[發明專利]實體瘤甲基化標志物及其用途

在審

• 申請號: 202110041826.2
• 申請日: 2017-07-06
• 公開（公告）號: CN113151458A
• 公開（公告）日: 2021-07-23
• 發明（設計）人: 張康;侯睿;鄭良宏
• 申請（專利權）人: 優美佳腫瘤技術有限公司;加利福尼亞大學董事會
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 王瑋瑋;鄭霞

1.一種生成有需要的受試者的生物標志物的甲基化譜的方法，該方法包括：

a)采用脫氨劑對提取的基因組DNA進行處理以生成包含脫氨核苷酸的基因組DNA樣品，其中所述提取的基因組DNA從來自所述受試者的生物樣品獲得；

b)檢測所述提取的基因組DNA與探針之間的雜交，其中所述探針與cg10673833(肌球蛋白IG)雜交；以及

c)根據在所述提取的基因組DNA與所述探針之間所檢測到的雜交來生成甲基化譜。

2.如權利要求1所述的方法，其中所述探針包含式I的結構：

其中：

A為第一靶標結合區；

B為第二靶標結合區；并且

L為連接區；

其中A具有與從SEQ ID NO:1的5’末端的位置1開始的至少30個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性；B具有與從SEQ ID NO:1的3’末端的位置1’開始的至少12個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性；并且

其中L與A相連接；并且B與A或L相連接。

3.如權利要求2所述的方法，其中所述探針包含式Ia的結構：

4.如權利要求2所述的方法，其中A具有與從SEQ ID NO:1的5’末端的位置1開始的至少40個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性。

5.如權利要求2所述的方法，其中A具有與從SEQ ID NO:1的5’末端的位置1開始的至少50個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性。

6.如權利要求2所述的方法，其中B具有與從SEQ ID NO:1的3’末端的位置1’開始的至少15個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性。

7.如權利要求2所述的方法，其中B具有與從SEQ ID NO:1的3’末端的位置1’開始的至少20個連續核苷酸至少70％、80％、90％、95％或99％的序列同一性。

8.如權利要求2所述的方法，其中L的長度為約15、20、25、30、35、40、45、50、55或60個核苷酸。

9.如權利要求1所述的方法，其中所述探針具有與SEQ ID NO:1至少80％、85％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％的序列同一性。

10.如權利要求1所述的方法，其中所述生成進一步包括生成逐對甲基化差異數據集，該數據集包含：

(i)經處理的基因組DNA的甲基化譜與第一正常樣品的甲基化譜之間的第一差異；

(ii)第二正常樣品的甲基化譜與第三正常樣品的甲基化譜之間的第二差異；以及

(iii)第一原發性癌癥樣品的甲基化譜與第二原發性癌癥樣品的甲基化譜之間的第三差異。