[發明專利]與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記及其應用

在審

• 申請號: 202110053061.4
• 申請日: 2021-01-15
• 公開（公告）號: CN112725498A
• 公開（公告）日: 2021-04-30
• 發明（設計）人: 張彥軍;王興榮;李玥;李永生;茍作旺;祁旭升
• 申請（專利權）人: 甘肅省農業科學院作物研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 蘭州錦知源專利代理事務所(普通合伙) 62204
• 代理人: 勾昌羽

本發明公開了與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記，所述分子標記來自Glyma.07g094200基因；所述SNP分子標記的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示；并提供了其特異性引物及應用。本發明的有益效果為：本發明基于連鎖分析和關聯分析發現了與抗旱脅迫相關的新基因Glyma.07g094200,大豆苗期與成株期抗旱性呈負相關，本發明利用顯著差異的SNP CHR7?17619(G/T)，在該SNP位點設計CAPS分子標記，通過在自然群體中驗證，CHR7?17619的“G”等位基因的加權抗旱系數顯著(P0.01）大于“T”等位基因，為克隆大豆抗旱基因和分子標記輔助選擇育種奠定了基礎。

技術領域

本發明涉及作物抗旱性鑒定技術領域，具體涉及與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記及其應用。

背景技術

干旱是影響大豆減產的主要非生物脅迫因素之一，嚴重時可導致大豆減產50%以上。大豆幼苗的生長狀況決定了個體和群體發育質量。只有掌握大豆苗期對水分脅迫的響應，才能準確控制水分，達到壯苗的目的，為大豆優質高產奠定基礎。

傳統的抗旱性研究主要集中在抗旱指標篩選、評價方法和抗旱種質鑒定方面。近年來，分子生物學方法（例如連鎖群體的QTL定位，全基因組關聯分析以及結構和功能基因組學）已廣泛應用于抗旱機制的研究。

目前，在非生物脅迫下，已經鑒定出許多與大豆農藝性狀和生理特性有關的QTL或SNP，但與大豆抗旱性相關的較少，只有少數幾個與大豆苗期的抗旱性有關，還沒有克隆到與大豆抗旱相關的基因，相關的機理和應用研究尚不明確。

同時，利用田間自然鑒定或室內模擬干旱進行大豆抗旱性鑒定，需要多年多點進行，耗時長，工作量大，且受環境影響較大。因此，通過QTL定位和全基因組關聯分析方法定位大豆抗旱位點，篩選候選基因，尋找相關聯分子標記，一方面有助于基因的精細定位、分離與克隆，另一方面對于大豆種質資源抗旱性鑒定和分子標記輔助選擇育種都具有應用價值。

發明內容

本發明的目的就是針對上述現有技術中的缺陷，提供了與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記及其應用。

為了實現上述目的，本發明提供的技術方案為：與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記，所述分子標記來自Glyma.07g094200基因；所述SNP分子標記的核苷酸序列如序列表中SEQ ID NO.1所示。

本發明的第二個目的是提供了用于檢測上述與大豆苗期/成株期抗旱性相關的SNP分子標記的特異性引物，

所述檢測與大豆苗期抗旱性相關的SNP分子標記的特異性引物，包括：正向引物，如序列表中SEQ ID NO.2所示；反向引物，如序列表中SEQ ID NO.3所示；

所述檢測與大豆成株期抗旱性相關的SNP分子標記的特異性引物，包括：正向引物，如序列表中SEQ ID NO.4所示；反向引物，如序列表中SEQ ID NO.5所示。

本發明的第三個目的是提供了上述的SNP分子標記在檢測大豆苗期/成株期抗旱性中的應用。

本發明的第四個目的是提供了上述的特異性引物在檢測大豆苗期/成株期抗旱性中的應用。

進一步的，上述的應用，所述檢測大豆苗期抗旱性的方法，包括以下步驟：

1）利用CTAB法提取待鑒定大豆種質的全基因組DNA；

2）以待鑒定大豆種質的全基因組DNA為模板，利用上述的特異性引物SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3進行PCR擴增，獲得擴增產物片段；

3）利用Acil限制性內切酶對PCR擴增產物進行酶切；