[發(fā)明專利]一種利用DGKK基因中SV119分子標(biāo)記區(qū)分大白豬和香豬的檢測技術(shù)

在審

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• 申請日: 2020-12-24
• 公開（公告）號: CN112626230A
• 公開（公告）日: 2021-04-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 冉雪琴;黃世會;李大鵬;牛熙;王嘉福
• 申請（專利權(quán)）人: 貴州大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 貴陽易博皓專利代理事務(wù)所(普通合伙) 52116
• 代理人: 田常娟

本發(fā)明公開了一種利用DGKK基因中SV119分子標(biāo)記區(qū)分香豬和大白豬的技術(shù)，其特征在于：SV119位于豬參考基因組Sscrofa 11.1chrX:44048706?44048824，共119bp，存在DGKK基因的第2內(nèi)含子中，SV119缺失基因定為D，正常不缺失的基因定為I。應(yīng)用本發(fā)明所述的檢測技術(shù)，得出大白豬只有I基因，而香豬有約50％的D基因，應(yīng)用分子標(biāo)記SV119可以區(qū)分大白豬和香豬。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及家畜分子生物學(xué)檢測領(lǐng)域，具體來說，涉及一種區(qū)分香豬和大白豬的分子標(biāo)記及其應(yīng)用技術(shù)。

背景技術(shù)

香豬是我國特有的地方豬品種，貴州省從江縣是其主產(chǎn)區(qū)，因肥豬開膛后腹腔內(nèi)不臭以及雙月斷奶的仔豬宰食無乳腥味，而被稱為“香豬”(劉培瓊，2011)。香豬于1980年被列為中國八大地方豬種之一，國家農(nóng)業(yè)部于1993年將其列為國家二級保護(hù)畜種，其主產(chǎn)區(qū)從江縣于1995年被認(rèn)定為“中國香豬之鄉(xiāng)”，此外，香豬于1999年榮獲“中國國際農(nóng)業(yè)博覽會名特優(yōu)產(chǎn)品”稱號，于2000年被農(nóng)業(yè)部列入《國家畜禽品種資源保護(hù)名錄》，其主產(chǎn)區(qū)在2004年獲國家質(zhì)監(jiān)總局頒發(fā)“原產(chǎn)地標(biāo)記注冊證”，并在2009年獲“中國地理名稱保護(hù)產(chǎn)品”稱號。香豬以“肉質(zhì)香嫩、體型矮小、純凈無污染、基因純合”等特點(diǎn)而著稱，其優(yōu)良的肉質(zhì)備受消費(fèi)者喜愛，但因該豬種生長發(fā)育緩慢、早熟易肥、體型矮小等因素限制了其產(chǎn)業(yè)化發(fā)展。

遺傳和變異是生物界普遍的存在現(xiàn)象，若無變異，生物界則無前進(jìn)發(fā)展的條件，而遺傳則只是簡單的重復(fù)；若無遺傳，變異則無法積累，就失去其價值，生物也無法進(jìn)化了。動植物基因組中存在多種多樣的變異，主要包括基因組插入、缺失、易位、重復(fù)和單核苷酸多態(tài)性等，因?yàn)檫@些變異的存在，致使同一物種不同個體呈現(xiàn)出差異性狀。伴隨測序技術(shù)的發(fā)展與進(jìn)步，越來越多結(jié)構(gòu)變異受到人們的關(guān)注。海馬體豐富轉(zhuǎn)錄本1(hippocampusabundant transcript 1,HIAT1)基因的內(nèi)含1中純合插入15bp“ACTAGTGGACTTCTT”序列(即II型)后，山羊的體長、胸圍和胸部寬度/深度等指標(biāo)測量值顯著高于ID和DD型，提示該位點(diǎn)可作為潛在影響羊生長性狀的分子標(biāo)記(Gao et al.,2020)。

本發(fā)明所述的結(jié)構(gòu)變異主要指DGKK基因第2內(nèi)含子中的119bp序列發(fā)生缺失或不缺失的變異類型。甘油二脂激酶K(diacylglycerol kinase kappa,DGKK)基因編碼的蛋白質(zhì)可催化甘油二酯磷酸化并將其轉(zhuǎn)化為磷脂酸，是一種膜蛋白質(zhì)，可被過氧化氫抑制。對基因進(jìn)行GO和KEGG分析發(fā)現(xiàn)DGKK基因富集到G蛋白偶聯(lián)受體信號通路中，參與信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。Zanden等(2011)對DGKK基因進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析，提示DGKK基因的兩個SNP基因型與男性外生殖器常見的尿道下裂先天性畸形有關(guān)。通過UCSC網(wǎng)站對結(jié)構(gòu)變異區(qū)域中所含的啟動子功能單元進(jìn)行預(yù)測，DGKK基因的SV119區(qū)域中檢測到LTR重復(fù)元件，推測此重復(fù)元件可能與豬種繁殖器官的發(fā)育有聯(lián)系。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題是：提供一種利用DGKK基因中SV119分子標(biāo)記區(qū)分大白豬和香豬的檢測技術(shù)。

本發(fā)明的技術(shù)方案是：一種區(qū)分香豬和大白豬的結(jié)構(gòu)變異SV119，位于豬參考基因組Sscrofa 11.1中chrX:44048706-44048824，該區(qū)域存在缺失或不缺失兩種類型，有三種基因型，分別命名為II、ID和DD型，其中II為正常基因型、DD為純合的缺失型、ID為雜合缺失型。

本發(fā)明提供了用于檢測豬品種SV119基因型的一組引物，所述的引物分別為：上游引物DGKK-F1：5’-CATTTATGCACTGAACAGAGGAGTAAC-3’，下游引物DGKK-R1：5’-CATTTCTTAGTCATTTAATTTGTTGGCA-3’，目的序列分別為SEQ ID No.1和SEQ ID No.2，SEQ IDNo.3為缺失區(qū)間序列。

本發(fā)明還提供豬群中檢測所述結(jié)構(gòu)變異SV119基因型的方法。

所述檢測方法包括以下步驟：