[發(fā)明專利]一種用于篩查疑難性遺傳性骨病的基因組合物、芯片和試劑盒

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110255299.5
• 申請(qǐng)日: 2021-03-09
• 公開（公告）號(hào): CN113308527A
• 公開（公告）日: 2021-08-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 章振林
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 上海市第六人民醫(yī)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12Q1/6874
• 代理公司: 上海申新律師事務(wù)所 31272
• 代理人: 郎祺

本發(fā)明提供了一種用于篩查疑難性遺傳性骨病的基因組合物、芯片和試劑盒，該基因組合物包括322個(gè)遺傳性骨病相關(guān)致病基因。本發(fā)明提供的一組與遺傳性骨病相關(guān)的基因組合物及其相關(guān)產(chǎn)品(基因芯片和試劑盒)，針對(duì)我國(guó)疑難性骨病診療困難這一需求，在現(xiàn)有對(duì)遺傳性骨病的了解基礎(chǔ)上，結(jié)合基因組測(cè)序及大數(shù)據(jù)分析，開發(fā)可用于診斷各種遺傳性骨病的靶向捕獲測(cè)序試劑盒，該試劑盒的優(yōu)點(diǎn)在于：可以靈活的自定義探針，特異性的捕獲目標(biāo)的基因和區(qū)域，尤其是在WES里面沒有包含的致病區(qū)域也可以進(jìn)行捕獲測(cè)序；可以針對(duì)WES捕獲不到的區(qū)域進(jìn)行補(bǔ)充和優(yōu)化，達(dá)到更好的捕獲效果，覆蓋率高、變異檢測(cè)精度高；性價(jià)比會(huì)更高，針對(duì)臨床檢測(cè)會(huì)更快，費(fèi)用更低。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種用于篩查疑難性遺傳性骨病的基因組合物、芯片和試劑盒。

背景技術(shù)

遺傳性骨病是指由于遺傳因素改變導(dǎo)致骨骼發(fā)育異常的遺傳性疾病，臨床表型包括生長(zhǎng)遲緩、身材矮小、長(zhǎng)骨畸形、關(guān)節(jié)活動(dòng)受限等，臨床和遺傳異質(zhì)性大。雖然它們發(fā)病率低，但其致畸、致殘率較高，大多幼年發(fā)病，且會(huì)逐代或隔代遺傳，給患者及其家屬帶來巨大的精神負(fù)擔(dān)和經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。因此明確診斷對(duì)于患者的后續(xù)治療、優(yōu)生優(yōu)育均有重大意義。

目前臨床醫(yī)生對(duì)于遺傳性骨病的診斷一般基于患者的臨床病史資料、實(shí)驗(yàn)室檢查指標(biāo)、影像學(xué)檢查以及基因檢測(cè)，但是大多數(shù)遺傳性骨病的患者并未得到明確的診斷及充分的治療，具體存在以下幾個(gè)原因：1、直到2019年，共發(fā)現(xiàn)了461種遺傳性骨病，骨病種類繁多且較為少見，大部分骨病往往僅表現(xiàn)為骨骼的畸形，沒有血尿生化的異常，醫(yī)師未進(jìn)行過系統(tǒng)的培訓(xùn)，對(duì)該類疾病的認(rèn)識(shí)不足導(dǎo)致無法明確診斷；2、遺傳性骨病之間有部分骨病表型重疊，大部分遺傳骨病會(huì)表現(xiàn)為身材矮小，但導(dǎo)致身材矮小的原因各異，軟骨發(fā)育不全、脊柱骨骺發(fā)育不良、假性軟骨發(fā)育不良均可有身材矮小的表現(xiàn)；3、遺傳性骨病的遺傳異質(zhì)性較高，同種疾病可有多種致病基因，例如成骨不全癥可由COL1A1、COL1A2、IFITM5、FKBP10等多個(gè)基因突變導(dǎo)致，臨床上往往只能根據(jù)患者病史資料進(jìn)行大體診斷，無法具體分型進(jìn)行個(gè)體化治療；同一種基因突變導(dǎo)致不同類型的疾病，例如COL2A1基因突變可以導(dǎo)致脊柱骨骺發(fā)育不良、多發(fā)性骨骺發(fā)育不良伴視力及聽力障礙、Kniest骨發(fā)育不良等疾病，給診斷增加了巨大的難度。

遺傳性骨病的致病基因較多，醫(yī)生往往無法精確定位致病基因，需要逐一對(duì)候選基因測(cè)序來確定致病與否，無形中增加了測(cè)序的成本和時(shí)間。而且在測(cè)序過程中，測(cè)序數(shù)據(jù)會(huì)出現(xiàn)含N比例過大，測(cè)序質(zhì)量較低的堿基數(shù)占比例較高，序列污染等均會(huì)導(dǎo)致reads質(zhì)量降低，影響后續(xù)分析，GC含量較高致使覆蓋率較差、捕獲率較低。

因此，需要一種優(yōu)化的檢測(cè)遺傳性骨病相關(guān)基因的產(chǎn)品和方法。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供了一種用于篩查疑難性遺傳性骨病的基因組合物、芯片和試劑盒，該試劑盒適用于篩查中國(guó)人遺傳性骨病。

為實(shí)現(xiàn)上述目的，本發(fā)明采用以下技術(shù)方案：

第一方面，本發(fā)明提供了一種用于篩查疑難性遺傳性骨病的基因組合物，該基因組合物包括如下322個(gè)基因：