[發明專利]鑒定水稻粒長QTL qGL5-27.3上長粒等位基因的特異性DNA標記及其應用

有效

• 申請號: 202110371434.2
• 申請日: 2021-04-07
• 公開（公告）號: CN113046461B
• 公開（公告）日: 2022-04-29
• 發明（設計）人: 朱玉君;牛小軍;莊杰云;樊葉楊;張振華;黃得潤
• 申請（專利權）人: 中國水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100
• 代理人: 劉曉春

本發明提供了一個用于鑒定水稻粒長QTL qGL5?27.3上長粒等位基因的特異性DNA標記及其育種應用。借助該標記可以準確鑒定待測水稻材料在qGL5?27.3上是否攜帶IRBB52長粒等位基因。通過實例證實攜帶qGL5?27.3上IRBB52長粒等位基因的水稻株系粒長顯著增加，表明本發明提供的DNA標記特異性好、準確性高，在粒長改良育種中具有應用前景。

技術領域

本發明屬于水稻粒形改良的遺傳育種領域，涉及控制水稻谷粒長度QTL的定位、長粒等位基因的鑒定和粒形改良的育種應用。

背景技術

水稻粒形由粒長、粒寬及長寬比共同決定，其中粒長和粒寬還直接影響粒重，對水稻產量形成具有重要作用。我國是全球最大的稻米生產和消費國之一，60％以上的人口以米飯為主食，不同地區的居民對大米的喜好也因地而異。一般而言，南方人習慣吃細長形的秈米，北方人習慣吃短圓形的粳米，因此，粒形也是一個重要的商業指標。

粒重和粒形是典型的數量性狀座位(QTL)，由少數主效位點和大量微效位點共同控制。分離和克隆控制粒重和粒形的QTL對水稻粒形的遺傳改良具有重要意義。目前已有21個控制水稻粒重和粒形的QTL被克隆，且大部分QTL已在現代栽培稻品種中廣泛應用，在水稻粒形改良育種中發揮了重要作用。進一步挖掘新的控制粒形的QTL，將為水稻粒形改良提供新的基因。

應用分子標記輔助選擇技術能將目標有利等位基因轉育至待改良的水稻品種中，開發與目標QTL共分離的特異性DNA標記是分子標記輔助選擇育種技術的核心。專利權人從特青和 IRBB52衍生群體中鑒定到一個新的控制粒長的QTL qGL5-27.3，在該座位上，IRBB52等位基因可以增加谷粒長度。基于此，專利權人針對該QTL開發了一個用于檢測qGL5-27.3上IRBB52 長粒等位基因的特異性DNA標記，可用于水稻品種的粒形改良。

發明內容

本發明解決的技術問題：提供1個用于檢測水稻粒長QTL qGL5-27.3上IRBB52長粒等位基因的特異性DNA標記，及其在分子標記輔助選擇育種中的應用。

本發明采用以下技術方案：

針對粒長QTL qGL5-27.3所在區間，比對特青和IRBB52的序列，開發1個用于檢測qGL5-27.3座位上IRBB52長粒等位基因的DNA標記，命名為Fiv274385，特征在于其引物：

Fiv274385-F：5'-CGCGACGGAAATGATCAAGC-3'，如序列表SEQ ID No:1所示；

Fiv274385-R：5'-GGAGGAGAGAGCAACCAACC-3'，如序列表SEQ ID NO.2所示。

該標記鑒定qGL5-27.3上IRBB52長粒等位基因的方法如下：

(1)以待測水稻材料和對照IRBB52的基因組DNA為模板，應用Fiv274385進行PCR擴增，PCR反應程序為：94℃預變性2分鐘，94℃變性45秒，55℃退火45秒，72℃延伸45秒，共35個循環，72℃終延伸2分鐘，4℃保存；

(2)擴增產物采用6.0％非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離，電泳結束后銀染顯色；

(3)當待測樣品的擴增產物片段大小與IRBB52的片段大小一致時，表明待測樣品攜帶 qGL5-27.3上IRBB52長粒等位基因。

附圖說明

圖1特異性DNA標記Fiv274385的電泳檢測結果

M：DNA分子量標準；P1：IRBB52(長粒等位基因)；P2：特青(短粒等位基因)；1-36:待鑒定株系

具體實施方式

實施例：應用特異性DNA標記檢測qGL5-27.3上IRBB52長粒等位基因