[發明專利]一種遺傳性主動脈疾病及相關基因的檢測方法、裝置和存儲介質

在審

• 申請號: 202011631464.4
• 申請日: 2020-12-31
• 公開（公告）號: CN112592969A
• 公開（公告）日: 2021-04-02
• 發明（設計）人: 羅宏敏;吳莉萍;辜清泉;楊旭
• 申請（專利權）人: 深圳瑞奧康晨生物科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B40/00;G16B20/20;G16B50/30
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;彭愿潔

1.一種遺傳性主動脈疾病及相關基因的檢測方法，其特征在于，包括：

靶標序列獲取步驟，包括采用PCR擴增，從待測樣本的基因組序列中獲取ACTA2，COL1A1，COL1A2，COL3A1，COL5A1，COL5A2，EFEMP2，ELN，FBN1，LOX，MYH11，MYLK，NOTCH1，PRKG1，SKI，SMAD3，SMAD4，TGFB2，TGFB3，TGFBR1，TGFBR2，二十一個靶標基因序列；

測序步驟，包括對獲取的二十一個靶標基因序列進行高通量測序；

reo-hit解讀步驟，包括根據高通量測序結果，獲得變異信息，采用人類頻率數據庫、疾病數據庫、變異數據庫和致病性預測軟件，對每個變異進行注釋，每個變異采集至少50個評價參數，并轉化為ACMG指南的28項評價參數，獲得待測樣本的致病性評價信息；所述人類頻率數據庫通過變異頻率的高低，提示該變異致病性的高低，頻率越高，致病性越低；所述疾病數據庫用于提示疾病與基因的關聯，據此尋找跟病人表型相關的基因和變異；所述變異數據庫用于提示已有報道的致病變異或良性變異，用于調整檢測獲得的變異的權重；

報告生成步驟，包括根據所述reo-hit解讀步驟的結果，輸出患者信息、疾病描述信息、基因信息、變異特征、證據列表、致病性評價結果、意義未明變異信息和實驗質控參數中的至少一組。

2.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于：所述二十一個靶標基因序列包括涵蓋二十一個基因的外顯子區及其剪切位點外延至少15bp的序列。

3.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于：所述高通量測序的條件為，測序深度300×，1×覆蓋度99％，20×覆蓋度98％。

4.根據權利要求1所述的檢測方法，其特征在于：所述人類頻率數據庫包括1000genome數據庫、ExAC數據庫、GenomeAD數據庫、EVS數據庫和In-house數據庫；

優選的，所述疾病數據庫包括OMIM數據庫和CGD數據庫；

優選的，所述變異數據庫包括clinvar數據庫、HGMD數據庫和OMIM數據庫；

優選的，所述致病性預測軟件包括LRT、MutationTaster、FATHMM、PROVEAN、MetaSVM、MetaLR、CADD、fathmm MKL coding、phyloP100way vertebrate、phyloP20way mammalian、phastCons100way vertebrate、phastCons20way mammalian、SiPhy 29way logOdds中的至少一種；

優選的，所述reo-hit解讀步驟還包括采用GWAS-catalog數據庫進行補充注釋。

5.一種用于遺傳性主動脈疾病及相關基因檢測的多重PCR引物，其特征在于，所述多重PCR引物用于擴增FBN1、TGFBR1、TGFBR2、SMAD3、TGFB2、TGFB3和SKI，七個靶標基因序列。

6.根據權利要求5所述的多重PCR引物，其特征在于：所述多重PCR引物覆蓋七個靶標基因的外顯子區及其剪切位點外延至少15bp的序列。