[發(fā)明專利]實體瘤甲基化標(biāo)志物及其用途

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202110041826.2
• 申請日: 2017-07-06
• 公開（公告）號: CN113151458A
• 公開（公告）日: 2021-07-23
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張康;侯睿;鄭良宏
• 申請（專利權(quán)）人: 優(yōu)美佳腫瘤技術(shù)有限公司;加利福尼亞大學(xué)董事會
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京安信方達知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

本申請涉及實體瘤甲基化標(biāo)志物及其用途。本申請公開了用于將受試者鑒別為患有食管癌、胰腺癌或胃癌的方法和試劑盒。本申請還提供了用于生成與食管癌、胰腺癌或胃癌相關(guān)的生物標(biāo)志物的甲基化譜的方法和試劑盒。

本申請是申請日為2017年7月6日，申請?zhí)枮?01780002263.8，發(fā)明名稱為“實體瘤甲基化標(biāo)志物及其用途”的申請的分案申請。

交叉引用

本申請要求于2016年7月6日提交的美國臨時申請?zhí)?2/358,795的權(quán)益，該申請通過引用并入本文。

發(fā)明背景

癌癥是世界范圍內(nèi)死亡的主要原因，預(yù)計在今后二十年內(nèi)，每年的病例將從2012年的1400萬上升至2200萬(WHO)。在一些情況下，僅在患者已經(jīng)出現(xiàn)癥狀之后才開始針對實體瘤如食管癌、胰腺癌或胃癌的診斷程序，從而導(dǎo)致程序是昂貴的、侵入性的并且有時是耗時的。此外，無法接近的區(qū)域有時會妨礙準(zhǔn)確的診斷。另外，高癌癥發(fā)病率和死亡率與較晚的診斷相關(guān)。

發(fā)明內(nèi)容

本文提供了用于將受試者鑒別為患有食管癌、胰腺癌或胃癌的方法和試劑盒。

在某些實施方案中，本文提供了選擇疑似患有實體瘤的受試者進行治療的方法，該方法包括：(a)采用脫氨劑對提取的基因組DNA進行處理以生成包含脫氨核苷酸的基因組DNA樣品，其中所述提取的基因組DNA從來自疑似患有實體瘤的受試者的生物樣品獲得；(b)從所述提取的基因組DNA生成包含cg10673833的甲基化譜；(c)將所述生物標(biāo)志物的甲基化譜與對照進行比較；(d)如果所述甲基化譜與所述對照相關(guān)，則將所述受試者鑒別為患有實體瘤；以及(e)如果所述受試者被鑒別為患有實體瘤，則向所述受試者施用有效量的治療劑；其中所述實體瘤選自食管癌、胰腺癌或胃癌。

在一些實施方案中，所述比較進一步包括生成逐對甲基化差異數(shù)據(jù)集，該數(shù)據(jù)集包含：(i)經(jīng)處理的基因組DNA的甲基化譜與第一正常樣品的甲基化譜之間的第一差異；(ii)第二正常樣品的甲基化譜與第三正常樣品的甲基化譜之間的第二差異；以及(iii)第一原發(fā)性癌癥樣品的甲基化譜與第二原發(fā)性癌癥樣品的甲基化譜之間的第三差異。

在一些實施方案中，所述比較進一步包括通過機器學(xué)習(xí)方法利用對照對所述逐對甲基化差異數(shù)據(jù)集進行分析，以生成所述甲基化譜。

在一些實施方案中，所述第一原發(fā)性癌癥樣品為食管癌樣品、胰腺癌樣品或胃癌樣品。

在一些實施方案中，所述第二原發(fā)性癌癥樣品為非食管癌樣品、非胰腺癌樣品或非胃癌樣品。

在一些實施方案中，所述對照包含一組甲基化譜，其中每個所述甲基化譜均由從已知癌癥類型獲得的生物樣品生成。

在一些實施方案中，所述已知癌癥類型為食管癌、胰腺癌或胃癌。

在一些實施方案中，所述已知癌癥類型為復(fù)發(fā)性或難治性食管癌、復(fù)發(fā)性或難治性胰腺癌、或復(fù)發(fā)性或難治性胃癌。

在一些實施方案中，所述已知癌癥類型為轉(zhuǎn)移性食管癌、轉(zhuǎn)移性胰腺癌或轉(zhuǎn)移性胃癌。

在一些實施方案中，所述機器學(xué)習(xí)方法采用選自以下的一項或多項的算法：主成分分析、邏輯回歸分析、最近鄰分析、支持向量機和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型。

在一些實施方案中，所述生成進一步包括使所述生物標(biāo)志物與探針雜交并進行DNA測序反應(yīng)，以對所述生物標(biāo)志物的甲基化進行定量。

在一些實施方案中，所述生物樣品包含循環(huán)腫瘤細(xì)胞。

在一些實施方案中，所述受試者為人。