[發明專利]染色體異常的檢測方法、裝置、計算機設備和存儲介質

有效

• 申請號: 202110196163.1
• 申請日: 2021-02-22
• 公開（公告）號: CN112863602B
• 公開（公告）日: 2023-07-21
• 發明（設計）人: 張軍;孔令印;梁波
• 申請（專利權）人: 蘇州貝康醫療器械有限公司
• 主分類號: G16B30/10
• 分類號: G16B30/10;G16B20/10;G16B20/20;G16B20/40;G16B40/00;G16B45/00
• 代理公司: 華進聯合專利商標代理有限公司 44224
• 代理人: 唐敏

本申請涉及一種染色體異常的檢測方法、裝置、計算機設備和存儲介質。所述方法包括：獲取待檢測樣本的Y染色體的基因組比對結果；對于AZF區域，通過染色體異常智能檢測模型根據AZF區域的基因組比對結果，得到AZF區域的檢測結果；對于非AZF區域，通過預設的拷貝數變異分析算法，根據非AZF區域的基因組比對結果得到非AZF區域的檢測結果；根據AZF區域的檢測結果和非AZF區域的檢測結果，生成Y染色體的檢測結果。采用本方法利用全基因組比對結果對染色體進行檢測分析，不使用額外實驗手段，可以提高染色體的檢測效率、減少檢測成本；基于機器學習模型和拷貝數變異分析算法對染色體的不同區域分別進行檢測，可以提高檢測的覆蓋率和異常檢測的準確性。

技術領域

本申請涉及基因檢測技術領域，特別是涉及一種染色體異常的檢測方法、裝置、計算機設備和存儲介質。

背景技術

據世界衛生組織統計，全世界育齡夫婦約有10％-15％不孕不育，而由男性引發的不育約占30％-50％。引起男性不育的主要原因為生精障礙與輸精障礙。而染色體異常、基因缺陷、病毒感染與生精組織器官異常等是導致生精障礙的主要原因。目前15％-30％的男性不育原因主要是遺傳異常。克氏綜合癥(Klinefelter?syndrome)及Y染色體微缺失(Ychromosome?microdeletion，YCM)均是導致男性不育非常重要的遺傳病因。YCM在健康人群中發生率約為1/4000，但在不育男性中顯著升高，發生頻率為2％～10％。Y染色體上AZF(azoospermia?factor，無精子因子區域)區域主要參與精子發生等過程，這個區域含有大量反向重復序列，容易出現缺失，從而引起與精子發生相關基因的功能喪失，進而導致生精障礙。

目前已有大量的研究表明通過檢測某些STS(Sequence-Tagged?Sites，序列標志位點)標簽可以判斷是否存在YCM。歐洲男科學協會/歐洲分子遺傳實驗質控網(EAA/EMQN)在2013年發布新版本YCM檢測指導。該檢測指導中除了標準的6個STS位點外又加了14個擴展的STS位點，可以覆蓋95％以上的AZF區域微缺失。目前不同的研究者已對這個標準進行了改進或者擴展，增加了多種STS以提高YCM檢測的覆蓋度。目前YCM的檢測區域主要集中在AZF區域，這也是最容易發生YCM的區域。但亦有文獻報道TSPY-TSPY(testis-specificprotein，睪丸特異蛋白基因)區域的微缺失與男性不育也有密切關聯，故檢測YCM時亦有必要增加TSPY-TSPY區域微缺失的檢測。Sachdev等人認為YCM可能存在人種差異，選擇太少的STS檢測YCM可能會遺漏一些較常見的YCM。Rozen等人對來自5個國家的2萬多個樣本進行AZFc區域微缺失檢測，根據其研究結果可以發現AZFc微缺失有地域差異性。Simoni等人統計了多篇研究文獻，發現不同國家地區AZF微缺失有顯著差異。Liu等人使用NGS(NextGeneration?Sequencing，下一代測序)研究了與非梗阻性無精子癥(non-obstructiveazoospermia)相關的YCM，發現有許多新的YCM分布在AZF區域內部或者外部。為了增加YCM檢測的精度，YCM檢測區域應該擴大至整個Y染色體常染色體部分，而檢測位點之間的間距應該縮小。

相關技術中，基于STS捕獲技術進行YCM檢測一般使用捕獲技術捕獲上百個STS進行高通量測序。然后對捕獲探針進行定量分析，分析過程與STS?PCR(Polymerase?ChainReaction，聚合酶鏈式反應)技術原理類似，根據STS缺失情況進行YCM缺失推斷。但是，基于PCR或者捕獲技術進行YCM檢測無法對Y染色體全染色體進行檢測，存在容易漏檢的問題。

發明內容

基于此，有必要針對上述技術問題，提供一種能夠對Y染色體進行全染色體檢測，并且能夠提高Y染色體異常的檢測精度的染色體異常的檢測方法、裝置、計算機設備和存儲介質。

第一方面，本申請實施例提供一種染色體異常的檢測方法，所述方法包括：

獲取待檢測樣本的Y染色體的基因組比對結果；