[發明專利]一種評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法、裝置和存儲介質

有效

• 申請號: 202110163479.0
• 申請日: 2021-02-05
• 公開（公告）號: CN112992266B
• 公開（公告）日: 2021-09-21
• 發明（設計）人: 高志博;金皓玄;易堅;王佳茜;蘇小凡
• 申請（專利權）人: 深圳裕康醫學檢驗實驗室
• 主分類號: G16B20/00
• 分類號: G16B20/00;G16B25/00
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;彭愿潔

1.一種評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，包括：

基因表達量獲取步驟：包括根據受試者同一腫瘤組織樣本的轉錄組測序數據與參考轉錄組的比對結果，對腫瘤組織樣本各基因的表達情況進行定量分析，獲得各基因的表達量結果；

基因表達量校正步驟：包括提取腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量以及用于歸一化校正的管家基因的表達量，對腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量和管家基因的表達量進行對數化處理，使用管家基因的平均表達量對腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量進行校正，得到校正后的腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量；

免疫耗竭打分計算步驟：包括將校正后的腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量乘以腫瘤免疫耗竭相關基因對應的權重系數，獲得腫瘤免疫耗竭相關基因的權重表達量，將所有腫瘤免疫耗竭相關基因的權重表達量相加獲得的數值，作為免疫耗竭打分；

免疫耗竭狀態評估步驟：包括根據所述免疫耗竭打分判斷腫瘤免疫耗竭狀態。

2.根據權利要求1所述的評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，所述腫瘤免疫耗竭相關基因包括15個基因中的至少一個，所述15個基因包括CCL5，PDCD1，GZMM，IL13，CCR5，TNFSF4，CXCL6，CD46，GPI，IL1RAPL2，ITGB1，KLRK1，NFKB2，PLA2G6，TARP。

3.根據權利要求1所述的評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，所述管家基因包括11個基因中的至少一個，所述11個基因包括STK11IP，ZBTB34，TBC1D10B，OAZ1，POLR2A，G6PD，ABCF1，NRDE2，UBB，TBP，SDHA。

4.根據權利要求1或2所述的評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，所述使用管家基因的平均表達量對腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量進行校正，具體包括，先對管家基因的表達量進行對數化處理，計算管家基因的平均表達量平均表達量的計算公式如公式一所示；將腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量取對數處理后，減去管家基因的平均表達量如公式二所示，即獲得校正后的腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量adj_i；

公式一：

其中，公式一中的count_i表示管家基因的表達量，n表示管家基因的個數，i表示管家基因的編號；

公式二：

其中，公式二中的count_i表示腫瘤免疫耗竭相關基因的表達量，i表示腫瘤免疫耗竭相關基因的編號。

5.根據權利要求4所述的評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，所述表達量為轉錄組測序數據中待測基因的表達豐度，以轉錄組測序數據中比對到待測基因的reads數量表征待測基因的表達量count_i，i表示待測基因的編號。

6.根據權利要求1所述的評估腫瘤免疫耗竭狀態的方法，其特征在于，所述免疫耗竭打分步驟的具體計算公式如公式三所示，

公式三：IES＝f₁×adj₁+f₂×adj₂…+f_i×adj_i，其中，f_i表示腫瘤免疫耗竭相關基因權重系數。