[發明專利]一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物及其方法與應用

有效

• 申請號: 202110005140.8
• 申請日: 2021-01-05
• 公開（公告）號: CN112342314B
• 公開（公告）日: 2021-04-20
• 發明（設計）人: 王繼永;鄭司浩;曾燕;鄧庭偉;尚興樸;劉美娟;趙莎;王浩;高強;靜一;劉國城;孫文靜
• 申請（專利權）人: 中國中藥有限公司;深圳華大基因科技服務有限公司;國藥種業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京知聯天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11594
• 代理人: 史光偉;張迎新

本發明涉及一種鑒別內蒙古杭錦旗產甘草的SNP分子標記物其方法與應用，所述分子標記物包括20個SNP分子標記，所述20個SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示。本發明的鑒別內蒙古杭錦旗產甘草的SNP分子標記物及其方法與應用，采用基因組學技術，在甘草基因組層面獲得SNP標記，能夠快速準確確定所檢測的甘草產地是否為內蒙古杭錦旗產地。

技術領域

本發明屬于分子生物學分子標記領域，特別涉及一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物及其方法與應用。

背景技術

甘草是一種大宗常用的中藥材，其以根入藥，味甘，平，有補脾益氣，清熱解毒，祛痰止咳，緩急止痛，調和諸藥的功效。主治脾胃虛弱，倦怠乏力，心悸氣短，咳嗽痰多，脘腹、四肢攣急疼痛，癰腫瘡毒等癥，緩解藥物毒性、烈性。甘草有“十方九草”一說，在中藥各復方中出現最為頻繁，主要為調和諸藥的作用。甘草的主產區有內蒙古、新疆、甘肅、寧夏等地，東北地區也有少量分布。不同產地的甘草藥材質量和功效存在差異，且不同產地甘草的種子、藥材等價格存在顯著差異。

甘草產地的鑒別一直是甘草物種鑒定的技術難點，也是當前中藥資源產業面臨的行業難題。當前甘草產地鑒別多運用性狀鑒別及顯微鑒別等方法，依賴個人經驗及主觀判斷，準確性不高，技術可推廣性不強。

而對于甘草道地產區的內蒙古杭錦旗地區，如何將其生產的甘草與其他地區生產的甘草進行區分，是中藥鑒別人員急需解決的問題。

發明內容

針對上述問題，本發明提供了一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物及其方法與應用。

一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物，所述分子標記包括20個SNP分子標記，所述20個SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示。

進一步地，所述20個SNP位點的堿基如下所示。

一種利用內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物鑒別甘草產地的方法，所述方法包括以下步驟：

獲取待測樣本DNA；

對檢測合格的待測樣本DNA進行建庫測序，獲得樣本DNA測序數據；

對所述樣本DNA測序數據進行質控，獲得樣本DNA質控數據；

將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重以及SNP檢測得到待測樣本SNP基因；

將相同染色體位置處的所述待測樣本SNP基因與內蒙古杭錦旗產甘草的SNP分子標記進行比對，判斷是否有19-20個所述待測樣本SNP基因與所述內蒙古杭錦旗產甘草的SNP分子標記相同：

若有，則判斷待測樣本為內蒙古杭錦旗產地甘草；若沒有則待測樣本為非內蒙古杭錦旗產地甘草。

進一步地，所述樣本DNA的測序采用高通量測序。

進一步地，所述對所述樣本DNA測序數據進行質控包括：

對所述樣本DNA測序數據的原始reads進行過濾；

所述過濾規則包括：

去掉接頭序列；

去掉序列中N的數量小于等于序列長度2%的reads；

去掉測序質量低于20的堿基數量超過序列長度的40%的reads。

進一步地，所述將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重后，進行SNP檢測得到待測樣本SNP基因包括：

以甘草在公共數據庫中的基因組作為參考序列，利用比對軟件進行序列比對，獲得bam文件；