[發(fā)明專(zhuān)利]一種遺傳性主動(dòng)脈疾病及相關(guān)基因的檢測(cè)方法、裝置和存儲(chǔ)介質(zhì)

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202011631464.4
• 申請(qǐng)日: 2020-12-31
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN112592969A
• 公開(kāi)（公告）日: 2021-04-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 羅宏敏;吳莉萍;辜清泉;楊旭
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 深圳瑞奧康晨生物科技有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/6869
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/6869;G16B40/00;G16B20/20;G16B50/30
• 代理公司: 深圳鼎合誠(chéng)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;彭愿潔

本申請(qǐng)公開(kāi)了一種遺傳性主動(dòng)脈疾病及相關(guān)基因的檢測(cè)方法、裝置和存儲(chǔ)介質(zhì)，包括：靶標(biāo)序列獲取步驟，包括采用PCR擴(kuò)增，從待測(cè)樣本的基因組序列中獲取二十一個(gè)靶標(biāo)基因序列；測(cè)序步驟，包括對(duì)獲取的二十一個(gè)靶標(biāo)基因序列進(jìn)行高通量測(cè)序；reo?hit解讀步驟，包括根據(jù)高通量測(cè)序結(jié)果，獲得變異信息，采用人類(lèi)頻率數(shù)據(jù)庫(kù)、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)、變異數(shù)據(jù)庫(kù)和致病性預(yù)測(cè)軟件，獲得待測(cè)樣本的致病性評(píng)價(jià)信息；報(bào)告生成步驟，包括根據(jù)所述reo?hit解讀步驟的結(jié)果，輸出致病性評(píng)價(jià)報(bào)告。本申請(qǐng)僅通過(guò)二十一個(gè)基因的高通量測(cè)序panel完成遺傳性主動(dòng)脈疾病的相關(guān)基因檢測(cè)，減少了遺傳性主動(dòng)脈疾病的基因檢測(cè)成本，并且大大提高了遺傳性主動(dòng)脈疾病的疾病篩查效率。

技術(shù)領(lǐng)域

本申請(qǐng)涉及遺傳性主動(dòng)脈疾病基因檢測(cè)領(lǐng)域，具體涉及一種遺傳性主動(dòng)脈疾病及相關(guān)基因的檢測(cè)方法、裝置和存儲(chǔ)介質(zhì)。

背景技術(shù)

遺傳性主動(dòng)脈疾病以主動(dòng)脈擴(kuò)張、主動(dòng)脈瘤/夾層為特征，可發(fā)生于馬凡綜合征(MFS)、Loeys-Dietz綜合征(LDS)、血管型Ehlers-Danlos綜合征(vEDS)、家族性胸主動(dòng)脈瘤/夾層(FTAAD)等多種疾病。這些疾病有著不同程度的臨床表型重合，異質(zhì)性高，診斷和篩查都很困難，尤其是早期發(fā)病期。遺傳性主動(dòng)脈疾病是明確的單基因遺傳病，可以采用基因檢測(cè)手段，在未發(fā)病或發(fā)病早期篩查出攜帶者，實(shí)現(xiàn)早期管理。

但是，當(dāng)前產(chǎn)界缺少單獨(dú)對(duì)遺傳性主動(dòng)脈疾病的基因檢測(cè)手段，大部分是將其包括在數(shù)百個(gè)基因的高通量測(cè)序panel上，因而遺傳性主動(dòng)脈疾病的檢測(cè)手段成本過(guò)高，不適用于大規(guī)模人群篩查。

如何簡(jiǎn)化遺傳性主動(dòng)脈疾病致病基因的檢測(cè)方法，降低檢測(cè)成本，以使其適應(yīng)大規(guī)模人群是遺傳性主動(dòng)脈疾病篩查的難點(diǎn)。

發(fā)明內(nèi)容

本申請(qǐng)的目的是提供一種遺傳性主動(dòng)脈疾病及相關(guān)基因的檢測(cè)方法、裝置和存儲(chǔ)介質(zhì)，以適用于大規(guī)模人群的遺傳性主動(dòng)脈疾病篩查。

為了實(shí)現(xiàn)上述目的，本申請(qǐng)采用了以下技術(shù)方案：

本申請(qǐng)的第一方面公開(kāi)了一種遺傳性主動(dòng)脈疾病及相關(guān)基因的檢測(cè)方法，其特征在于，包括：

靶標(biāo)序列獲取步驟，包括采用PCR擴(kuò)增，從待測(cè)樣本的基因組序列中獲取ACTA2，COL1A1，COL1A2，COL3A1，COL5A1，COL5A2，EFEMP2，ELN，F(xiàn)BN1，LOX，MYH11，MYLK，NOTCH1，PRKG1，SKI，SMAD3，SMAD4，TGFB2，TGFB3，TGFBR1，TGFBR2，二十一個(gè)靶標(biāo)基因序列；

測(cè)序步驟，包括對(duì)獲取的二十一個(gè)靶標(biāo)基因序列進(jìn)行高通量測(cè)序；

reo-hit解讀步驟，包括根據(jù)高通量測(cè)序結(jié)果，獲得變異信息，采用人類(lèi)頻率數(shù)據(jù)庫(kù)、疾病數(shù)據(jù)庫(kù)、變異數(shù)據(jù)庫(kù)和致病性預(yù)測(cè)軟件，對(duì)每個(gè)變異進(jìn)行注釋?zhuān)總€(gè)變異采集至少50個(gè)評(píng)價(jià)參數(shù)，并轉(zhuǎn)化為ACMG指南的28項(xiàng)評(píng)價(jià)參數(shù)，獲得待測(cè)樣本的致病性評(píng)價(jià)信息；人類(lèi)頻率數(shù)據(jù)庫(kù)通過(guò)變異頻率的高低，提示該變異致病性的高低，頻率越高，致病性越低；疾病數(shù)據(jù)庫(kù)用于提示疾病與基因的關(guān)聯(lián)，據(jù)此尋找跟病人表型相關(guān)的基因和變異；變異數(shù)據(jù)庫(kù)用于提示已有報(bào)道的致病變異或良性變異，用于調(diào)整檢測(cè)獲得的變異的權(quán)重；

報(bào)告生成步驟，包括根據(jù)reo-hit解讀步驟的結(jié)果，輸出患者信息、疾病描述信息、基因信息、變異特征、證據(jù)列表、致病性評(píng)價(jià)結(jié)果、意義未明變異信息和實(shí)驗(yàn)質(zhì)控參數(shù)中的至少一組。

需要說(shuō)明的是，本申請(qǐng)的關(guān)鍵在于通過(guò)reo-hit解讀系統(tǒng)將遺傳性主動(dòng)脈疾病二十一個(gè)致病基因的高通量測(cè)序數(shù)據(jù)中變異特征的50個(gè)評(píng)價(jià)參數(shù)自動(dòng)轉(zhuǎn)化為ACMG指南的28項(xiàng)評(píng)價(jià)參數(shù)，進(jìn)而得到遺傳性主動(dòng)脈疾病致病性評(píng)價(jià)，實(shí)現(xiàn)了僅通過(guò)二十一個(gè)基因的高通量測(cè)序panel完成遺傳性主動(dòng)脈疾病的相關(guān)基因檢測(cè)，單獨(dú)對(duì)遺傳性主動(dòng)脈疾病基因的致病性進(jìn)行評(píng)價(jià)，從而減少了遺傳性主動(dòng)脈疾病的基因檢測(cè)成本，并且大大提高了遺傳性主動(dòng)脈疾病的疾病篩查效率。