[發(fā)明專利]染色體異常的檢測方法、裝置、計算機(jī)設(shè)備和存儲介質(zhì)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110196163.1
• 申請日: 2021-02-22
• 公開（公告）號: CN112863602B
• 公開（公告）日: 2023-07-21
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張軍;孔令印;梁波
• 申請（專利權(quán)）人: 蘇州貝康醫(yī)療器械有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B20/10;G16B20/20;G16B20/40;G16B40/00;G16B45/00
• 代理公司: 華進(jìn)聯(lián)合專利商標(biāo)代理有限公司 44224
• 代理人: 唐敏

本申請涉及一種染色體異常的檢測方法、裝置、計算機(jī)設(shè)備和存儲介質(zhì)。所述方法包括：獲取待檢測樣本的Y染色體的基因組比對結(jié)果；對于AZF區(qū)域，通過染色體異常智能檢測模型根據(jù)AZF區(qū)域的基因組比對結(jié)果，得到AZF區(qū)域的檢測結(jié)果；對于非AZF區(qū)域，通過預(yù)設(shè)的拷貝數(shù)變異分析算法，根據(jù)非AZF區(qū)域的基因組比對結(jié)果得到非AZF區(qū)域的檢測結(jié)果；根據(jù)AZF區(qū)域的檢測結(jié)果和非AZF區(qū)域的檢測結(jié)果，生成Y染色體的檢測結(jié)果。采用本方法利用全基因組比對結(jié)果對染色體進(jìn)行檢測分析，不使用額外實驗手段，可以提高染色體的檢測效率、減少檢測成本；基于機(jī)器學(xué)習(xí)模型和拷貝數(shù)變異分析算法對染色體的不同區(qū)域分別進(jìn)行檢測，可以提高檢測的覆蓋率和異常檢測的準(zhǔn)確性。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請涉及基因檢測技術(shù)領(lǐng)域，特別是涉及一種染色體異常的檢測方法、裝置、計算機(jī)設(shè)備和存儲介質(zhì)。

背景技術(shù)

據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計，全世界育齡夫婦約有10％-15％不孕不育，而由男性引發(fā)的不育約占30％-50％。引起男性不育的主要原因為生精障礙與輸精障礙。而染色體異常、基因缺陷、病毒感染與生精組織器官異常等是導(dǎo)致生精障礙的主要原因。目前15％-30％的男性不育原因主要是遺傳異常。克氏綜合癥(Klinefelter?syndrome)及Y染色體微缺失(Ychromosome?microdeletion，YCM)均是導(dǎo)致男性不育非常重要的遺傳病因。YCM在健康人群中發(fā)生率約為1/4000，但在不育男性中顯著升高，發(fā)生頻率為2％～10％。Y染色體上AZF(azoospermia?factor，無精子因子區(qū)域)區(qū)域主要參與精子發(fā)生等過程，這個區(qū)域含有大量反向重復(fù)序列，容易出現(xiàn)缺失，從而引起與精子發(fā)生相關(guān)基因的功能喪失，進(jìn)而導(dǎo)致生精障礙。

目前已有大量的研究表明通過檢測某些STS(Sequence-Tagged?Sites，序列標(biāo)志位點)標(biāo)簽可以判斷是否存在YCM。歐洲男科學(xué)協(xié)會/歐洲分子遺傳實驗質(zhì)控網(wǎng)(EAA/EMQN)在2013年發(fā)布新版本YCM檢測指導(dǎo)。該檢測指導(dǎo)中除了標(biāo)準(zhǔn)的6個STS位點外又加了14個擴(kuò)展的STS位點，可以覆蓋95％以上的AZF區(qū)域微缺失。目前不同的研究者已對這個標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行了改進(jìn)或者擴(kuò)展，增加了多種STS以提高YCM檢測的覆蓋度。目前YCM的檢測區(qū)域主要集中在AZF區(qū)域，這也是最容易發(fā)生YCM的區(qū)域。但亦有文獻(xiàn)報道TSPY-TSPY(testis-specificprotein，睪丸特異蛋白基因)區(qū)域的微缺失與男性不育也有密切關(guān)聯(lián)，故檢測YCM時亦有必要增加TSPY-TSPY區(qū)域微缺失的檢測。Sachdev等人認(rèn)為YCM可能存在人種差異，選擇太少的STS檢測YCM可能會遺漏一些較常見的YCM。Rozen等人對來自5個國家的2萬多個樣本進(jìn)行AZFc區(qū)域微缺失檢測，根據(jù)其研究結(jié)果可以發(fā)現(xiàn)AZFc微缺失有地域差異性。Simoni等人統(tǒng)計了多篇研究文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)不同國家地區(qū)AZF微缺失有顯著差異。Liu等人使用NGS(NextGeneration?Sequencing，下一代測序)研究了與非梗阻性無精子癥(non-obstructiveazoospermia)相關(guān)的YCM，發(fā)現(xiàn)有許多新的YCM分布在AZF區(qū)域內(nèi)部或者外部。為了增加YCM檢測的精度，YCM檢測區(qū)域應(yīng)該擴(kuò)大至整個Y染色體常染色體部分，而檢測位點之間的間距應(yīng)該縮小。

相關(guān)技術(shù)中，基于STS捕獲技術(shù)進(jìn)行YCM檢測一般使用捕獲技術(shù)捕獲上百個STS進(jìn)行高通量測序。然后對捕獲探針進(jìn)行定量分析，分析過程與STS?PCR(Polymerase?ChainReaction，聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))技術(shù)原理類似，根據(jù)STS缺失情況進(jìn)行YCM缺失推斷。但是，基于PCR或者捕獲技術(shù)進(jìn)行YCM檢測無法對Y染色體全染色體進(jìn)行檢測，存在容易漏檢的問題。

發(fā)明內(nèi)容

基于此，有必要針對上述技術(shù)問題，提供一種能夠?qū)染色體進(jìn)行全染色體檢測，并且能夠提高Y染色體異常的檢測精度的染色體異常的檢測方法、裝置、計算機(jī)設(shè)備和存儲介質(zhì)。

第一方面，本申請實施例提供一種染色體異常的檢測方法，所述方法包括：

獲取待檢測樣本的Y染色體的基因組比對結(jié)果；