[發(fā)明專利]一種快速檢測(cè)新型冠狀病毒69-70del突變的引物組合物及試劑盒

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202110050934.6
• 申請(qǐng)日: 2021-01-14
• 公開（公告）號(hào): CN113025748A
• 公開（公告）日: 2021-06-25
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 曹國君;邢志芳;許笑;關(guān)明;詹瓊;毛奇琦
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院北院
• 主分類號(hào): C12Q1/70
• 分類號(hào): C12Q1/70;C12Q1/6844;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 上海申新律師事務(wù)所 31272
• 代理人: 郎祺

本發(fā)明提供了一種快速檢測(cè)新型冠狀病毒69?70del突變的引物組合物及試劑盒。該引物組合物包括引物組和PNA探針；該P(yáng)NA探針的序列如SEQ ID NO：8所示；該引物組包括F3引物、B3引物、FIP引物、BIP引物和LB引物，選自包括序列如SEQ ID NO：3～7的組合物、包括序列如SEQ ID NO：9～13的組合物、包括序列如SEQ ID NO：14～18的組合物和包括序列如SEQ ID NO：15和17～20的組合物的一組或者幾組。本發(fā)明基于LAMP技術(shù)提供了一種快速檢測(cè)新型冠狀病毒69?70del突變的引物組合物及試劑盒，特異性好、靈敏度高，無需復(fù)雜、昂貴的輔助設(shè)備，在30?60min內(nèi)即可實(shí)現(xiàn)核酸分子標(biāo)志物的快速檢測(cè)，檢測(cè)結(jié)果可以通過目視法直接判斷，具有良好的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，尤其涉及一種快速檢測(cè)新型冠狀病毒 69-70del突變的引物組合物及試劑盒。

背景技術(shù)

冠狀病毒(Coronavirus，CoV)，因其包膜表面有一圈形似日冕的棘突而得 名，廣泛存在于自然界中，是一種呼吸道病毒，其宿主包括人類、脊椎動(dòng)物和無 脊椎動(dòng)物。冠狀病毒屬套氏病毒目，冠狀病毒科，冠狀病毒屬，為有包膜的正股 單鏈RNA病毒，直徑為80～120nm，約有3萬個(gè)堿基組成，其遺傳物質(zhì)是已知 RNA病毒中最大的。國際病毒分類命名委員會(huì)在2012年根據(jù)其遺傳學(xué)差異和血 清學(xué)特性將冠狀病毒分為α、β、γ、δ四群，其中β群CoV又進(jìn)一步分為A、B、 C、D四個(gè)組。α、β兩群易感染哺乳動(dòng)物，包含了7種對(duì)人類致病的冠狀病毒， 分別為HCoV-OC43、HCoV-229E、SARS-CoV、HCoV-NL63、HCoV-HKU1、 MERS-CoV和SARS-CoV-2；而γ、δ兩群則主要感染禽類。冠狀病毒是一種常 見的、易引發(fā)呼吸道疾病的病原體，在引起成人社區(qū)獲得性肺炎的病毒中，冠狀 病毒檢出率與其他呼吸道病毒的檢出率相似。SARS-CoV-2感染不僅會(huì)對(duì)人類的 生命安全構(gòu)成威脅，還會(huì)對(duì)全球社會(huì)經(jīng)濟(jì)造成極大損失，我們需要“未雨綢繆”， 積極應(yīng)對(duì)，對(duì)其流行病學(xué)和致病機(jī)制進(jìn)行深入研究，積極研發(fā)新型特效藥和疫苗， 并開發(fā)出更有效的檢測(cè)手段，把冠狀病毒扼殺于“搖籃”階段，為人類的健康保 駕護(hù)航。

由于病毒自身的結(jié)構(gòu)特征及宿主眾多，導(dǎo)致該病毒極易發(fā)生變異，產(chǎn)生新類 型的冠狀病毒突變體，例如英國科學(xué)家發(fā)現(xiàn)了一種被稱為B.1.1.7的新冠病毒變 種，變異病毒與人受體親和力提高了1000倍，變異病毒傳播能力要比原始毒株 高70％左右，而倫敦最近新冠感染病例超過60％都來自變異病毒，“超級(jí)傳播 者”被頻繁報(bào)道，給疾病的防治帶來了極大難度。2020年12月31日世衛(wèi)組織 正式通報(bào)了新冠病毒主要的四種突變體，分別為：在歐洲發(fā)現(xiàn)的新冠病毒出現(xiàn) D614G突變、在丹麥發(fā)現(xiàn)的一種與水貂相關(guān)的“Cluster 5”新冠病毒突變體、在 英國發(fā)現(xiàn)的VOC 202012/01的新冠病毒突變體、在南非發(fā)現(xiàn)的501Y.V2突變體。 目前全球已有幾十個(gè)國家出現(xiàn)了變異的SARS-CoV-2，變異SARS-CoV-2病毒可 能不會(huì)增加疾病嚴(yán)重性，但其會(huì)導(dǎo)致更高的發(fā)病率，產(chǎn)生更多住院及死亡病例， 所以需要采取更嚴(yán)格的公共衛(wèi)生措施來控制這些變異病毒的傳播，確保新冠肺炎 “可防、可控、可治”。

69-70del是出現(xiàn)的新冠病毒刺突蛋白(spike protein，S蛋白)N端結(jié)構(gòu)域 (NTD)中的第69位的組氨酸(H69)和和第70位的纈氨酸(V70)缺失突變， 69-70del突變可能導(dǎo)致刺突蛋白的構(gòu)象變化，有利于病毒逃逸逃逸宿主的免疫反 應(yīng)，甚至可能讓疫苗和藥物對(duì)其失去效果。因此快速檢測(cè)SARS-CoV-2，及時(shí)了 解病毒株的主流突變情況，對(duì)于疫情的防控、疾病的診療和疫苗的研發(fā)等均具有 重要的意義。