[發明專利]一種腦脊液基因測序建庫、檢測方法及其應用

有效

• 申請號: 202011565077.5
• 申請日: 2020-12-25
• 公開（公告）號: CN112538657B
• 公開（公告）日: 2021-08-17
• 發明（設計）人: 楚玉星;楊玲;王一茜;王珺;吳善旋;洪立梅;李奇
• 申請（專利權）人: 北京吉因加醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C40B50/06
• 分類號: C40B50/06;C12Q1/6874
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司 44281
• 代理人: 彭家恩;彭愿潔

1.一種腦脊液基因測序建庫方法，其特征在于，包括以下步驟：

A、提取、質控：對腦脊液的待測樣本進行至少兩次離心，從上清液中提取待測樣本的cfDNA，采用Labchip GX Touch對所述cfDNA進行片段濃度檢測；

B、構建文庫：對所述cfDNA進行末段修復加A，接頭連接及純化，然后對純化產物進行PCR擴增，并且，根據所述cfDNA的片段濃度檢測結果確定PCR擴增的循環數，對PCR擴增產物進行純化，即得腦脊液cfDNA的基因測序文庫；

根據所述cfDNA的片段濃度檢測結果確定PCR擴增的循環數，具體包括：

cfDNA的片段的質量濃度＜0.2ng/μL為風險建庫，PCR循環數為12循環；

cfDNA的片段的質量濃度≥0.2ng/μL為正常建庫，PCR循環數為8循環；

所述PCR擴增引物濃度為20~40μmol/L。

2.如權利要求1所述腦脊液基因測序建庫方法中，其特征在于，在步驟A中，包括兩次離心過程：

第一次離心時的離心力為1500~1700rcf，時間為5~30min；

第二次離心時的離心力為15000~17000rcf，時間為5~30min。

3.如權利要求1所述腦脊液基因測序建庫方法中，其特征在于，在步驟A中，采用游離DNA提取試劑對待測樣本進行提取，所述游離DNA提取試劑包括蛋白酶K、十二烷基硫酸鈉溶液、乙醇以及包含磁珠的磁珠母液；其中，所述磁珠母液濃度為35~45 mg?mL；所述待測樣本與磁珠母液的添加比例為1mL:15μL~1mL:20μL。

4.如權利要求1所述腦脊液基因測序建庫方法中，其特征在于，所述片段質控是指對片段為80-400bp的cfDNA的質量濃度進行檢測。

5.如權利要求1所述腦脊液基因測序建庫方法中，其特征在于，建庫時的DNA測序文庫雜交基數為單雜。

6.權利要求1-5任一項所述建庫方法制備的DNA測序文庫應用于對腦脊液中的cfDNA進行高通量測序檢測產品的制備。

7.一種腦脊液基因測序檢測試劑盒，其特征在于，該試劑盒包含有用權利要求1~5任一項所述建庫方法制備的DNA測序文庫。