[發明專利]一種檢測山羊FecB基因CNV標記的方法及其應用

有效

• 申請號: 202110315036.9
• 申請日: 2021-03-24
• 公開（公告）號: CN113005201B
• 公開（公告）日: 2022-07-05
• 發明（設計）人: 畢誼;藍賢勇;康雨欣;何禮邦;楊鈺塔;潘傳英;費攀鋒;趙海諭;陳宏;朱海鯨;屈雷
• 申請（專利權）人: 西北農林科技大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 西安通大專利代理有限責任公司 61200
• 代理人: 范巍

1.一種檢測山羊FecB基因拷貝數變異的方法，其特征在于：包括以下步驟：

以山羊基因組DNA為模板，以引物對P1以及引物對P2為引物，分別通過實時熒光定量PCR擴增FecB基因的拷貝數變異區域以及作為內參的MC1R基因的部分片段，然后根據定量結果鑒定山羊FecB基因的拷貝數變異類型；

所述引物對P1為：

上游引物F1： 5’- CAGATTTCAGCCTTTGCGGG -3’

下游引物R1： 5’- TTGGGGCAGTCAGGAAAGAG -3’

所述引物對P2為：

上游引物F2： 5’- GGCCTGAGAGGGGAATCACA -3’

下游引物R2： 5’- AGTGGGTCTCTGGATGGAGG -3’；

所述的FecB基因的拷貝數變異區域位于山羊參考基因組序列NC_030813.1 30116801-30118800 bp；

所述的拷貝數變異類型是根據2*2^-ΔCt將定量結果分為的三類：插入型，2*2^-ΔCt2.0；缺失型，2*2^-ΔCt2.0；正常型，2*2^-ΔCt =2.0；

所述山羊選自陜北白絨山羊。

2.根據權利要求1所述一種檢測山羊FecB基因拷貝數變異的方法，其特征在于：所述的實時熒光定量PCR的擴增體系包括50 ng/μL模板DNA 1 μL以及10 pmol/L的引物對P1或引物對P2所對應的上、下游引物各0.5 μL。

3.根據權利要求1所述一種檢測山羊FecB基因拷貝數變異的方法，其特征在于：所述的實時熒光定量PCR的反應程序包括以下步驟：95^oC預變性1min；95^oC變性15 s，60^oC退火15s，72^oC延伸30 s，共39個循環。

4.根據權利要求1所述一種檢測山羊FecB基因拷貝數變異的方法，其特征在于：基于引物對P1擴增的片段大小為111 bp，基于引物對P2擴增的片段大小為126 bp。

5.如權利要求1-4中任意一項權利要求所述的方法在山羊分子標記輔助選擇育種中的應用，其特征在于：具有正常型拷貝數變異類型的個體在繁殖性狀和生長性狀上均優于具有缺失型或插入型拷貝數變異類型的個體；

所述繁殖性狀為產羔數，生長性狀為胸深和/或管圍。

6.一種檢測山羊FecB基因拷貝數變異的試劑盒，其特征在于：該試劑盒包括用于分別通過實時熒光定量PCR擴增FecB基因的拷貝數變異區域以及作為內參的MC1R基因的部分片段的引物對P1以及引物對P2；

所述引物對P1為：

上游引物F1： 5’- CAGATTTCAGCCTTTGCGGG -3’

下游引物R1： 5’- TTGGGGCAGTCAGGAAAGAG -3’

所述引物對P2為：

上游引物F2： 5’- GGCCTGAGAGGGGAATCACA -3’

下游引物R2： 5’- AGTGGGTCTCTGGATGGAGG -3’；

所述的FecB基因的拷貝數變異區域位于山羊參考基因組序列NC_030813.1 30116801-30118800 bp；

所述的拷貝數變異類型是根據2*2^-ΔCt將定量結果分為的三類：插入型，2*2^-ΔCt2.0；缺失型，2*2^-ΔCt2.0；正常型，2*2^-ΔCt =2.0；

所述山羊選自陜北白絨山羊。