[發明專利]快速檢測耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌gyrA突變體的方法及試劑盒

在審

• 申請號: 202110243233.4
• 申請日: 2021-03-05
• 公開（公告）號: CN113046449A
• 公開（公告）日: 2021-06-29
• 發明（設計）人: 米凱霞;白雪揚;胡新玲;周心童;蔣政
• 申請（專利權）人: 中國科學院微生物研究所
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/686;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/34
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 何葉喧

本發明公開了提供快速檢測耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌gyrA突變體的方法及試劑盒。本發明提供了一種核酸分子組合物，由6種DNA分子組成；6種DNA分子均為單鏈DNA分子，分別如序列表的序列2至序列表的序列7所示。本發明還保護所述核酸分子組合物在鑒定或輔助鑒定耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌中的應用。本發明檢測耐氟喹諾酮藥物恥垢分枝桿菌gyrA突變體基因點突變的方法，快速、靈敏度高、特異性強、可用于大批量樣品篩選。

技術領域

本發明屬于生物技術領域，涉及快速檢測耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌gyrA突變體的方法及試劑盒。

背景技術

肺結核(Tuberculosis,TB)是由結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis，Mtb)引起的影響人類生命健康的重大疾病之一，隨著耐藥結核的出現使得結核病的治療更加困難。氟喹諾酮類藥物是治療耐藥結核的藥物之一，2021年WHO重新修訂pre-XDR-TB以及XDR-TB(廣泛耐藥結核)定義，由于氟喹諾酮類耐藥與治療轉歸相關，所以目前XDR-TB的定義依然具有存在的價值。

恥垢分枝桿菌(Mycobacterium smegmatis,M.smegmatis)與結核分枝桿菌同屬于分枝桿菌科分支桿屬，是一種非致病性分枝桿菌。恥垢分枝桿菌很多基因與結核分枝桿菌高度同源，其生長速度快且無致病性，使得恥垢分枝桿菌成為研究結核分枝桿菌首選的模式菌株。

恥垢分枝桿菌對氟喹諾酮類耐藥的主要機制之一是靶位突變，而靶位突變主要發生在gyr蛋白中的氟喹諾酮耐藥決定區(QRDR)，主要涉及的突變為Ala91、Ser92、Asp95。

發明內容

本發明的目的是提供快速檢測耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌gyrA突變體的方法及試劑盒。

本發明提供了一種核酸分子組合物，由6種DNA分子組成；6種DNA分子均為單鏈DNA分子，分別如序列表的序列2至序列表的序列7所示。所述核酸分子組合物的用途為鑒定或輔助鑒定耐氟喹諾酮類藥物的恥垢分枝桿菌。

上游引物為序列表的序列2所示的單鏈DNA分子；

下游引物為序列表的序列3所示的單鏈DNA分子；

錯配下游引物_SNPA91V為序列表的序列4所示的單鏈DNA分子；

錯配下游引物_SNPS92P為序列表的序列5所示的單鏈DNA分子；

錯配下游引物_SNPD95G為序列表的序列6所示的單鏈DNA分子；

錯配下游引物_SNPD95Y為序列表的序列7所示的單鏈DNA分子。

所述核酸分子組合物由4個包裝組合組成。

第一個包裝組合由上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPA91V組成。上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPA91V的摩爾配比為：8:2:12。

第二個包裝組合由上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPS92P組成。上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPS92P的摩爾配比為：8:2:12；

第三個包裝組合由上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPD95G組成。上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPD95G的摩爾配比為：8:1:12；

第四個包裝組合由上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPD95Y組成。上游引物、下游引物和錯配下游引物_SNPD95Y的摩爾配比為：8:1:12。