[發(fā)明專利]使用親屬的信息確定非孟德?tīng)柋硇偷倪z傳風(fēng)險(xiǎn)

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202080033145.5
• 申請(qǐng)日: 2020-03-19
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN113905660A
• 公開(kāi)（公告）日: 2022-01-07
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: M·拉比諾維茨
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 瑟姆巴股份有限公司
• 主分類號(hào): A61B5/00
• 分類號(hào): A61B5/00;G16B20/20;G16H50/30
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務(wù)所 11494
• 代理人: 岑曉東

提供了用于輸出非孟德?tīng)栵L(fēng)險(xiǎn)得分的方法，所述方法包括：從第一數(shù)據(jù)集接收(i)受試者的基因型數(shù)據(jù)和(ii)具有目的基因的受試者的一位或多位血親的基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)；從第二數(shù)據(jù)集接收基因型群體數(shù)據(jù)和表型群體數(shù)據(jù)，其中所述群體包括兩位或更多位血親；在所述第一數(shù)據(jù)集和所述第二數(shù)據(jù)集上訓(xùn)練模型以確定所述受試者的與一個(gè)或多個(gè)目的非孟德?tīng)柣蛳嚓P(guān)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)；以及輸出所述受試者的表型風(fēng)險(xiǎn)得分。還提供了用于輸出受試者的多基因風(fēng)險(xiǎn)得分的系統(tǒng)和非暫時(shí)性機(jī)器可讀介質(zhì)。

相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用

本申請(qǐng)要求2019年3月19日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)?zhí)?2/820,286的權(quán)益，將所述臨時(shí)申請(qǐng)通過(guò)引用以其整體并入本文。

技術(shù)領(lǐng)域

描述了用于使用親屬的遺傳信息確定非孟德?tīng)柋硇偷倪z傳風(fēng)險(xiǎn)的方法。

背景技術(shù)

對(duì)于孟德?tīng)柣颍霈F(xiàn)表型的概率為大約0或1，這取決于受試者是遺傳了0種、1種還是2種形式的突變基因，以及所述基因是展示出顯性遺傳還是展示出隱性遺傳。對(duì)于孟德?tīng)柋硇停茉囌叩娘L(fēng)險(xiǎn)是通過(guò)以定義明確的方式分析受試者的親屬的系統(tǒng)樹(shù)和病史來(lái)確定的。對(duì)于非孟德?tīng)柣颍哂刑囟ɑ蛲蛔兊氖茉囌叱霈F(xiàn)表型的概率不是絕對(duì)的0或1。另外，非孟德?tīng)柋硇屯ǔＪ芏鄠€(gè)基因的影響。通常在多基因風(fēng)險(xiǎn)模型中捕獲多個(gè)基因的影響，所述多基因風(fēng)險(xiǎn)模型往往不準(zhǔn)確，并使用群體水平數(shù)據(jù)來(lái)校準(zhǔn)每個(gè)基因的影響。本領(lǐng)域需要更精確的方法、特別是可結(jié)合家族病史的方法來(lái)確定受試者是否有非孟德?tīng)柋硇偷娘L(fēng)險(xiǎn)。

發(fā)明內(nèi)容

提供了用于輸出非孟德?tīng)柋硇惋L(fēng)險(xiǎn)得分的方法，通過(guò)使用受試者的親屬的疾病或表型狀態(tài)使得每位受試者的所述非孟德?tīng)柋硇惋L(fēng)險(xiǎn)得分更加準(zhǔn)確。一些方面包括從第一數(shù)據(jù)集接收(i)具有一個(gè)或多個(gè)目的非孟德?tīng)柣虻氖茉囌叩幕蛐蛿?shù)據(jù)和(ii)所述受試者的具有一個(gè)或多個(gè)所述目的非孟德?tīng)柣虻囊晃换蚨辔谎H的基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)。一些方面包括從第二數(shù)據(jù)集接收基因型群體數(shù)據(jù)和表型群體數(shù)據(jù)，其中所述群體包括一組或多組的兩位或更多位血親。一些方面包括在所述第一數(shù)據(jù)集和所述第二數(shù)據(jù)集上訓(xùn)練模型以確定所述受試者的與一個(gè)或多個(gè)所述目的非孟德?tīng)柣蛳嚓P(guān)的風(fēng)險(xiǎn)。一些方面包括輸出所述受試者的表型風(fēng)險(xiǎn)得分。

在一些方面，所述第二數(shù)據(jù)集包括多于一組的兩位或更多位血親的基因型群體數(shù)據(jù)和表型群體數(shù)據(jù)。

在一些方面，所述第一數(shù)據(jù)集中的血親包括所述受試者的母親、父親、兄弟、姐妹、兒子、女兒、祖父(外祖父)、祖母(外祖母)、姑媽(姨媽)、叔叔(伯伯/舅舅)、侄女(外甥女)、侄子(外甥)和一級(jí)堂表親中的一位或多位。在一些方面，所述第二數(shù)據(jù)集包括與所述第一數(shù)據(jù)集中的受試者具有相同血緣關(guān)系的兩位或更多位受試者。

在一些方面，所述血親中的一位或多位是男性親屬。在一些方面，所述血親中的一位或多位是女性親屬。

在一些方面，所述第一數(shù)據(jù)集包括所述受試者的多于一位血親的數(shù)據(jù)。在一些方面，所述血親中的一位或多位是男性親屬，并且所述血親中的一位或多位是女性親屬。

在一些方面，所述目的基因是目的遺傳變體。

在一些方面，所述第一數(shù)據(jù)集和所述第二數(shù)據(jù)集包括與所述表型的發(fā)作年齡相關(guān)的數(shù)據(jù)。

還提供了系統(tǒng)，所述系統(tǒng)包括：處理器；與所述處理器耦合以存儲(chǔ)指令的存儲(chǔ)器，當(dāng)由所述處理器執(zhí)行時(shí)，所述指令使所述處理器執(zhí)行操作，所述操作包括：從第一數(shù)據(jù)集接收(i)具有一個(gè)或多個(gè)目的非孟德?tīng)柣虻氖茉囌叩幕蛐蛿?shù)據(jù)和(ii)所述受試者的具有一個(gè)或多個(gè)所述目的基因的一位或多位血親的基因型數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)；從第二數(shù)據(jù)集接收基因型群體數(shù)據(jù)和表型群體數(shù)據(jù)，其中所述群體包括一組或多組的兩位或更多位血親；在所述第一數(shù)據(jù)集和所述第二數(shù)據(jù)集上訓(xùn)練模型以確定所述受試者的與一個(gè)或多個(gè)所述目的非孟德?tīng)柣蛳嚓P(guān)的風(fēng)險(xiǎn)；以及輸出所述受試者的表型風(fēng)險(xiǎn)得分。