[發明專利]一種胰腺癌預后判定方法及裝置

有效

• 申請號: 202110364809.2
• 申請日: 2021-04-06
• 公開（公告）號: CN112760384B
• 公開（公告）日: 2021-06-25
• 發明（設計）人: 張守偉;趙義;方璐;何驥
• 申請（專利權）人: 臻和（北京）生物科技有限公司;臻和精準醫學檢驗實驗室無錫有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12M1/34;C12M1/00;G16B40/20
• 代理公司: 江蘇瑞途律師事務所 32346
• 代理人: 王珒;王琳琳

1.一種胰腺癌預后判定裝置，其特征在于，包括：基因檢測模塊，用于檢測胰腺癌患者的腫瘤組織DNA樣本中關于胰腺癌的顯著相關性基因，確定顯著相關性基因的拷貝數變異數值；其中，所述顯著相關性基因為：RAD50、AKT1、CSF1R、JAK2和ABL1；

風險分數確定模塊，用于根據所述的顯著相關性基因的拷貝數變異數值及預后檢測模型，確定胰腺癌患者的風險分數；其中，所述預后檢測模型為：

風險分數=－0.1136*RAD50+0.6140*AKT1+0.5643*CSF1R－0.3089*JAK2－0.2088*ABL1；

預后評估模塊，用于根據所述的風險分數確定胰腺癌患者預后情況；所述預后評估模塊判斷胰腺癌患者預后情況的方法包括：

所述風險分數大于或等于風險分數閾值，則判定胰腺癌患者預后情況不好；

所述風險分數小于風險分數閾值則判定胰腺癌患者預后情況良好；

所述風險分數閾值的確定方法包括：

基于預后檢測模型及訓練集中胰腺癌腫瘤組織DNA樣本中顯著相關性基因的拷貝數變異數值，計算每位患者的風險分數；

基于每位患者的風險分數，選擇一個數值能夠將患者分為高風險組和低風險組，當兩組患者之間具有最大的預后差異時，所選擇的數值確定為風險分數閾值。

2.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，還包括預后檢測模型構建模塊，用于根據所述的顯著相關性基因的拷貝數變異數值，構建預后檢測模型；構建所述預后檢測模型的方法為：收集若干例胰腺癌患者的腫瘤組織DNA樣本，構建胰腺癌腫瘤數據集，并按比例劃分為訓練集和測試集；

針對每個腫瘤組織DNA樣本選取若干個與胰腺癌有關的基因，用于預后檢測模型構建；

計算每個基因的拷貝數變異數值；

基于每個基因的拷貝數變異數值，采用Cox回歸分析方法進行預后檢測模型構建，并利用彈性網絡方法篩選出所述的相關性基因，并經過留一交叉驗證構建出最終預后檢測模型。

3.根據權利要求2所述的裝置，其特征在于，在預后檢測模型構建模塊中，構建預后檢測模型的方法還包括：驗證預后檢測模型的效能；

驗證方法包括：

基于預后檢測模型及測試集中胰腺癌腫瘤組織樣本中顯著相關性基因的拷貝數變異數值，計算每位患者的風險分數；

基于所述風險分數閾值，將測試集分為高風險組和低風險組，并比較兩組患者之間的預后差異。

4.根據權利要求1所述的裝置，其特征在于，所述基因檢測模塊中確定基因的拷貝數變異數值的方法包括：

對胰腺癌腫瘤組織DNA樣本的測序數據進行過濾，包括對測序接頭序列以及低質量堿基的移除；

將過濾后的測序數據比對到人類基因組上；

對比對結果進行處理，包括依賴基因組坐標對比對結果進行排序以及對比對結果中的重疊區域進行標記；

采用若干個健康人白細胞測序數據為每個基因捕獲區域構建覆蓋深度基線，并以腫瘤組織測序數據中該區域覆蓋深度和基線覆蓋深度比值的log2轉化值作為該區域的拷貝數變異數值，對于每一個基因，取該基因范圍所覆蓋所有捕獲區域拷貝數變異數值的中位數作為該基因的拷貝數變異數值。