[發(fā)明專利]基于彩色組馬蹄蓮多個(gè)轉(zhuǎn)錄組序列所開發(fā)的SSR引物組及獲取方法和應(yīng)用有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 202110303017.4 | 申請日： | 2021-03-22 |
| 公開（公告）號： | CN113151545B | 公開（公告）日： | 2023-03-14 |
| 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人： | 衛(wèi)尊征;周滌;王壹;王賢;熊敏 | 申請（專利權(quán)）人： | 北京市農(nóng)林科學(xué)院 |
| 主分類號： | C12Q1/6895 | 分類號： | C12Q1/6895;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京五洲洋和知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11387 | 代理人： | 榮紅穎 |
| 地址： | 100097 *** | 國省代碼： | 北京;11 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 基于 彩色 馬蹄蓮 轉(zhuǎn)錄 序列 開發(fā) ssr 引物 獲取 方法 應(yīng)用 | ||
1.一種基于彩色組馬蹄蓮多個(gè)轉(zhuǎn)錄組序列所開發(fā)的SSR引物組，其特征在于，所述SSR引物組為：
Zh158引物對，其序列如SEQ ID NO:63和SEQ ID NO:64所示。
2.一種如權(quán)利要求1所述的SSR引物組的獲取方法，其特征在于，所述獲取方法包括如下步驟：
S1、獲取至少兩個(gè)品種的彩色組馬蹄蓮轉(zhuǎn)錄組測序的原始序列；
S2、將每個(gè)品種的所述原始序列分別進(jìn)行組裝拼接，取每條基因中最長的轉(zhuǎn)錄本作為Unigene序列；
S3、采用MISA軟件對所述Unigene序列中SSR位點(diǎn)搜索，并用CandiSSR軟件搜索候選多態(tài)性SSR標(biāo)記位點(diǎn)；
S4、采用Primer Premier 3.0軟件對所述多態(tài)性SSR標(biāo)記位點(diǎn)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，以獲得多組引物；
S5、對所述多組引物進(jìn)行驗(yàn)證，得到所述引物組。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，所述SSR位點(diǎn)的搜索標(biāo)準(zhǔn)為一核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸及以上的最小堿基重復(fù)次數(shù)分別為10、6、5、5、5和5。
4.根據(jù)權(quán)利要求2或3所述的方法，其特征在于，在步驟S1中，所述至少兩個(gè)品種為三個(gè)品種，所述三個(gè)品種分別為彩色組馬蹄蓮品種Rehmannii，F(xiàn)lorex Gold和Black Magic。
5.權(quán)利要求1所述的引物組、或者權(quán)利要求2-4任一項(xiàng)所述的獲取方法在構(gòu)建彩色組馬蹄蓮核心種質(zhì)、彩色組馬蹄蓮遺傳多態(tài)性分析、或彩色組馬蹄蓮輔助育種方面的應(yīng)用。
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