[發明專利]一種用于檢測苦瓜果瘤性狀的KASP標記及其應用

有效

• 申請號: 202110265473.4
• 申請日: 2021-03-11
• 公開（公告）號: CN112852994B
• 公開（公告）日: 2021-09-17
• 發明（設計）人: 劉小茜;龔浩;鄭曉明;吳海濱;羅劍寧;李俊星;趙鋼軍
• 申請（專利權）人: 廣東省農業科學院蔬菜研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 廣州廣典知識產權代理事務所(普通合伙) 44365
• 代理人: 萬志香;庹玖玲

本發明涉及一種苦瓜KASP標記，所述KASP標記為苦瓜基因組4號染色體上的21911842位置處發生C向T的突變，該位點突變導致基因MC04g1395形成一個終止密碼子，從而表現為變異位點T或者雜合與粒瘤性狀緊密連鎖，C與條瘤性狀緊密連鎖。同時，發明人基于該KASP標記成功開發了一組KASP引物及其試劑盒，經實驗驗證該KASP標記檢測在苦瓜遺傳后代材料中檢測準確率為98.15％，在苦瓜自然種質中檢測準確率為98.39％。充分表明該KASP標記檢測能夠用來篩選苦瓜果瘤性狀，在苗期可實現高通量快速鑒定苦瓜果瘤類型，為苦瓜分子育種提供有效的技術支持，具有重要的應用價值。

技術領域

本發明涉及分子生物學領域，特別是涉及一種用于檢測苦瓜果瘤性狀的SNP位點、KASP標記及其應用。

背景技術

苦瓜是一種兼具營養價值和藥用價值的特色蔬菜，富含碳水化合物、蛋白質、維生素、礦物質及各種生物活性成分，可降血糖、抗氧化、分解脂肪，抑制誘變、腫瘤等。其除了作為廣東、廣西、海南、福建、四川及港澳地區的日常消費，同時也是“三北”、長江流域及港澳地區冬春蔬菜淡季市場的主要產品之一。

苦瓜按果瘤形狀可大致分為無瘤、條瘤、粒條相間、粒瘤和刺瘤等種類，在生產上，果實表面瘤的形態是區分油瓜和珍珠苦瓜的重要指標，油瓜以光滑的條瘤為主，珍珠苦瓜以晶瑩剔透的粒瘤為主。因此，開發與苦瓜果瘤性狀緊密連鎖的KASP標記，在苗期可實現高通量快速鑒定苦瓜果實表面瘤的類型，篩選珍珠苦瓜和油瓜不同的苦瓜類型，為苦瓜分子育種提供有效的技術支持，具有重要的應用價值。

發明內容

基于此，本發明的目的之一在于提供一種用于檢測苦瓜果瘤性狀的KASP標記，用于有效檢測苦瓜果瘤性狀。

實現上述目的的技術方案如下：

一種苦瓜KASP標記，所述苦瓜KASP標記為基因組4號染色體上的21911842位置處發生C向T的突變。

本發明的目的之一還在于提供一種上述苦瓜KASP標記在苦瓜果瘤性狀檢測和/或輔助育種中的應用。

本發明的目的之一還在于提供一種苦瓜果瘤性狀檢測方法。

實現上述目的的技術方案如下：

一種苦瓜果瘤性狀檢測方法，所述檢測方法包括檢測苦瓜基因組4號染色體上的21911842位置處是否發生C向T的突變。

在其中一些實施例中，所述檢測方法包括，但不限于，聚合酶鏈式反應技術、原位雜交技術、酶學突變檢測技術、化學剪切錯配技術、質譜分析技術、基因芯片技術或基因測序技術。

在其中一些實施例中，所述檢測方法為聚合酶鏈式反應技術，所述聚合酶鏈式反應是RT-PCR、免疫PCR、巢式PCR、熒光PCR、原位PCR、膜結合PCR、錨定PCR、固著PCR、原位PCR、不對稱PCR、長距離PCR、降落傘PCR、梯度PCR中的任一種。

在其中一些實施例中，所述檢測方法為熒光PCR，所述檢測包括如下步驟：

(1)獲取待測苦瓜基因組DNA。

(2)以核苷酸序列SEQ ID NO.3-SEQ ID NO.5所示的引物對進行PCR擴增得到產物。

(3)將產物在包含3種通道的酶標儀中進行檢測，讀取熒光強度信號值，然后將熒光信號值結合標記信息，進行基因分型，獲得基因型結果。

(4)根據熒光信號值進行分析，其中聚合在X軸且熒光信號呈藍色的樣本為條瘤基因型，A基因型；聚合在Y軸且熒光信號呈綠色的樣本為粒瘤基因型，B基因型；聚合在中間且熒光信號呈紅色的樣本為粒條相間基因型，H基因型。