[發(fā)明專利]捕獲測序探針及其用途

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110248180.5
• 申請日: 2021-03-07
• 公開（公告）號: CN113278611B
• 公開（公告）日: 2022-11-25
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 王征;王琳;王國斌;徐魯明;路小歡;雷世俊;劉揚;王星月
• 申請（專利權(quán)）人: 華中科技大學同濟醫(yī)學院附屬協(xié)和醫(yī)院
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6869;C12Q1/6886
• 代理公司: 武漢信合紅谷知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(特殊普通合伙) 42264
• 代理人: 蔣明

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體公開了捕獲測序探針及其用途。捕獲測序探針，包含至少一個選自以下的核苷酸序列：SEQIDNO：1～2909。捕獲測序探針在直腸癌基因測序中的方法，包括以下步驟，提取DNA雙鏈核酸；將DNA雙鏈核酸變性處理得到DNA單鏈，使用所述的捕獲探針捕獲所述的DNA單鏈；將捕獲的DNA單鏈進行上機測序，得到腫瘤組織中的核酸序列。試劑盒，包含所述的捕獲測序探針。試劑盒在捕獲結(jié)直腸癌個體化用藥相關(guān)基因組靶序列中的應(yīng)用。本發(fā)明捕獲探針高效、完整地捕獲結(jié)直腸癌基因組關(guān)鍵區(qū)域，顯著提高了測序深度，大幅降低檢測成本和測序數(shù)據(jù)量，縮短了單樣本分析時間，滿足個性化的用戶需求。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及捕獲測序探針及其用途。

背景技術(shù)

目前臨床上對如結(jié)直腸癌病人“同病同治”，治療方案相同(基于有限數(shù)目的化療藥物和靶向藥物)但療效因人而異，相當部分病人甚至無效(即腫瘤耐藥)。這種現(xiàn)象源于結(jié)直腸癌的高度異質(zhì)性——不同病人癌細胞的基因組突變和基因表達譜等分子特征不同。這意味著要取得最好的療效需個體化治療，即“同病不同治”。

腫瘤的高度異質(zhì)性是病人對相同治療反映各異的重要原因。不同的病人攜帶不同的基因變異，這些基因變異可導致藥物靶點無效；更嚴重的是各種新突變和基因異常表達可不斷累積，原本有效的治療藥物可在治療一段時間后失效。腫瘤異質(zhì)性導致“同病同治”療效低下，許多治療方案僅對小部分患者有效。例如，KRAS基因突變導致對西妥昔單抗(EGFR單克隆抗體)耐藥，治療失??；而NRAS基因突變型病人接受西妥昔單抗聯(lián)合化療后，總生存期不增加反而明顯縮短。因缺乏對病人基因組個體特異性的全面了解，這些治療方案不僅治療效率不高，且可能使病人承受毫無必要的化療毒副作用。因此，要提高結(jié)直腸癌治療療效，就必須對結(jié)直腸癌病人進行個體化治療。

近年的研究表明，結(jié)直腸癌是一類多基因病，其發(fā)展過程復雜，臨床表現(xiàn)多樣，涉及到多個基因的變化，其發(fā)生與某些原癌基因的激活和抗癌基因的失活有關(guān)。結(jié)直腸癌病人基因組的異質(zhì)性決定了每個病人對藥物的不同反應(yīng)性。基因組異質(zhì)性指的是每個病人基因組的突變基因類型和數(shù)目、基因(或染色體片段)拷貝數(shù)變異、融合基因類型和基因表達水平等不完全相同。這些性質(zhì)的不同導致“同治不同效”。要精確找到病人對哪種藥物可能敏感，首先要了解病人基因組的各類信息，尤其是基因突變和表達異常；之后通過測序技術(shù)和生物信息學分析，推測關(guān)鍵靶標基因，選擇所對應(yīng)的藥物，用于病人臨床治療。

雖然上述的病人基因組各類信息可通過高通量二代基因組測序技術(shù)獲取，但高通量測序技術(shù)直接對結(jié)直腸癌患者全基因組或轉(zhuǎn)錄組進行“非定向”的檢測，這種無選擇性的全面測序帶有一定的盲目性，存在費用高、數(shù)據(jù)分析復雜、周期長等問題，不便臨床開展；從醫(yī)學經(jīng)濟學角度看，現(xiàn)階段也不完全適合我國國情。多基因捕獲測序技術(shù)是定向、精準檢測腫瘤個體化治療相關(guān)基因較為理想的選擇。

基于測序試劑國產(chǎn)化發(fā)展趨勢和基因檢測更加個性化的用戶需求，開發(fā)一種性能穩(wěn)定，腫瘤樣品覆蓋深度廣，突變頻率檢出靈敏等優(yōu)點的探針用于結(jié)直腸癌個體化用藥具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

針對上述問題，本發(fā)明涉及捕獲測序探針及其用途，主要解決現(xiàn)有高通量測序的捕獲基因組靶序列的方法不能針對性地篩選基因突變負荷的多個關(guān)鍵區(qū)域，針對性地設(shè)計高效液相靶基因捕獲探針和配套的文庫構(gòu)建試劑盒，導致其測序數(shù)據(jù)量大，單樣本分析時間長，不能很好滿足個性化的用戶需求等問題。

為了解決上述問題，本發(fā)明采用如下技術(shù)方案：

捕獲測序探針，包含至少一個選自以下的核苷酸序列：SEQ ID NO:1～2909。

在一些實施例中，其Tm值為62～76℃。

在一些實施例中，其工作濃度為10ng/μL～90ng/μL，優(yōu)選為25ng/μL。

在一些實施例中，捕獲測序探針覆蓋目標基因組80～300Kb的區(qū)域，優(yōu)選為100～180Kb區(qū)域。