[發明專利]一種與結直腸癌相關的生物標志物及其應用

有效

• 申請號: 202110195943.4
• 申請日: 2021-02-22
• 公開（公告）號: CN112553344B
• 公開（公告）日: 2021-05-11
• 發明（設計）人: 羅奇斌;申玉林;任毅;廖勝光
• 申請（專利權）人: 天津奇云諾德生物醫學有限公司
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12Q1/689;C12Q1/6858;C12Q1/6851;C12Q1/04;C12N15/11
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1.機器學習模型隨機森林在制備評估結直腸癌風險產品中的應用，其特征在于，所述機器學習模型隨機森林的輸入變量為結直腸癌生物標志物的豐度；

所述結直腸癌生物標志物包括以下3種：

標志物1）微單胞菌屬（Parvimonas spp.）；

標志物2）BMP3基因甲基化；

標志物3）人類DNA含量；

其中，標志物1）微單胞菌屬（Parvimonas spp.）檢測試劑的探針引物組合為：正向引物序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物序列如SEQ ID NO.2所示，探針序列如SEQ ID NO.3所示；

其中，標志物2）BMP3基因甲基化檢測試劑的探針引物組合為：正向引物序列如SEQ IDNO.4所示，反向引物序列如SEQ ID NO.5所示，探針序列如SEQ ID NO.6所示；

其中，標志物3）人類DNA含量檢測試劑的探針引物組合為：正向引物序列如SEQ IDNO.7所示，反向引物序列如SEQ ID NO.8所示，探針序列如SEQ ID NO.9所示。

2.根據權利要求1所述的應用，其特征在于，所述標志物1）和標志物3）豐度的測定方法是qPCR定量檢測，所述標志物2）含量的測定方法為MSP。

3.一種基于機器學習模型隨機森林的評估結直腸癌風險產品的構建方法，其特征在于，包括如下步驟：

步驟1）從357例健康樣本和354例結直腸癌樣本的糞便中提取糞便DNA樣本，并將提取的樣本分為兩部分，其中一部分使用硫酸氫鹽處理；

步驟2）使用如權利要求2所述測定方法檢測所有樣本中三個標志物目的基因片段含量和內部參照基因含量，其中標志物1）和標志物3）使用16S rDNA為內參，標志物2）使用MSP產物對應BMP3基因片段作為內參；

步驟3）根據步驟2）所述的標志物目的基因片段含量和內部參照基因含量，計算得到對應標志物的豐度；

步驟4）使用步驟3）得到的所有樣本的標志物豐度和分組信息及隨機森林算法，訓練結直腸癌風險評估模型，并進行內部數據驗證。