[發明專利]一種香菇CV501菌株的InDel標記指紋圖譜及其構建方法

在審

• 申請號: 202011567142.8
• 申請日: 2020-12-25
• 公開（公告）號: CN112725492A
• 公開（公告）日: 2021-04-30
• 發明（設計）人: 沈秀芬;于海龍;章爐軍;譚琦;尚曉冬;翟丹丹;李巧珍;張丹;劉建雨
• 申請（專利權）人: 上海市農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12Q1/04;C12N15/11;C12R1/645
• 代理公司: 上海容慧專利代理事務所(普通合伙) 31287
• 代理人: 張竹梅

本發明涉及一種香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜及其構建方法，該指紋圖譜由7對基于香菇全基因組測序后開發的InDel標記組成。本發明的香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜可用于香菇CV501菌種的特異性鑒定，具有檢測時間短、準確性高、可重復性好的優點，在收集的44個香菇菌種中具有香菇CV501菌種的專一性。

技術領域

本發明屬于香菇菌種的檢測領域，具體涉及一種香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜及其構建方法。

背景技術

香菇(Lentinula edodes(Berk.)Pegler)因具有較高的營養價值和藥用價值，而備受消費者歡迎。中國是世界上最早進行香菇人工栽培的國家，栽培歷史已有800多年，目前香菇是國內栽培最廣、產量最高的菇種。據中國食用菌協會統計，2018年中國食用菌總產量為3842.04萬噸，其中香菇總產量為1043.12萬噸，占國內食用菌總產量的27.15％，占世界香菇總產量的90％以上。近年來香菇產業成為國內精準扶貧的重要抓手，據統計全國超過50％以上的國家級貧困縣選擇香菇作為重要產業，我國香菇栽培規模進一步擴大，但隨著我國香菇產業的快速發展，香菇生產用種“同種異名，異種同名”的問題日益突出，這不僅損害了香菇育種者的知識產權更為生產者造成了極大地風險，為香菇產業進一步發展造成了隱患。為保障育種者的權益和降低生產者的風險，促進我國香菇產業健康、穩定和可持續發展，建立一種簡便、快速、可靠的香菇菌種特異性鑒定技術迫在眉睫。

隨著生物信息學的快速發展，DNA測序技術的不斷成熟，測序的通量在不斷增加而成本在降低。DNA分子標記技術能夠從基因水平上檢測香菇菌種的遺傳特異性，香菇全基因組測序的完成為InDel標記的開發提供了便利。InDel分子標記是一種基于高通量測序技術的應用，降低了InDel標記開發的成本，適用于香菇全基因組測序分子標記的開發。且InDel標記具有數量豐富、準確性高、穩定性好、快捷簡便等優點，不僅用于分子標記輔助育種，而且也可用于香菇菌株鑒定。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是提供一種香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜及其構建方法與應用，該指紋圖譜與常規形態學檢測、拮抗試驗、出菇試驗相比，具有檢測時間短，準確性高，重復性好的優點。

本發明的一種香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜，該指紋圖譜由7對InDel標記組成，是基于香菇基因組插入/缺失片段開發的InDel標記引物，擴增帶型好，重復性高，標記詳細信息如表1。

表1 InDel標記引物信息列表

本發明還提供了一種香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜的應用，是利用香菇基因組插入/缺失片段開發的7對InDel標記引物，對香菇菌種進行InDel標記擴增，將得到的帶型與CV501菌種的帶型對照，與該帶型一致即為香菇CV501菌種；

其中香菇CV501菌種的帶型編號組合為：(1+2)012212。

通過對收集的44個香菇品種的InDel標記引物帶型擴增，本發明確定了7對InDel標記引物在44個香菇品種中擴增出的等位片段的數量并編號(表2)，通過不同InDel等位位點的編號組合可有效識別CV501菌種(圖2-8)。通過DNA分子量對照D2000bp DNA ladder可確定各InDel標記引物擴增的等位位點的相對分子量，存在CV501菌種特異InDel等位片段組合的菌種，即是香菇CV501菌種，該菌種的編號組合為：(1+2)012212。

表2 InDel引物擴增的等位片段信息匯總表

本發明還提供了上述香菇CV501菌種的InDel標記指紋圖譜的構建方法，該方法包括如下步驟：