[發明專利]一種SNP雜合樣本的半定量方法

在審

• 申請號: 202110205947.6
• 申請日: 2021-02-24
• 公開（公告）號: CN112899355A
• 公開（公告）日: 2021-06-04
• 發明（設計）人: 萬謙;蔣小輝;向俊蓓
• 申請（專利權）人: 成都新生命霍普醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 成都行之專利代理事務所(普通合伙) 51220
• 代理人: 史麗紅

本發明公開了一種SNP雜合樣本的半定量方法，包括如下步驟：1)合成兩個長度相同的DNA模板P?ctDNA?1和P?ctDNA?2，兩者序列僅在中部的同一位點存在SNP差異；2)合成能通過PCR完全擴增P?ctDNA?1和P?ctDNA?2的引物P?ctDNA?3和引物P?ctDNA?4；3)按多種不同的比例混合P?ctDNA?1和P?ctDNA?2，得到P?ctDNA?2占比不同的DNA混合物；4)以步驟3)中混合物作為模板，以P?ctDNA?3和P?ctDNA?4為引物進行PCR擴增，然后回收條帶，再以P?ctDNA?3為引物進行Sanger一代DNA測序，獲得不同比例下SNP位點的測序圖譜。本發明通過人為合成兩種具有SNP差異的DNA模板，然后采用不同比例混合兩種DNA模板來模擬具有多態性的SNP雜合樣本，從而建立不同比例下SNP位點的重疊狀態圖譜，這樣僅僅依靠Sanger一代DNA測序得到SNP雜合樣本的圖譜即可初步判斷樣本的SNP雜合程度。

技術領域

本發明涉及基因測序領域，具體涉及一種SNP雜合樣本的半定量方法。

背景技術

Sanger一代DNA測序技術是驗證Taqman qPCR結果和二代DNA測序結果的“金標準方法”，仍然被廣泛使用于DNA測序。SNP是單核苷酸多態性的縮寫，SNP廣泛存在于人類的基因組中。對于某個特定的SNP位點，人類存在兩個序列來源，一個來自父親，另一個來自母親，所以對于人類的SNP位點，有純合和雜合之分：純合是來自父親和來自母親的序列信號一樣，雜合是來自父親和來自母親的序列信號不一樣。對于雜合的情形，兩種序列信號在存在量上是相等的，比例是1：1。雜合SNP樣本的檢測一般首先通過Taqman PCR和二代DNA測序發現可能雜合的位點，然后進一步通過Sanger一代DNA測序驗證，由于雜合SNP樣本具有1：1的不同序列信號，其測序圖譜在這個SNP位置會有重疊的兩個信號峰，由此可以判斷在這個SNP位點上，這個人是雜合的。然而，雜合SNP樣本由于DNA提取過程或者存在基因組嵌合的等原因，兩種序列信號的存在量有時不是1：1存在的，有可能出現2：1、5：1、10：1、20：1等等多種比例，而這些非常規比例產生的DNA測序圖譜并未被研究，因此在雜合SNP樣本實際檢測中，難以直接通過測序圖譜分析出雜合SNP樣本的雜合程度，這在一定程度上會造成誤判或者漏判。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是在雜合SNP樣本實際檢測中，兩種序列信號的存在量有時不是1：1存在的，難以直接通過測序圖譜分析出雜合SNP樣本的雜合程度，目的在于提供一種SNP雜合樣本的半定量方法，通過人為合成兩種具有SNP差異的DNA模板，然后采用不同比例混合兩種DNA模板來模擬具有多態性的SNP雜合樣本，然后分析不同比例下SNP位點的測序圖譜，從而建立不同比例下SNP位點的重疊狀態圖譜，可以為正確判斷SNP雜合性分析提供參考。

本發明通過下述技術方案實現：

一種SNP雜合樣本的半定量方法，包括如下步驟：1)合成兩個長度相同的DNA模板P-ctDNA-1和P-ctDNA-2，P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的區別在于兩者序列僅在中部的同一位點存在SNP差異，即在該SNP位點上P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的堿基不同；2)合成能通過PCR完全擴增P-ctDNA-1和P-ctDNA-2的引物P-ctDNA-3和引物P-ctDNA-4；3)按多種不同的比例混合P-ctDNA-1和P-ctDNA-2，得到P-ctDNA-2占比不同的DNA混合物；4)以步驟3)中混合物作為模板，以P-ctDNA-3和P-ctDNA-4為引物進行PCR擴增，然后回收條帶，再以P-ctDNA-3為引物進行Sanger一代DNA測序，獲得不同比例下SNP位點的測序圖譜。

本發明通過人為合成兩種具有SNP差異的DNA模板，然后采用不同比例混合兩種DNA模板來模擬具有多態性的SNP雜合樣本，然后分析不同比例下SNP位點的測序圖譜，從而建立不同比例下SNP位點的重疊狀態圖譜，這樣僅僅依靠Sanger一代DNA測序得到SNP雜合樣本的圖譜即可初步判斷樣本的SNP雜合程度，可以為正確判斷SNP雜合性分析提供參考。