[發明專利]一種定量檢測多個NUP98融合基因的方法和試劑盒

在審

• 申請號: 202110024565.3
• 申請日: 2021-01-08
• 公開（公告）號: CN114752659A
• 公開（公告）日: 2022-07-15
• 發明（設計）人: 倪潤芳;郭婷婷;趙菁;宋娜杰
• 申請（專利權）人: 廈門致善生物科技股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6851
• 分類號: C12Q1/6851;C12N15/11
• 代理公司: 中國貿促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 崔錫強

本發明屬于生物學領域，具體涉及一種定量檢測多個NUP98融合基因的方法以及試劑盒。為解決NUP98融合基因檢測的問題，本申請利用實時熒光PCR技術對多個NUP98融合基因進行同時檢測，進一步提供了同時檢測多個NUP98融合基因的試劑盒。本發明的方法以及試劑盒可單次上機同時對多樣本進行定量檢測，檢測通量高、靈敏度高、且安全簡便。

技術領域

本發明屬于生物學領域，具體涉及一種定量檢測多個NUP98融合基因的方法以及試劑盒。

背景技術

基因融合是白血病發生的重要原因之一，其中涉及多種不同的基因，將會導致產生多種不同的致癌效應。NUP98是一種主要參與調節核內外蛋白質和RNA轉運的基因，其野生型不具有致癌能力。但當NUP98與伴侶基因發生融合后，其融合基因的產物具有惡性轉化能力。NUP98融合基因在急性髓細胞白血病中的發病頻率為1％-2％，在其他白血病類型中的發病頻率更低，但是檢測這些融合基因對指導白血病的治療有重要的臨床意義。

實時熒光定量PCR是一種在DNA擴增反應中，以熒光化學物質測定每次聚合酶鏈式反應(PCR)循環后產物總量的方法。可通過內參基因的使用對待測樣品中的特定DNA序列進行定量分析。其結果以擴增曲線的形式呈現，結果以Ct值表示，其檢測靈敏度高，在結合Taqman熒光探針的使用后，可以特異性地表征待測基因的擴增情況。

目前，需要提供一種新的方法，以解決上述問題。

發明內容

為了解決上述問題，本申請利用實時熒光PCR技術對多個NUP98融合基因進行同時檢測，進一步提供了同時檢測多個NUP98融合基因的試劑盒，并由此完成了本申請。

因此，在第一方面，本申請提供了一種定量檢測多個NUP98融合基因的方法，所述方法包括：

(a)提供含有不同NUP98融合基因的靶核酸的樣品，并且，針對每一種靶核酸，提供能夠擴增所述靶核酸的引物組，所述引物組包含至少一條上游引物和至少一條下游引物，其中，所述上游引物能夠靶向所述靶核酸中編碼NUP98蛋白的核苷酸的序列；

以及，針對每一種靶核酸，提供能夠與所述靶核酸中NUP98融合基因的序列特異性雜交的檢測探針，所述檢測探針標記有報告基團和淬滅基團，其中，所述報告基團能夠發出信號，并且，所述淬滅基團能夠吸收或淬滅所述報告基團發出的信號；并且，所述檢測探針在與其互補序列雜交的情況下發出的信號不同于在未與其互補序列雜交的情況下發出的信號；

在某些實施方案中，所述引物組包含一條上游引物和多條下游引物(例如，2條，5條，10條，11條，或更多條)。

(b)在允許核酸擴增的條件下，通過熒光定量PCR，使用所述引物組以及所述檢測探針對所述含有不同NUP98融合基因的靶核酸進行擴增，從而獲得與擴增產物對應的擴增曲線以及Ct值；

(c)以倍比稀釋的擴增產物的濃度對數值為橫坐標，以擴增產物對應的Ct值為縱坐標，構建擴增產物濃度與Ct值之間的標準曲線；其中，Ct＝斜率×Log(濃度，copies/μL)+截距；

在某些實施方案中，對標準曲線的參數進行檢測，判斷所述標準曲線能否用于NUP98融合基因的定量檢測；其中，所述參數選自標準曲線的相關系數，擴增效率，斜率，或其任何組合。

在某些實施方案中，當標準曲線的相關系數(R)的平方大于0.99，擴增效率大于85％，斜率在-3.0至-4.0之間時，所述標準曲線可用于NUP98融合基因的定量檢測。

(d)通過Ct值與濃度的倍比關系，獲得樣品的靶核酸中不同NUP98融合基因的濃度。