[發(fā)明專利]一種檢測山羊FecB基因CNV標記的方法及其應用

有效

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• 申請日: 2021-03-24
• 公開（公告）號: CN113005201B
• 公開（公告）日: 2022-07-05
• 發(fā)明（設計）人: 畢誼;藍賢勇;康雨欣;何禮邦;楊鈺塔;潘傳英;費攀鋒;趙海諭;陳宏;朱海鯨;屈雷
• 申請（專利權(quán)）人: 西北農(nóng)林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

本發(fā)明公開了一種檢測山羊FecB基因CNV標記的方法及其應用。基于實時熒光定量PCR技術，以山羊基因組DNA為模板，利用一對特異引物擴山羊FecB基因的拷貝數(shù)變異區(qū)域部分片段，利用另外一對特異引物擴增山羊MC1R基因部分片段作為參照，然后利用2*2^?ΔCt的方法計算個體的拷貝數(shù)變異類型，根據(jù)對拷貝數(shù)變異與山羊繁殖性狀和生長性狀的關聯(lián)分析結(jié)果，本發(fā)明提供的方法為利用山羊FecB基因CNV標記建立優(yōu)勢性狀種群奠定了基礎，有利于加快山羊育種進程。

技術領域

本發(fā)明屬于分子遺傳育種領域，具體涉及一種檢測山羊FecB基因拷貝數(shù)變異的方法，該方法利用實時定量PCR技術，以山羊基因組DNA為模板，以單拷貝的MC1R基因為參照，根據(jù)2*2^-ΔCt值確定個體的FecB基因拷貝數(shù)變異類型。

背景技術

拷貝數(shù)變異(Copy Number variation，CNV)是一種存在于不同個體或群體的復雜的多等位變異，構(gòu)成了基因組遺傳變異的多態(tài)性。CNV是由基因組發(fā)生大規(guī)模的片段重排所導致，包括1Kb到數(shù)Mb范圍內(nèi)的重復、插入和缺失的微觀和亞微觀結(jié)構(gòu)的變異。與單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms，SNP)和結(jié)構(gòu)變異(Structure Variations，SV)不同的是，CNV主要是大片段的基因組序列變化，通過改變基因結(jié)構(gòu)和劑量，改變基因調(diào)控和暴露隱性等位基因等影響基因表達量、表型差異和表型適應的變化。近年來，在多種生物基因組中均有發(fā)現(xiàn)拷貝數(shù)變異，包括人、豬、雞、牛和羊等。多數(shù)CNV通常發(fā)生在富含基因的區(qū)域，主要與一些復雜性狀及進化相關。

目前，具體檢測已知拷貝數(shù)變異(CNV)的方法有以下五種。(1)Southern雜交和熒光原位雜交(Fluorescence in situ hybridization，F(xiàn)ISH)是兩種基于雜交技術的經(jīng)典實驗方法，Southern雜交操作比較煩瑣、費時，F(xiàn)ISH具有安全、快速、靈敏度高等優(yōu)點，但成本高、技術要求高、通量小、時間長，對于鄰位重復的拷貝數(shù)變異(CNV)不能精確定量，且對樣本要求較高。(2)實時熒光定量PCR(Real-time quantitative PCR，qPCR)技術是基于PCR技術的檢測方法，該方法簡單、易于操作、敏感性高、重復性好、速度快、污染少，但是不適合大樣本的高通量檢測。(3)短片段多重定量技術(quantitative multiplex PCR of shortfluorescent fragment，QMPSFQ)可以同時進行多重PCR，故在檢測通量上有所提高，但是對于拷貝數(shù)增加較多的情況不能確定拷貝數(shù)的絕對值。(4)多重擴增探針雜交技術(multiplex amplifiable probe hybridization，MAPH)可同時快速、可靠的檢測多個位點的拷貝數(shù)變異。(5)PCR直接檢測法。

FecB基因在在綿羊繁殖器官，如卵巢、顆粒細胞、卵母細胞、卵泡及黃體等組織中高表達一種重要的跨膜受體蛋白。該基因主要參與轉(zhuǎn)化生長因子β(TGF-β)通路，其在調(diào)控成骨分化和卵巢卵泡發(fā)育等過程中起重要作用，并直接影響動物的繁殖性狀。

FecB基因由BMPR1B基因的編碼區(qū)突變而來。已有中國專利CN 111560441 A公開了一種利用綿羊結(jié)構(gòu)變異區(qū)間快速鑒定FecB基因的方法，該專利基于所發(fā)現(xiàn)的綿羊參考基因組chr6:29413436-29413526bp的結(jié)構(gòu)變異區(qū)，可快速鑒定綿羊個體攜帶的FecB基因，從而輔助選育高繁殖性能綿羊個體，但并未涉及對生長性狀的選育。目前，關于FecB基因CNV的分析和應用還未見報道。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種檢測山羊FecB基因CNV標記的方法及其應用，可快速建立遺傳資源優(yōu)良的山羊群體。

為達到上述目的，本發(fā)明采用了以下技術方案：

一種檢測山羊FecB基因拷貝數(shù)變異的方法，包括以下步驟：