[發明專利]一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物及其方法與應用

有效

• 申請號: 202110005140.8
• 申請日: 2021-01-05
• 公開（公告）號: CN112342314B
• 公開（公告）日: 2021-04-20
• 發明（設計）人: 王繼永;鄭司浩;曾燕;鄧庭偉;尚興樸;劉美娟;趙莎;王浩;高強;靜一;劉國城;孫文靜
• 申請（專利權）人: 中國中藥有限公司;深圳華大基因科技服務有限公司;國藥種業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京知聯天下知識產權代理事務所(普通合伙) 11594
• 代理人: 史光偉;張迎新

1.一種鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物，其特征在于，所述分子標記物包括20個SNP分子標記，所述20個SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO.1~SEQ ID NO.20所示，用于鑒定內蒙古杭錦旗甘草的 20個SNP分子標記的堿基分別位于SEQ ID NO.1~SEQ IDNO.20序列的第6位置處，20個SNP位點的堿基如下所示：

。

2.一種利用權利要求1所述的鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記物鑒別甘草產地的方法，其特征在于，所述方法包括以下步驟：

獲取待測樣本DNA；

對檢測合格的待測樣本DNA進行建庫測序，獲得樣本DNA測序數據；

對所述樣本DNA測序數據進行質控，獲得樣本DNA質控數據；

以甘草在NCBI公共數據庫中的基因組作為參考序列，將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重后，進行SNP檢測得到待測樣本SNP基因；

將相同基因組位置處的所述待測樣本SNP基因與所述鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記進行比對，判斷是否有19-20個所述待測樣品的SNP基因與所述鑒別內蒙古杭錦旗甘草的SNP分子標記相同：

若有，則判斷待測樣品為內蒙古杭錦旗產地甘草；若沒有，則待測樣本為非內蒙古杭錦旗產地甘草。

3.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述樣本DNA的測序采用高通量測序。

4.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述對所述樣本DNA測序數據進行質控包括：

對所述樣本DNA測序數據的原始reads進行過濾；

所述過濾規則包括：

去掉接頭序列；

去掉序列中N的數量小于等于序列長度2%的reads；

去掉測序質量低于20的堿基數量超過序列長度的40%的reads。

5.根據權利要求2所述的方法，其特征在于，所述將所述樣本DNA質控數據與參考序列進行比對、去重后，進行SNP檢測得到待測樣本SNP基因：

以甘草在NCBI公共數據庫中的基因組作為參考序列，利用比對軟件進行序列比對，獲得bam文件；

利用排序軟件對所述bam文件進行排序，并移除重復序列；

利用基因分型軟件處理排序去重之后的bam文件，獲得待測樣本初步SNP基因型；

利用“QUAL100 FS10 MQ40”參數降低所述樣本初步SNP基因型的錯誤率，得到所述待測樣本SNP基因型。

6.一種利用權利要求1的SNP分子標記物在鑒別內蒙古杭錦旗產甘草中的應用。

7.一種含權利要求1所述的SNP分子標記物的基因芯片或試劑盒。