能變異致病證據(jù)適用性的方法、設(shè)備和介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110386066.9
• 申請日: 2021-04-12
• 公開（公告）號: CN112802550B
• 公開（公告）日: 2021-07-23
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 鐘韻山;劉蒙蒙;張鈺;穆婷;李云雙
• 申請（專利權(quán)）人: 北京貝瑞和康生物技術(shù)有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/50;G16B30/00
• 代理公司: 北京市金杜律師事務(wù)所 11256
• 代理人: 黃倩

1.一種用于確定變異信息對于無功能變異致病證據(jù)的適用性的方法，包括：

基于基因注釋信息庫和參考基因組，確定與多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域和與所述多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的、閱讀框內(nèi)預(yù)定多種移位變化對應(yīng)的多個提前終止密碼子位置，所述基因注釋信息庫指示多個基因標(biāo)識、多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識和多項基因編碼區(qū)域信息之間的關(guān)聯(lián)；

基于所述基因注釋信息庫和所述參考基因組，確定與待分析的目標(biāo)變異信息相對應(yīng)的變異類型、轉(zhuǎn)錄本編碼序列和基因標(biāo)識；

如果確定與所述目標(biāo)變異信息相對應(yīng)的基因標(biāo)識位于與功能喪失相關(guān)聯(lián)的預(yù)定基因標(biāo)識集中，則對于所述變異類型為編碼區(qū)域內(nèi)無義突變、編碼區(qū)域內(nèi)移碼突變或者經(jīng)典剪接位點突變，基于所述轉(zhuǎn)錄本編碼序列、所述多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域和所述閱讀框內(nèi)預(yù)定多種移位變化對應(yīng)的多個提前終止密碼子位置，生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息是否導(dǎo)致無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；以及

基于所述預(yù)測結(jié)果，確定所述目標(biāo)變異信息對于無功能變異致病證據(jù)的適用性；

其中確定與多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域和與所述多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的、閱讀框內(nèi)預(yù)定多種移位變化對應(yīng)的多個提前終止密碼子位置包括：

基于所述基因注釋信息庫和所述參考基因組，生成與所述多個轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的多個編碼序列；

對于所述多個編碼序列中的每個編碼序列，確定所述編碼序列中的倒數(shù)第二個外顯子終止位置上游預(yù)定數(shù)量個編碼區(qū)域內(nèi)堿基對處與最后編碼堿基之間的子序列在所述參考基因組中的對應(yīng)區(qū)域，作為與所述編碼序列所關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域；以及

對于所述多個編碼序列中的每個編碼序列，確定所述編碼序列中的閱讀框內(nèi)預(yù)定多種移位變化而生成的終止密碼子在所述參考基因組中的對應(yīng)位置，作為與所述編碼序列所關(guān)聯(lián)的轉(zhuǎn)錄本標(biāo)識相關(guān)聯(lián)的、閱讀框內(nèi)預(yù)定多種移位變化對應(yīng)的提前終止密碼子位置。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息是否導(dǎo)致無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果包括對于所述變異類型為編碼區(qū)域內(nèi)無義突變或編碼區(qū)域內(nèi)移碼突變：

基于所述轉(zhuǎn)錄本編碼序列和所述目標(biāo)變異信息，確定與所述目標(biāo)變異信息相對應(yīng)的變異位置處是否形成提前終止密碼子；

如果確定所述變異位置處未形成提前終止密碼子，則確定所述目標(biāo)變異信息是否導(dǎo)致閱讀框內(nèi)移位變化；

如果確定所述目標(biāo)變異信息導(dǎo)致閱讀框內(nèi)移位變化，則基于所述目標(biāo)變異信息導(dǎo)致的閱讀框內(nèi)移位變化類型和與所述閱讀框內(nèi)移位變化類型對應(yīng)的多個提前終止密碼子位置，確定所述變異位置的下游是否存在提前終止密碼子；

如果確定所述變異位置的下游不存在提前終止密碼子，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息不導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；

如果確定所述變異位置的下游存在提前終止密碼子，則確定所述變異位置的下游的最近提前終止密碼子位置是否位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域內(nèi)；

如果確定所述最近提前終止密碼子位置位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域之外，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；

如果確定所述最近提前終止密碼子位置位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域內(nèi)，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息不導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；

如果確定所述目標(biāo)變異信息不導(dǎo)致閱讀框內(nèi)移位變化，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息不導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；

如果確定所述變異位置處形成提前終止密碼子，則確定所述變異位置是否位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域內(nèi)；

如果確定所述變異位置位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域內(nèi)，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息不導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果；以及

如果確定所述變異位置位于多個無義介導(dǎo)的mRNA降解逃逸區(qū)域之外，則生成關(guān)于所述目標(biāo)變異信息導(dǎo)致發(fā)生無義介導(dǎo)的mRNA降解的預(yù)測結(jié)果。