[發明專利]一種用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法及其制備的核酸組合物和PCR檢測方法

有效

• 申請號: 202110243143.5
• 申請日: 2021-03-05
• 公開（公告）號: CN113046424B
• 公開（公告）日: 2022-12-27
• 發明（設計）人: 不公告發明人
• 申請（專利權）人: 為朔醫學數據科技（北京）有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12Q1/6883
• 代理公司: 北京超凡宏宇專利代理事務所(特殊普通合伙) 11463
• 代理人: 陳秋夢

1.一種用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法，其特征在于，其包括制備引物對和發卡探針；所述引物對中上游引物的5’端具有標簽序列，所述標簽序列的堿基序列與所述發卡探針的堿基序列相同；

所述發卡探針的個數與所述引物對中上游引物的個數一一對應；所述引物對為用于檢測SNP位點的AMRS引物對，所述AMRS引物對包括上游引物1、上游引物2和下游引物，所述上游引物1的5’端具有標簽序列1，所述上游引物2的5’端具有所述標簽序列2，且所述標簽序列1與所述標簽序列2選自不同堿基序列的發卡探針；

所述上游引物1序列的3’末端堿基為與所述上游引物2的模板鏈上待測位點的堿基錯配的錯配堿基，所述上游引物2序列的3’末端堿基為與所述上游引物1的模板鏈上待測位點的堿基錯配的錯配堿基；

將所述上游引物1和所述上游引物2序列3’端第2位或第3位的堿基替換為上游錯配堿基，以使所述上游錯配堿基與待替換的原始位置互補鏈的堿基形成錯配；

所述上游錯配堿基的替換規則如下：

當上游引物序列3’末端堿基的錯配為強錯配效應組合時，則將需引入上游錯配堿基的原始位置的堿基進行替換，使該上游錯配堿基與該原始位置對應的互補鏈的堿基形成弱錯配效應組合；

當上游引物序列3’末端堿基的錯配為中度錯配效應組合時，則將需引入上游錯配堿基的原始位置的堿基進行替換，使該上游錯配堿基與該原始位置對應的互補鏈堿基形成中度錯配效應組合；

當上游引物序列3’末端堿基的錯配為弱錯配效應組合時，則將需引入上游錯配堿基的原始位置的堿基進行替換，使該上游錯配堿基與該原始位置對應的互補鏈堿基形成強錯配效應組合；

其中，所述強錯配效應組合包括A/G、C/T、C/C和T/T，所述中度錯配效應組合包括A/A和G/G，所述弱錯配效應組合包括A/C和G/T。

2.根據權利要求1所述的用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法，其特征在于，所述發卡探針的序列選自如SEQ ID No.1～4所示序列中的任意一種；所述標簽序列1～2的序列依次如SEQ ID No1～2所示，或如SEQ ID No.3～4所示。

3.根據權利要求1～2任一項所述的用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法，其特征在于，在所述發卡探針序列的5’端標記熒光淬滅基團，靠近3’末端倒數第二位的dT堿基上標記熒光基團。

4.根據權利要求3所述的用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法，其特征在于，所述熒光淬滅基團選自：BHQ1、BHQ2、BHQ3、Dabcyl、Eclipse和TAMRA中的任意一種；

所述熒光基團選自：FAM、VIC、TET、HEX、JOE、Texas Red、ROX、Cy3和Cy5中的任意一種。

5.一種用于PCR檢測的核酸組合物，其特征在于，其包括由如權利要求1～4任一項所述的用于PCR檢測的核酸組合物的制備方法合成的核酸組合物；

所述核酸組合物用于檢測SNP位點，當待檢測的SNP位點為rs1695時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQ ID No.5～6所示，下游引物的序列如SEQ ID No.7所示；

當待檢測的SNP位點為rs5918時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQ IDNo.8～9所示，下游引物的序列如SEQ ID No.10所示；

當待檢測的SNP位點為rs730012時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQID No.11～12所示，下游引物的序列如SEQ ID No.13所示；

當待檢測的SNP位點為rs12041331時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQID No.14～15所示，下游引物的序列如SEQ ID No.16所示；

當待檢測的SNP位點為rs10306114時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQID No.17～18所示，下游引物的序列如SEQ ID No.19所示；

當待檢測的SNP位點為rs6065時，ARMS的上游引物1和上游引物2的序列依次如SEQ IDNo.20～21所示，下游引物的序列如SEQ ID No.22所示。